法科學(xué)家探索NGS、aCGH篩選效益，指導(dǎo)I期臨床實(shí)驗(yàn)

一個(gè)法國(guó)研究小組正在探討通過(guò)常規(guī)采用下一代測(cè)序技術(shù)結(jié)合陣列比較基因組雜交方式，對(duì)晚期癌癥個(gè)體的腫瘤活檢標(biāo)本進(jìn)行分子篩選的可行性。該小組的目標(biāo)是引導(dǎo)這些患者進(jìn)入針對(duì)識(shí)別腫瘤發(fā)生變化的I期臨床試驗(yàn)治療。

Gustave Roussy研究所的研究人員Antoine Hollebecque上周末在芝加哥的美國(guó)臨床腫瘤學(xué)年會(huì)上簡(jiǎn)要介紹了該治療的類(lèi)選法試驗(yàn)，即癌癥治療優(yōu)化的分子篩選或MOSCATO 01。在演示過(guò)程中，Hollebecque也略微談及本試驗(yàn)的中期結(jié)果，該試驗(yàn)于2011年拉開(kāi)序幕。Hollebecque說(shuō)，正在進(jìn)行的MOSCATO項(xiàng)目的成就取決于應(yīng)用“有目的性”的活檢，以捕捉少量晚期實(shí)體瘤個(gè)體的原發(fā)性或轉(zhuǎn)移性腫瘤組織，特別是對(duì)那些在接受多種標(biāo)準(zhǔn)癌癥治療后經(jīng)歷了癌癥進(jìn)展的個(gè)體。

根據(jù)給定標(biāo)本中存在的腫瘤細(xì)胞的比例，小組成員正提取腫瘤活檢標(biāo)本的DNA以進(jìn)行一種或多種形式的分子分析。對(duì)于由30%或以上的腫瘤細(xì)胞組成的標(biāo)本，該小組采用了Life Technologies的Ion AmpliSeq癌癥熱點(diǎn)基因面板進(jìn)行靶向測(cè)序。對(duì)于由至少一半以上的腫瘤細(xì)胞組成的標(biāo)本，則對(duì)給定標(biāo)本進(jìn)行的分析應(yīng)包括CGH微陣列分析——一種追蹤染色體變化的技術(shù)。

在每周腫瘤委員會(huì)的討論會(huì)上，Hollebecque解釋說(shuō)，一組臨床醫(yī)生、生物學(xué)家和生物信息學(xué)家對(duì)每例個(gè)體腫瘤中已識(shí)別到的基因組變化進(jìn)行了審查，以確定其是否包含可能受到現(xiàn)有或?qū)嶒?yàn)性治療影響的特定突變。其中，MOSCATO研究者對(duì)已接受或未接受靶向治療（如根據(jù)患者腫瘤的基因組模式而選用的I期臨床試驗(yàn)）的無(wú)進(jìn)展生存模式進(jìn)行了跟蹤。對(duì)于接受靶向療法的每例個(gè)體，可以將無(wú)進(jìn)展生存期與最近的至進(jìn)展時(shí)間、患者接受的非靶向治療進(jìn)行比較。

Gustave Roussy研究所MOSCATO 01項(xiàng)目首席研究者Jean-Charles Soria在一封電子郵件中對(duì)《臨床測(cè)序新聞》說(shuō)，本臨床試驗(yàn)的動(dòng)機(jī)旨在為I期患者提供一種“分子治療類(lèi)選法”。研究小組的努力旨在檢驗(yàn)這一概念，即以基因組學(xué)為基礎(chǔ)的靶向治療可為至少四分之一的入選個(gè)體提供臨床受益，這與當(dāng)前考慮中的晚期癌癥患者組所出現(xiàn)的不良后果相比，有了較大改善。

截至目前，在MOSCATO項(xiàng)目所入選的129例癌癥患者中，研究人員已經(jīng)可以使用112例個(gè)體的活檢材料。所有參與本研究的個(gè)體均在接受一或多次現(xiàn)有一線藥物治療后出現(xiàn)了癌癥進(jìn)展。

Hollebecque說(shuō)，該小組已經(jīng)采用Life Technologies公司的Ion AmpliSeq癌癥熱點(diǎn)基因突變面板通過(guò)下一代測(cè)序?qū)?8例接受活檢個(gè)體的標(biāo)本進(jìn)行了檢測(cè)。對(duì)于其中的94例，研究人員還采用Agilent（安捷倫）陣列通過(guò)aCGH尋找到了染色體水平的改變。本研究的全部分子分析均在Gustave Roussy研究所內(nèi)完成。到目前為止，已在53例個(gè)體中發(fā)現(xiàn)起作用的突變——占已接受腫瘤活檢的晚期癌癥患者的一半。

Hollebecque指出，在采用aCGH檢測(cè)的標(biāo)本中，有近四分之三出現(xiàn)了明顯起作用的突變。另一方面，研究人員發(fā)現(xiàn)，僅通過(guò)靶向基因測(cè)序就有近28%的標(biāo)本出現(xiàn)了最引人關(guān)注的遺傳變異。目前，本研究中活檢和分子靶向識(shí)別之間的中位時(shí)間為21天。其中，所發(fā)現(xiàn)的最常見(jiàn)的突變是對(duì)成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子及其受體的編碼基因造成影響的突變。EGFR、HER2以及細(xì)胞周期調(diào)節(jié)蛋白（cyclin）和PTEN/PI3K/AKT/mTOR途徑的成員的基因突變也較為常見(jiàn)。

研究人員已經(jīng)能夠在129例的33例中，將患者與基于活檢腫瘤標(biāo)本突變模式的靶向治療進(jìn)行匹配。Soria指出，雖然大多數(shù)帶有可靶向突變的患者入選了Gustave Roussy研究所目前正在進(jìn)行的57項(xiàng)I期臨床試驗(yàn)中的一項(xiàng)，但其中只有少數(shù)病例涉及適用于其他癌癥類(lèi)型的現(xiàn)有治療的藥品核準(zhǔn)標(biāo)示外使用的情況。

Soria認(rèn)為，雖然部分已證實(shí)的DNA結(jié)構(gòu)變化仍然不起作用，但在大多數(shù)情況下，將帶有臨床相關(guān)基因突變的患者與適當(dāng)?shù)陌邢蛑委烮期臨床試驗(yàn)相匹配一直是相當(dāng)容易的。但也有可能存在十分棘手的情況，即為腫瘤中含有多個(gè)明顯起作用的基因突變的個(gè)體選擇最適當(dāng)?shù)闹委煼椒ā＠�如，在MOSCATO研究中，研究人員已經(jīng)遇到了多達(dá)5個(gè)相關(guān)靶點(diǎn)的患者。

該小組對(duì)接受基因組學(xué)指導(dǎo)性治療的首25例個(gè)體的初步隨訪顯示，至少有5例對(duì)治療出現(xiàn)了部分反應(yīng)。另有14例病情穩(wěn)定，而25例患者中有3例出現(xiàn)進(jìn)展性疾病。截至目前，Hollebecque、Soria及其同事根據(jù)其研究結(jié)果得出如下結(jié)論：可以將高通量分子分析引入臨床護(hù)理，特別是I期臨床試驗(yàn)治療過(guò)程中帶有適當(dāng)基因組變化的個(gè)體，這意味著治療需要針對(duì)這些變化進(jìn)行。

鑒于所有新加入個(gè)體的I期臨床試驗(yàn)的部分緩解率通常在7%至10%之間，該小組在ASCO會(huì)議上MOSCATO演示隨附的摘要中指出，源于更多分子靶向試驗(yàn)入選的I期臨床試驗(yàn)，部分緩解率目前接近20%。

該小組計(jì)劃評(píng)估至少900例正在努力接受治療的癌癥晚期個(gè)體，預(yù)計(jì)將在2015年秋季完成。Soria指出，還將對(duì)獨(dú)特的兒科隊(duì)列進(jìn)行測(cè)試。

展望未來(lái)，MOSCATO項(xiàng)目組成員將格外關(guān)注尋求方法以產(chǎn)生更深層次的序列數(shù)據(jù)，從而對(duì)患者腫瘤的拷貝數(shù)模式進(jìn)行評(píng)估。此外，他們還可能在本研究設(shè)置內(nèi)嘗試進(jìn)行患者腫瘤標(biāo)本的全外顯子組測(cè)序。

Soria指出，法國(guó)的第二代個(gè)性化臨床試驗(yàn)將涉及更廣泛的國(guó)家級(jí)研究，類(lèi)似于在稱(chēng)為SAFIR的法國(guó)研究中所取得的成果。

本周在芝加哥舉行的ASCO會(huì)議上，Gustave Roussy研究所和其他幾個(gè)法國(guó)研究中心的研究人員提交了SAFIR研究I期階段的信息，即SAFIR01。這項(xiàng)前瞻性的試驗(yàn)旨在采用分子分析解決靶向治療I期和II期臨床試驗(yàn)轉(zhuǎn)移性乳腺癌的匯集個(gè)體的可能性。其中，研究設(shè)計(jì)取決于通過(guò)活檢檢測(cè)出晚期腫瘤標(biāo)本的遺傳變異的發(fā)現(xiàn)情況。為證實(shí)SAFIR01的成果，研究人員已嘗試對(duì)逾400例轉(zhuǎn)移性乳腺癌個(gè)體的標(biāo)本進(jìn)行測(cè)試，這將把轉(zhuǎn)移性腫瘤活檢標(biāo)本的aCGH分析與PIK3CA和AKT基因延伸片段的Sanger測(cè)序相結(jié)合。

SAFIR01研究人員在ASCO會(huì)議上提交的研究結(jié)果表明，雖然低腫瘤細(xì)胞表達(dá)阻止了其希望進(jìn)行檢驗(yàn)的約四分之一的轉(zhuǎn)移性活檢標(biāo)本的基因組測(cè)試，但這對(duì)轉(zhuǎn)移性組織的分子測(cè)試而言，仍不失為一種提高靶向治療率的有效可行手段。

SAFIR第一階段的數(shù)據(jù)采集定于明年春天結(jié)束。小組成員計(jì)劃于今年夏天的某個(gè)時(shí)候開(kāi)展一項(xiàng)相關(guān)研究，即稱(chēng)為SAFIR02的隨機(jī)試驗(yàn)。對(duì)于采用下一代測(cè)序和其他基因組分析方法以便指導(dǎo)癌癥患者進(jìn)行更常規(guī)的治療而言，MOSCATO和SAFIR研究的成員并非關(guān)注這一領(lǐng)域的唯一研究人員。例如，在ASCO的另一個(gè)研討會(huì)上，幾個(gè)研究小組的代表簡(jiǎn)要介紹了在某些情況下采用分子分析方法（包括測(cè)序）進(jìn)行治療的方案，以將膠質(zhì)瘤患者引入適當(dāng)?shù)陌邢蛑委熢囼?yàn)。而在過(guò)去的幾年，美國(guó)的幾家研究中心已進(jìn)軍患有罕見(jiàn)疾病、晚期癌癥及/或確診為先天性疾病等患者的臨床測(cè)序領(lǐng)域（請(qǐng)參閱CSN 5/29/2013、CSN 3/6/2013、CSN 1/2/2013、CSN 10/3/2012、CSN 3/7/2012和CSN 2/29/2012）。