羅氏:精準(zhǔn)醫(yī)療,全外顯子組測序具有技術(shù)優(yōu)勢
瀏覽次數(shù):5290 發(fā)布日期:2015-4-8
來源:本站 本站原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請注明出處
精準(zhǔn)醫(yī)療,全外顯子組測序立功啦
精準(zhǔn)醫(yī)療計劃(Precision Medicine Initiative)是美國奧巴馬總統(tǒng)在2015年國情咨文演講中宣布的一項(xiàng)新的國家項(xiàng)目,并稱將為建立大量志愿者服用藥物的生理和基因資料、建立個人基因組與癌癥相關(guān)突變靶標(biāo)、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)開發(fā)與保密等工作投資共計2.15億美元。
精準(zhǔn)醫(yī)療無疑是醫(yī)療技術(shù)的未來發(fā)展方向,科研和醫(yī)療領(lǐng)域的專家們都在不斷嘗試將最新的技術(shù)運(yùn)用到臨床診斷過程中去。其實(shí)從2011年起,美國貝勒醫(yī)學(xué)院的專家就開始了利用人類全外顯子組測序進(jìn)行遺傳病機(jī)理挖掘的工作。比起人類全基因組,全外顯子組測序檢測的基因組區(qū)域雖然只有數(shù)十Mb,卻可以獲得充足的已知基因外顯子區(qū)域的序列變化情況,在臨床上的作用則顯得更加明確且經(jīng)濟(jì)實(shí)用。配合大量正常人群突變數(shù)據(jù)、病例家系表型與基因型測序數(shù)據(jù)的解讀,往往可以對許多遺傳疾病發(fā)生機(jī)理進(jìn)行很好的解讀,甚至可以將遺傳疾病的診斷率提高至25%1。
近期的一篇關(guān)于罕見病研究的臨床報道中,則愈發(fā)強(qiáng)調(diào)了全外顯子組測序在遺傳病臨床診斷上的技術(shù)優(yōu)勢。梅奧診所(Mayo Clinic)的神經(jīng)學(xué)家們利用羅氏NimbleGenSeqCapVCRome全外顯子組序列捕獲及測序技術(shù)幫助了一位罕見病患者確認(rèn)了其病因?yàn)榘l(fā)作性共濟(jì)失調(diào)1型(Episodic ataxia type 1)2。NimbleGenSeqCapVCRome全外顯子組捕獲探針是梅奧診斷以及貝勒醫(yī)學(xué)院在臨床上廣為使用的一項(xiàng)技術(shù),這套探針組庫覆蓋了Vega,CCDS和RefSeq數(shù)據(jù)庫中所有已知基因的全外顯子組區(qū)域,能夠在臨床研究的過程中幫助鎖定基因組位點(diǎn)突變,快速篩選有臨床意義的侯選突變,結(jié)合以往病例信息與臨床表型數(shù)據(jù)進(jìn)行人工判讀。隨著新功能基因的不斷解讀以及數(shù)據(jù)庫的更新,這種鎖定已知基因的全外顯子區(qū)域的測序方法能夠大大減少通過各類傳統(tǒng)檢測方法所需要的實(shí)驗(yàn)時間以及經(jīng)濟(jì)成本,無疑于精準(zhǔn)醫(yī)療發(fā)展道路上的一個快速有效的工具。
梅奧診所的專家們也在這篇報道中指出:目前在商業(yè)化實(shí)驗(yàn)室中提供用于共濟(jì)失調(diào)診斷的試劑盒花費(fèi)是全外顯子組測序的2倍,而且不包括一些特殊檢測。此外,在臨床非典型性共濟(jì)失調(diào)案例中,尤其當(dāng)臨床和家族譜系數(shù)據(jù)缺乏的時候,首先考慮全外顯子組測序是最為有效的。全外顯子組測序在臨床診斷中的應(yīng)用可以加速遺傳疾病的診斷,簡化其數(shù)據(jù)管理,尤其適用于那些異質(zhì)性、非典型的和表現(xiàn)不完全的遺傳疾病診斷,還能幫助臨床專家們?yōu)槟切┗枷∮谢蛐滦瓦z傳疾病的患者找到其致病根源。2
隨著越來越多的臨床報道都表現(xiàn)出全外顯子組測序的優(yōu)勢,讓我們共同期待這項(xiàng)技術(shù)的發(fā)展能夠?yàn)榫珳?zhǔn)醫(yī)療發(fā)揮更大的價值吧。
參考文獻(xiàn):
1.Molecular Findings Among Patients Referred for Clinical Whole-Exome Sequencing.Yaping Yang et al. JAMA. 2014 Oct 18. DOI:10.1001
2.Whole-Exome Sequencing as a Diagnostic Tool in a Family With Episodic Ataxia Type 1. Tacik, Pawel et al. Mayo Clinic Proceedings