QIAcuity數(shù)字PCR攜手LNA技術(shù)，實現(xiàn)基因突變精準檢測

瀏覽次數(shù)：9673　發(fā)布日期：2021-2-4　來源：凱杰生命科學

據(jù)不完全統(tǒng)計，目前約有10000多種人類疾病是由基因突變引起的^[1]，其中癌癥是對人類威脅最為嚴重的疾病之一。據(jù)世界衛(wèi)生組織國際癌癥研究機構(gòu) (IARC) 發(fā)布的2020年全球癌癥數(shù)據(jù)顯示，過去一年全球癌癥新發(fā)1929萬例，其中中國占23.7%；全球癌癥死亡的30.1%也發(fā)生在中國。預防癌癥發(fā)生的最有效的辦法就是早發(fā)現(xiàn)、早預防、早治療。而基因突變作為引發(fā)癌癥發(fā)生的最重要因素之一，究其原因主要是基因突變誘導原癌基因的激活和抑癌基因的失活，從而導致細胞的過度增殖和免于細胞的凋亡^[2]。

稀有突變檢測是指在野生型背景池中僅檢測到1%甚至更低的突變體。所以，對于單堿基等稀有突變或單核苷酸多態(tài)性的檢測和量化，數(shù)字PCR憑借特有的樣品微反應(yīng)單元分區(qū)技術(shù)，可以增加樣品的有效反應(yīng)濃度，減少背景信號干擾，降低PCR抑制劑對PCR擴增效率的影響，從而實現(xiàn)特定核酸序列的更精準和更靈敏的檢測^[3]。

QIAGEN 2020年下半年重磅推出的QIAcuity一體化集成式納米微孔板數(shù)字PCR系統(tǒng)將微反應(yīng)單元制備、PCR擴增和數(shù)據(jù)讀取集成到一臺全自動儀器中，整個流程最快2小時內(nèi)完成。QIAcuity采用專利納米微孔板利用微流體技術(shù)對微反應(yīng)單元做物理分割，使分配到每個納米小孔中的反應(yīng)液體積均一，無反應(yīng)體系破裂融合或交叉污染，搭配特異性更高的QIAGEN LNA Mutation Assay，QIAcuity數(shù)字PCR系統(tǒng)為科學家們在稀有突變檢測領(lǐng)域中的應(yīng)用提供了一個更好的選擇。

QIAcuity數(shù)字PCR系統(tǒng)

QIAGEN在QIAcuity數(shù)字PCR平臺上開發(fā)并驗證了針對常見突變位點檢測的250組dPCR LNA Mutation Assay，該Assay的引物和探針都經(jīng)過鎖核酸修飾來提高特異性及檢測靈敏度。探針可選擇FAM/HEX或Atto550/ROX雙標記不僅可實現(xiàn)野生型和突變型靶標分子的同時檢測更可在一管反應(yīng)中進行多個靶標的檢測。所有突變位點均選自COSMIC數(shù)據(jù)庫，確保了突變位點研究的可靠性。

dPCR LNA Mutation Assay

可同時檢測野生型和突變型靶標

所謂鎖核酸 (Locked Nucleic Acid，LNA) 技術(shù)，是將寡核苷酸序列中的β-D-呋喃核糖的2’-O，4’-C位通過縮水形成的剛性結(jié)構(gòu)，增加引物和探針的Tm值，從而實現(xiàn)更短的引物和探針設(shè)計。在檢測稀有突變時，由于樣本濃度低并且在突變前后整個靶標分子的序列可能僅有單個堿基的差別，通過鎖核酸修飾的探針和引物增強了對互補序列的親和力和特異性。經(jīng)過鎖核酸修飾的LNA Mutation Assay結(jié)合QIAcuity數(shù)字PCR平臺可以在野生型基因組背景下檢測到低于0.1%的突變體，對于液體活檢中的ctDNA和cfDNA的低頻突變檢測尤為適合。

鎖核酸技術(shù)可實現(xiàn)更短序列引物或探針、更高Tm值

高靈敏度

QIAcuity數(shù)字PCR系統(tǒng)結(jié)合dPCR LNA Mutation Assay對不同梯度稀釋的腫瘤樣本進行檢測。數(shù)據(jù)顯示：檢測值與預期值一致性良好，突變頻率的檢測限達到了0.1%。

常見基因突變頻率預期與實際檢測結(jié)果比較

高精準度

QIAcuity數(shù)字PCR系統(tǒng)結(jié)合dPCR LNA Mutation Assay對已知突變頻率為0.1%的BRAF V600E基因進行檢測。數(shù)據(jù)顯示：檢測值為0.13%，相當于每個已知突變樣本中檢測到6拷貝的突變分子，與預期值0.1%幾乎一致。實驗結(jié)果表明：數(shù)字PCR為檢測野生型背景下的突變DNA序列提供了高精準度的檢測方法；使用LNA增強的dPCR LNA Mutation的引物和探針，提高了檢測的特異性和精準度。