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454測序平臺(tái)測得腸出血性大腸桿菌全基因組最完整數(shù)據(jù)

瀏覽次數(shù):3665 發(fā)布日期:2011-6-17  來源:本站 本站原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請注明出處
英國健康保護(hù)局使用羅氏454測序平臺(tái)GS Junior
對腸出血性大腸桿菌全基因組測序獲得迄今最完整裝配數(shù)據(jù)
 
(Branford, CT, USA and Burgess Hill, UK, June 14, 2011)據(jù)454 基因組研發(fā)總監(jiān)Chinnappa Kodira介紹:盡管腸出血性大腸桿菌的部分片段一周前通過短讀長測序平臺(tái)獲得了初步結(jié)果,但整個(gè)基因組的裝配工作還未完成;整個(gè)基因的排布、內(nèi)容等判斷腸出血性的機(jī)理還有待進(jìn)一步數(shù)據(jù)的完善得出結(jié)論;因此英國健康保護(hù)局相繼開始在454 GS Junior的平臺(tái)上對O104株型進(jìn)行更完整的解讀,并于6月14日之前將迄今最完整的基因組數(shù)據(jù)上傳至NCBI。

當(dāng)前通過454獲得了完整的基因組裝配序列,裝配的完整性對于了解基因組結(jié)構(gòu),特別是如何獲得致病性基因具有特別的意義,因其可判斷致病性基因區(qū)段如何通過水平基因轉(zhuǎn)移機(jī)制形成當(dāng)前的致病株,以及整個(gè)進(jìn)化、推進(jìn)的全過程。結(jié)果顯示致病株整合了來自其他兩個(gè)株型的基因序列形成了兩段特別的基因組序列與質(zhì)粒序列,很可能對就是致病性產(chǎn)生的機(jī)制,這樣的隨機(jī)整合使O104不再平凡。
 
這場令數(shù)十人喪生,數(shù)千人入院治療的疫情牽動(dòng)了來自全球各地疾病控制中心與健康保護(hù)機(jī)構(gòu)的神經(jīng),生命的脆弱帶來的震動(dòng)對于一探究竟的科研工作帶來了無限動(dòng)力;貫以長序列讀長病原微生物檢測,宏基因組研究著稱的454測序平臺(tái)成為此次解密當(dāng)仁不讓的選擇,而對于此類基因組較小的物種,精巧型的測序平臺(tái)GS Junior完全可以勝任。使用454 GS Junior平臺(tái)完成一次測序僅需10小時(shí),由于獲得的序列讀長較長,2小時(shí)內(nèi)完成數(shù)據(jù)處理。
 
454 CEO Christopher McLeod 說,很欣慰能夠看到454測序技術(shù)在人類健康研究中做出的貢獻(xiàn)“,可以在疫情爆發(fā)事件中提供快速、高質(zhì)的基因組數(shù)據(jù),為診斷與醫(yī)療提供強(qiáng)有力的數(shù)據(jù)是454 技術(shù)致力不變的發(fā)展方向。
 
信息源自
1 Health Protection Agency press release June 13, 2011:
HPA scientists unlock secrets of E. coli outbreak 
 
使用454平臺(tái)測得的腸出血性大腸桿菌基因組數(shù)據(jù)已上傳至NCBI,可在如下鏈接進(jìn)行下載:
2 The sequence data can be viewed on the NCBI website http://www.ncbi.nlm.nih.gov/. The GeneBank Project ID is 67929 and the accession number is afpn00000000. The data can also be viewed on the HPA website: www.hpa-bioinformatics.org.uk/lgp/genomes.
 
關(guān)于454
454是第一家新一代測序技術(shù)的締造者,基于焦磷酸測序的基本原理,將其優(yōu)化為迄今為止可達(dá)1Kbp單一序列讀長的測序平臺(tái),以其長序列讀長測序保持著在領(lǐng)域內(nèi)無法替代的應(yīng)用地位;2007年位于美國Branford 的454公司被羅氏收購,整合至羅氏診斷應(yīng)用科學(xué)部,成為其最重要的產(chǎn)品線之一,為探索新一代測序技術(shù)在人類健康事業(yè)中的應(yīng)用而奮力前行。
 
 
關(guān)于羅氏診斷中國應(yīng)用科學(xué)部
羅氏的診斷部門在成功收購德國寶靈曼公司(Boehringer Mannheim GmbH.)后,成立了專業(yè)服務(wù)于科學(xué)研究領(lǐng)域用戶的羅氏應(yīng)用科學(xué)部(Roche Applied Science),憑借半個(gè)多世紀(jì)在生命科學(xué)研究領(lǐng)域積累的經(jīng)驗(yàn),羅氏應(yīng)用科學(xué)部已成為在此領(lǐng)域中具領(lǐng)先地位的試劑及系統(tǒng)供應(yīng)商之一。從耗時(shí)少的,全自動(dòng)的樣本制備系統(tǒng)(MagNA Lyser和 MagNA Pure),到快速精準(zhǔn)的卡盤式LightCycler® 2.0 和 模 塊 式 高 通 量LightCycler® 480 系列熒光定量 PCR儀,以及創(chuàng)新的超高通量基因組測序系統(tǒng) Genome Sequencer FLX System、GS Junior System 和 NimbleGen.高密度 DNA 芯片,羅氏應(yīng)用科學(xué)部研究和開發(fā)了多種應(yīng)用于分子生物學(xué)相關(guān)研究領(lǐng)域的產(chǎn)品――廣泛地應(yīng)用在基因組學(xué)和蛋白組學(xué)研究中。秉承不斷投入創(chuàng)新的精神,羅氏近年來在細(xì)胞學(xué)領(lǐng)域不斷加大投入,最新推出的創(chuàng)新xCELLigence實(shí)時(shí)、 無標(biāo)記細(xì)胞分析系統(tǒng)和細(xì)胞計(jì)數(shù)和分析領(lǐng)域的領(lǐng)軍品牌Innovatis,為細(xì)胞學(xué)基礎(chǔ)研究、藥物研發(fā)和生產(chǎn)流程控制提供了高效的篩選和檢測工具,構(gòu)建了一套從基因組學(xué)方面到細(xì)胞組學(xué)方面的高效、完整研究解決方案。


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