羅氏最新推出NimbleGen ISCA Plus芯片新分析軟件

瀏覽次數(shù)：2954　發(fā)布日期：2012-4-12　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

羅氏最新推出NimbleGen ISCA Plus芯片新分析軟件

NimbleGen近期推出的ISCA Plus細(xì)胞遺傳學(xué)芯片除了NimbleGen的DEVA 1.1軟件外又有了新的分析工具可供用戶選擇。BioDiscovery的Nexus軟件可用于羅氏NimbleGen比較基因組、細(xì)胞遺傳學(xué)芯片及

表達(dá)譜芯片分析，羅氏診斷將在中國銷售該系列軟件，包括：

● Nexus Copy Number Standard 提供基因組拷貝數(shù)分析的基本統(tǒng)計(jì)學(xué)工具，可同時分析多個樣本并瀏覽各個樣本數(shù)據(jù)，計(jì)算特定位點(diǎn)的等位基因頻率以及發(fā)現(xiàn)雜合性缺失的位點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)多個樣本共有的拷貝數(shù)擴(kuò)增或者缺少區(qū)域，進(jìn)行基因注釋。既可以在本地保存數(shù)據(jù)，又可以連接到Nexus的遠(yuǎn)程數(shù)據(jù)庫及ISCA及CCMC等他數(shù)據(jù)庫等。

● Nexus Copy Number Discovery 提供Nexus Copy Number Standard軟件的所有功能外，增強(qiáng)了統(tǒng)計(jì)分析的能力及注釋能力如：不同樣本組間的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，利用Survival Predictive Power計(jì)算的生存率分析，輸出Kaplan-Meir圖，添加mRNA、miRNA及甲基化信息，變異中Pathway或GO富集區(qū)域，按照實(shí)驗(yàn)結(jié)果將樣本分組。

● Nexus Expression 提供多種基因表達(dá)分析方法�？梢詫颖痉纸M發(fā)現(xiàn)表達(dá)的模式，不同形狀的樣本可以用不同顏色表示，同時比較多個樣本并可以進(jìn)行基因注釋，通過組間比較發(fā)現(xiàn)表達(dá)顯著改變的基因，可生成Kaplan-Meier圖來估計(jì)不同組的生存率，發(fā)現(xiàn)表達(dá)改變的基因中重復(fù)出現(xiàn)的 GO，進(jìn)行GSEA計(jì)算（Gene Set Enrichment Analysis）。

Nexus軟件的優(yōu)點(diǎn)在于簡便易用，分析快速，人性化的界面設(shè)計(jì)只需點(diǎn)擊即可完成復(fù)雜的數(shù)據(jù)分析，不需要生物信息學(xué)專家的幫助。擁有出色的統(tǒng)計(jì)學(xué)工具，獲得你所關(guān)心的各種比較結(jié)果。既有高質(zhì)量且可靈活操作的基因組視圖，又可生成精美的圖片展示實(shí)驗(yàn)結(jié)果，幫助您完成高質(zhì)量的研究報告。該軟件可支持多個芯片平臺的數(shù)據(jù)分析。尋找變異的公共區(qū)域，可以連接到多個數(shù)據(jù)庫包括Nexus DB、ISCA及CCMC，多種報告的產(chǎn)生。

通過此次羅氏Nimble與BioDiscovery Nexus軟件的合作，將補(bǔ)充NimbleGen的DEVA芯片分析軟件功能，為NimbleGen芯片的用戶提供更多芯片分析工具，獲得更多優(yōu)質(zhì)的數(shù)據(jù)分析及精美的實(shí)驗(yàn)報告。

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