緊扣生信熱點零基礎(chǔ)到手握5+生信熱點分文章
這是史無前例的實戰(zhàn)課程,你收獲的不只是5天的互動教學課程,
你收獲的是課后1對1的指導(dǎo)和個人文章批改,是科研思維的洗禮。
一次報課,一篇文章、終生受益。
(2022年1月3日-7日晚上,線上授課)
【課程內(nèi)容】
1.零基礎(chǔ)全面掌握生信核心知識點;
2.零基礎(chǔ)學會SCI模塊化寫作思路和修稿策略;
3.極速寫一篇SCI論文的核心思維和實操步驟;
4.零基礎(chǔ)極速掌握R語言核心知識點。
5.百分百的售后,一次授課,終生答疑。
【授課老師】
百川,百川科研公眾號創(chuàng)建者,211/985大學教授,發(fā)表SCI文章50余篇,數(shù)家SCI雜志審稿人,資深職業(yè)寫手,擅長SCI文章撰寫與修稿,具有多年生信培訓經(jīng)驗,學員反響熱烈。本次將傾情奉獻,從構(gòu)文思路、到實操步驟、到寫作指導(dǎo)、到投稿修稿,提供一站式指導(dǎo),課程緊緊圍繞差異分析、泛癌分析、多組學分析、多芯片聯(lián)合分析、批量生存分析、信號通路的篩選、蛋白互作、免疫微環(huán)境、ceRNA網(wǎng)絡(luò)、單細胞測序、實驗關(guān)鍵基因的篩選、基因Signature的篩選、預(yù)測模型的建立、預(yù)測模型的評價、LASSO回歸、Nomogram諾模圖、ROC曲線、以及最新的熱點(課上內(nèi)容)等等進行抽吸剝繭的精講,現(xiàn)場指導(dǎo)寫作,課程結(jié)束當天能夠?qū)懗勺约旱奈恼鲁醺濉?br />
【課程目標】
(1)沒有課題時,自己找到課題;沒有機制時,自己找到機制;
(2)讓自己SCI文章或國自然項目內(nèi)容更夯實,思路邏輯更完美;
(3)思路缺乏創(chuàng)新性,怎么辦?老師給你最新的生信分析熱點;
(4)掌握R語言的核心技能,掌握批量分析方法,掌握頂層計算機思維體系;
(5)掌握生信SCI寫作思路和修稿思路;
(6)掌握生信分析的獨家套路(5個套路供你選擇);
【課程內(nèi)生信核心內(nèi)容】
(1)配對/多組差異分析;(2)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò);(3) 免疫微環(huán)境;(4)ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建;(5)細胞焦亡的分析流程;(6)批量生存分析;(7)預(yù)測模型的建立及評價;(8)Cytoscape軟件精講;(9)實驗基因的尋找與生信驗證;(10)單基因泛癌分析;(11)多組學分析;(12)多芯片聯(lián)合分析;(13)實驗信號通路的篩選;(14)基因Signature的構(gòu)建;(15)生信預(yù)測模型的建立;(16)預(yù)測模型的評價;(17)Cox回歸;(18)LASSO回歸;(19)Nomogram諾模圖(20)ROC曲線;(21)單細胞測序核心知識點;(22)單細胞測序數(shù)據(jù)的整理;(23)單細胞測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控;(24)降維分析;(25)聚類分析;(26)單細胞測序細胞亞群的區(qū)分;(27)單細胞測序數(shù)據(jù)的差異分析;(28)單細胞測序細胞群的注釋;(29)新的細胞亞群的鑒定;(30)如何結(jié)合生信熱點發(fā)前沿文章。
【課程安排】
日期 |
課程主要內(nèi)容 |
第1天
19:30-22:30 |
R語言基礎(chǔ)知識介紹;R語言讀入及讀出; R包的多種安裝模式; R包及bioconductor資源的使用; R語言數(shù)據(jù)框的操作; R語言數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)及循環(huán)控制(向量、因子、矩陣、數(shù)據(jù)庫、列表、for循環(huán)、if控制); DIY自己的人生第一個批量處理函數(shù); R語言繪圖原理及體系;R語言基本繪圖和高級繪圖精講及實操;
GEO數(shù)據(jù)庫介紹、下載、清洗和探針注釋;TCGA數(shù)據(jù)的下載、清洗、不同類型數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)換 |
第2天
19:30-22:30 |
多個GEO芯片聯(lián)合分析的多種思路;
GEO芯片的probe探針的轉(zhuǎn)化方法匯總
差異分析精講(從表達矩陣的整理、歸一化、標準化到差異分析、多組差異分析、配對差異分析)
差異基因的呈現(xiàn)(精美火山圖、熱圖、PCA圖、小提琴圖)
GEO數(shù)據(jù)的處理流程演示及學員實戰(zhàn)(數(shù)據(jù)清洗、熱圖、火山圖、GO分析、KEGG分析、共表達分析)
R語言實現(xiàn)生存分析、功能注釋(精美生存曲線圖)
GSEA講解及結(jié)果解讀(精美GSEA圖) |
第3天
19:30-22:30 |
GSEA分析的全套流程講解及結(jié)果的詮釋(精美GSEA圖)
兩個基因相關(guān)性分析;
單基因生存分析
多基因生存分析
任意癌癥任意基因在癌和癌旁的表達分析;
同一癌癥不同亞型和不同分期的表達分析;
單基因在多個正常組織中的表達分析;
單基因在多個癌組織中的表達分析;
單基因在多個癌和癌旁中的表達分析;
預(yù)后模型類思路和實操精講:基因Signature的構(gòu)建;生信預(yù)測模型的建立;預(yù)測模型的評價; Cox回歸; LASSO回歸; Nomogram諾模圖;ROC曲線。 |
第4天
19:30-22:30 |
蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、cytoscape的實操使用,MCODE的實操;
cytoHubba實操選取Hub genes(精美蛋白互作圖)
多個GEO數(shù)據(jù)的分析思維及實操
ceRNA的理論講解 mRNA incRNA miRNA的獲取。ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建,ceRNA網(wǎng)絡(luò)的驗證 ceRNA網(wǎng)絡(luò)的展示(發(fā)表極分子網(wǎng)絡(luò))
免疫微環(huán)境的理論講解,免疫浸潤實操:自己測序樣本中免疫浸潤
細胞豐度的計算;單基因表達與免疫細胞的影響、單基因突變與免疫細胞的影響、單基因拷貝數(shù)對免疫細胞的影響,免疫浸潤細胞與臨床因素的關(guān)系
單基因泛癌分析、泛癌表達量分析、泛癌生存分析 泛癌基因突變 泛癌免疫分析;
多組學分析; |
第5天
19:30-22:30 |
單細胞測序的分析思路及操作流程(單細胞測序核心知識點;單細胞測序數(shù)據(jù)的整理;單細胞測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控;降維分析;聚類分析;單細胞測序細胞亞群的區(qū)分;單細胞測序數(shù)據(jù)的差異分析;單細胞測序細胞群的注釋;新的細胞亞群的鑒定)
生信的其他應(yīng)用(怎么利用TCGA/GEO數(shù)據(jù)庫中找課題?怎么利用TCGA/GEO挖掘下游機制?如何利用TCGA/GEO數(shù)據(jù)庫申請國自然?如何利用TCGA/GEO數(shù)據(jù)庫發(fā)表文章?)
最新熱點的分析思路指導(dǎo)(如何結(jié)合生信熱點發(fā)前沿文章)
SCI文章模塊化寫作精講和修稿策略,實例講解:審稿人讓補充實驗,如何不做實驗也能讓審稿人滿意。
實戰(zhàn)環(huán)節(jié):每個分析步驟的一步一步,“我在講,你在做,不懂你就問”的DIY環(huán)節(jié); |
【涉及的31個議題】
1,沒有課題時,如何找課題、找線索、找機制?
2,后續(xù)細胞實驗,如何精準找到下游作用通路或因子?
3,花錢測序回來的一堆結(jié)果,亂七八糟,怎么梳理、再分析成一篇SCI論文?
4,gene signature類文章的一些禁忌,哪些是評審專家特別看重,一票否決的點?
5,當下熱門的免疫微環(huán)境是怎么回事,怎么利用自己的數(shù)據(jù)進行操作?
6,審稿人說只有生信分析,沒有實驗驗證,怎么辦?,
7, TCGA數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù),怎么下載,需要進行哪些數(shù)據(jù)清洗?
8,文章寫好了,怎么選刊,避免踩雷?
9,WGCNA是什么東西,為什么是生信分析的神器?
10,生存分析有幾種方案?怎么進行批量操作?
11,免疫浸潤的計算方法有多少種,怎么多種方法批量分析?
12,目前有什么熱點,怎么結(jié)合熱點,發(fā)出不一樣的生信文章?
13,單基因生信分析,能做到什么程度?
14,兩個基因,能進行什么生信分析,產(chǎn)生多少結(jié)果用于SCI文章中?
15,一群基因,能進行什么生信分析,產(chǎn)生多少結(jié)果用于SCI文章中?
16,如何利用生信挖掘,沒有試驗前期,也能寫課題中標書?
17,差異表達分析怎么做、配對樣本怎么做,多組樣本怎么做,小樣本怎么做,大樣本怎么做?
18,GSEA基因集富集分析,優(yōu)點是什么,缺點是什么,怎么做?CNS的大牛文章中到底是怎么用GSEA的?怎么在文章或課題里利用GSEA加分?
19,ceRNA網(wǎng)絡(luò)怎么構(gòu)建? 對于mRNA,miRNA,lncRNA,cirRNA,我們應(yīng)該做些什么?
20,GE0芯片數(shù)據(jù),除了熱圖、火山圖,還能做什么?
21,那么多GEO平臺,如何以不變應(yīng)萬變的進行探針I(yè)D轉(zhuǎn)換?
22,GEO多芯片數(shù)據(jù),如何進行批次效應(yīng)的處理?
23,ssGSEA算是批次效應(yīng)的終結(jié)者嗎?批次效應(yīng)的終結(jié)者到底是什么?
24,如何對長鏈非編碼RNA、假基因等一網(wǎng)打盡的注釋?
25,單基因GSEA怎么做?有什么用途?跑出的結(jié)果怎么挑選和分析?
26,TCGA數(shù)據(jù)的正常和癌組織怎么分組,轉(zhuǎn)移和未轉(zhuǎn)移怎么分組,配對樣本怎么挑選?
27,如何從TCGA數(shù)據(jù)中提取出lncRNA?
28,同一基因出現(xiàn)不同的分析結(jié)果,我該信誰?
29,做通路分析時,肺癌的數(shù)據(jù)聚類出肝癌的通路,這是怎么回事?
30,我想進一步學習,但害怕四處折騰踩雷,有什么避雷指南?
31,別人生信學3個月或?qū)W半年,我怎么學,才能后來居上,超過他們?
【主辦單位】
瑋瑜科研平臺(上,|瑜生物科技有限公司)
【承辦單位】
上,|瑜生物科技有限公司
上海焦務(wù)科技服務(wù)中心
【培訓時間】
2022年1月3日-7日晚上
【注冊費用】
注冊費用:3200元/人
可開會務(wù)、注冊、檢測、分析服務(wù)等發(fā)票
【繳費賬號】
A:匯款賬戶
戶 名:上海焦務(wù)科技服務(wù)中心
賬戶號:9734 0078 8012 0000 0311
開 戶 行:上海浦東發(fā)展銀行大華支行
B:支付寶轉(zhuǎn)賬
收款人:
wybiot@163.com 支付寶戶名:上,|瑜生物科技有限公司
C:信用卡或公務(wù)卡支付
微信或支付寶掃描二維碼支付,通過信用卡/公務(wù)卡扣款
【聯(lián)系人】
聯(lián)系人:謝老師 13611825136
報名郵箱:
wybiot@126.com
參考附件:報名回執(zhí)表