第三期SBC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序與生信分析培訓(xùn)通知

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序和空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)正處于蓬勃發(fā)展期，在現(xiàn)有的高通量檢測技術(shù)領(lǐng)域?yàn)榭茖W(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)能夠提供每個(gè)細(xì)胞詳實(shí)的轉(zhuǎn)錄表達(dá)信息，但是缺失來源組織的空間組成信息�？臻g轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點(diǎn)在于提供完整的組織空間位置信息，但是每個(gè)捕獲spot信息無法達(dá)到單細(xì)胞分辨率（10個(gè)左右細(xì)胞）。因此，兩個(gè)技術(shù)的結(jié)合應(yīng)用是必然的發(fā)展趨勢。
 
上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）（以下簡稱SBC）是國內(nèi)最早一批搭建10x Genomics單細(xì)胞測序平臺(tái)及開發(fā)完善空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)并開展相關(guān)技術(shù)服務(wù)的公司之一。作為生物芯片上海國家工程研究中心的依托單位，在搭建先進(jìn)技術(shù)平臺(tái)的同時(shí)，融入再次創(chuàng)新開發(fā)和應(yīng)用，目前已為復(fù)旦大學(xué)、上海交通大學(xué)、同濟(jì)大學(xué)、上海中醫(yī)藥大學(xué)、中國科技大學(xué)、華東理工大學(xué)以及瑞金醫(yī)院、華山醫(yī)院、仁濟(jì)醫(yī)院、東方醫(yī)院、第十人民醫(yī)院、長征醫(yī)院、胸科醫(yī)院、肺科醫(yī)院等多家知名院校單位提供單細(xì)胞測序及空間測序技術(shù)服務(wù)，積累了豐富的單細(xì)胞懸液制備和空間組織優(yōu)化實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)，包括較難處理的滑膜、軟骨、肝癌、人淋巴結(jié)等，同樣也積累了豐富的數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)。
 
結(jié)合去年兩期“單細(xì)胞及空間轉(zhuǎn)錄組測序培訓(xùn)班”學(xué)員的反饋和建議，本次第三期培訓(xùn)的生信分析內(nèi)容將更加豐富，具體參見課程表。誠摯邀請(qǐng)各位老師報(bào)名參加，培訓(xùn)為小班制（限額20人，以匯款憑證為準(zhǔn)，報(bào)滿截止）。
 
主辦單位：
上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）
上海市生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)會(huì)
培訓(xùn)日期：2021年6月4日-5日
培訓(xùn)地點(diǎn)：上海市浦東新區(qū)張江高科李冰路151號(hào)1號(hào)樓
 
課程安排：

日期	時(shí)間	題目	主要內(nèi)容
6月4日 第一天	09:00-09:20	簽到、領(lǐng)取資料
	09:20-09:30	開課致辭
	09:30-10:30	單細(xì)胞測序及單細(xì)胞多組學(xué)研究策略及前沿進(jìn)展	單細(xì)胞測序技術(shù)的發(fā)展； 10x Genomic單細(xì)胞測序原理； 樣本準(zhǔn)備注意事項(xiàng)及前沿應(yīng)用介紹
	10:30-11:30	空間轉(zhuǎn)錄組測序研究進(jìn)展及注意事項(xiàng)	空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)進(jìn)展； 10x空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺(tái)介紹； 空間轉(zhuǎn)錄組測序樣本準(zhǔn)備注意事項(xiàng)； 空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用介紹
	11:30-12:30	午 餐
	13:00-13:45	R語言基礎(chǔ)	基本概念：向量、數(shù)組和矩陣、函數(shù)； 數(shù)據(jù)導(dǎo)入、編輯、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換； 文件圖表生成、導(dǎo)出
	13:45-14:30	R語言進(jìn)階	統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，差異基因計(jì)算
	14:30-15:00	實(shí)驗(yàn)室參觀、茶歇交流
	15:00-16:00	樣本準(zhǔn)備及注意事項(xiàng)	單細(xì)胞樣本準(zhǔn)備及常見問題，Demo實(shí)驗(yàn) 空間轉(zhuǎn)錄組樣本準(zhǔn)備及常見問題，Demo實(shí)驗(yàn)
	16:00-17:00	ggplot2作圖詳解	柱狀圖、餅圖、boxplot、小提琴圖、密度曲線圖，散點(diǎn)圖，差異基因可視化（火山圖）等
6月5日 第二天	09:30-10:30	單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析介紹與上機(jī)實(shí)操	基于cell ranger 、Loupe
	10:30-11:15	單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)多樣本比較分析介紹與上機(jī)實(shí)操	基于Seurat包
	11:15-11:45	單細(xì)胞RNA測序數(shù)據(jù)的聚類工具比較介紹
	11:45-13:00	午 餐
	13:00-14:20	空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析介紹與上機(jī)實(shí)操	基于space ranger、Loupe
	14:20-15:00	單細(xì)胞擬時(shí)序分析	1、Monocle的原理算法介紹； 2、高分文章案例數(shù)據(jù)集作圖：擬時(shí)序分析等
	15:00-15:10	茶歇交流
	15:10-15:50	scanpy進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析	基于 Python 分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)：預(yù)處理，可視化，聚類，擬時(shí)序分析和差異表達(dá)分析等
	15:50-16:20	細(xì)胞類型注釋	SingleR的分析使用和庫的整理解讀
	16:20-16:30	頒發(fā)培訓(xùn)證書

費(fèi)用及優(yōu)惠
1、培訓(xùn)費(fèi)用：
兩天培訓(xùn)課程費(fèi)用為3800元/人，包含培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、培訓(xùn)期間午餐費(fèi)。
產(chǎn)生的其他食宿交通費(fèi)用等請(qǐng)自理。
2、報(bào)名優(yōu)惠：
· 所產(chǎn)生的培訓(xùn)費(fèi)用可在后續(xù)訂購SBC服務(wù)產(chǎn)品時(shí)抵扣等額的合同款項(xiàng)（每份服務(wù)合同只能抵扣一人次），有效期至2021年12月31日為止。
· 團(tuán)體報(bào)名（同一單位2人及以上）享受9折優(yōu)惠。
· 上海市生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)會(huì)會(huì)員可享受8折優(yōu)惠（需在報(bào)名頁填寫學(xué)會(huì)會(huì)員號(hào)）。
3、其他說明
· 以匯款憑證(截圖、掃描件)或?qū)嶋H到款為成功報(bào)名
· 學(xué)員需自己攜帶筆記本電腦參加上機(jī)課程（電腦配置及軟件要求：報(bào)名成功后通知）。
· 早晚餐、交通及住宿等其他費(fèi)用請(qǐng)自理。
 
報(bào)名方式：
請(qǐng)掃碼報(bào)名，或點(diǎn)擊此處填寫報(bào)名信息。本次培訓(xùn)班限額20名，報(bào)名截止日期至2021年5月25日，報(bào)滿將提前截止。
 
匯款信息：（匯款時(shí)請(qǐng)注明：培訓(xùn)+姓名）
名稱：上海生物芯片有限公司
開戶行：中國銀行上海浦東分行
賬號(hào)：4572 5921 5312
 
交通信息
培訓(xùn)地點(diǎn)：上海市李冰路151號(hào)1號(hào)樓
交通線路：地鐵2號(hào)線金科路站或張江高科站換乘公交1090路、1113路李冰路愛迪生路站
報(bào)名咨詢：
電話：400-100-2131（周一至周五9:00-17:00）；138 1640 6711
郵箱：marketing@shbiochip.com