生物信息學首選語言--Perl語言零基礎培訓班通知

瀏覽次數(shù)：3970　發(fā)布日期：2013-8-13　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

Perl語言作為絕大多數(shù)生物信息學工作者首選語言之一。北京市計算中心生物計算事業(yè)部針對沒有任何計算機語言的生物學、醫(yī)學、農(nóng)學等人員，且有從事生物信息學工作相關(guān)研究工作的需要。歡迎您報名參加！

主辦單位：北京市計算中心，生物計算事業(yè)部

舉辦地：北京，北京市海淀區(qū)豐賢中路7號北科產(chǎn)業(yè)3號樓

培訓時間：2013年8月26日-29日

報名截止：2013年 8月25日

培訓內(nèi)容及安排：

日期	時間	授課題目	授課內(nèi)容
第一天	09:30-10:00	生物信息學與Perl語言概述	概括介紹生物信息學背景與Perl語言的概念及特點
	10:00-10:20	軟件安裝與運行環(huán)境調(diào)試	Perl語言解釋器、編輯器安裝，Perl程序運行測試
	10:20-12:00	基本操作與基本概念	DOS、Unix命令行操作基本命令；Perl語言基本變量與操作符
	13:30-16:00	基本變量	變量、字符串賦值、基本運算等練習
第二天	09:30-12:00	基本語法結(jié)構(gòu)	判斷結(jié)構(gòu)；循環(huán)結(jié)構(gòu)；練習
第二天	13:30-16:00	數(shù)組及應用	數(shù)組的概念及用法；練習
第三天	09:30-11:00	文件與文件夾操作	文件的讀入與輸入；文件夾操作；練習
	11:00-12:00	二維數(shù)組與hash表及應用	二維數(shù)組概念、關(guān)聯(lián)數(shù)組(hash表)概念及用法；練習
	13:30-16:00	常用函數(shù)及子程序	常用Perl語言基礎函數(shù)學習；子程序概念與應用；練習
第四天	09:30-12:00	正則表達式及生物信息學Perl程序?qū)嵗?/DIV>	Perl特色功能正則表達式學習與應用；生物信息學實例程序?qū)W習；練習
第四天	13:30-16:00	Bioperl簡介、CPAN簡介、常用生物信息學數(shù)據(jù)庫與軟件簡介	Bioperl簡介與安裝；Perl第三方代碼庫CPAN簡介；常用生物信息學數(shù)據(jù)庫簡介、數(shù)據(jù)類型與應用；常用生物信息學軟件數(shù)據(jù)格式及軟件應用簡介
授課實例	1、生物學數(shù)據(jù)文件批量的合并、分隔、去冗余等。 2、生物信息序列數(shù)據(jù)fastq、fasta、genbank文件等格式轉(zhuǎn)換與批量自動化處理。 3、按個性化實驗需求，從生物信息學數(shù)據(jù)庫文件（如genbank、EMBL）中批量自動化提取特定數(shù)據(jù)信息。 4、表格矩陣型數(shù)據(jù)的行列轉(zhuǎn)換、特定數(shù)據(jù)信息的自動化過濾與數(shù)據(jù)篩選等。 5、二代測序原始數(shù)據(jù)的批量過濾處理，如barcode識別、質(zhì)量值過濾等。 6、基因、蛋白質(zhì)序列特定位點的識別，如起始、終止位點、ORF、motif、CDS等。 7、生物信息學數(shù)據(jù)序列特征提取與自動化統(tǒng)計，如GC百分含量、k-mer統(tǒng)計、基因反向互補轉(zhuǎn)換等。 8、生物信息學數(shù)據(jù)庫文件的批量自動化下載與信息提�。ㄟx學）。