時間 | 授課題目 | 授課內(nèi)容 |
第一天上午 9:00-12:00 |
代謝組學研究技術(shù)與實踐
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1、代謝組學研究思路和流程,全局了解代謝領(lǐng)域新方向 1.1 代謝組學概述 1.2 代謝組學樣本的采集、保存與制備的注意事宜 1.2 代謝組學的應用 2、代謝組學數(shù)據(jù)采集與預處理,決定數(shù)據(jù)統(tǒng)計結(jié)果的準確性 2.1 代謝組學相關(guān)平臺介紹 2.2 常用軟件和數(shù)據(jù)庫介紹(數(shù)據(jù)采集、數(shù)據(jù)預處理、代謝物鑒定) 2.3 數(shù)據(jù)預處理與分析 3、基于SIMCA-P軟件的代謝組學數(shù)據(jù)多元統(tǒng)計分析與實操 3.1 樣本分類(PCA、PLS-DA、OPLS-DA) 3.2 差異變量篩選(S-plot、S+V-plot、VIP等) 3.3 常見圖形結(jié)果解讀 |
第一天下午 14:00-17:00 |
網(wǎng)絡(luò)藥理學研究技術(shù)與實踐 | 4、網(wǎng)絡(luò)藥理學研究思路和流程 5、網(wǎng)絡(luò)藥理學數(shù)據(jù)分析與實操 5.1 化學成分的獲取與篩選(Pubchem、TCMSP數(shù)據(jù)庫、TCMID數(shù)據(jù)庫、Swiss ADME數(shù)據(jù)庫等) 5.2 中藥化學成分靶點獲取(TCMSP數(shù)據(jù)庫、BATMAN-TCM數(shù)據(jù)庫、Similarity Ensemble Approach (SEA)數(shù)據(jù)庫、Swiss Target Prediction數(shù)據(jù)庫、HIT2.0、HERB等) 5.3 疾病靶點富集數(shù)據(jù)庫(DisGeNET數(shù)據(jù)庫、GeneCards數(shù)據(jù)庫、OMIM數(shù)據(jù)庫等) 5.4 化合物與疾病靶點映射(韋恩圖) 5.5 PPI網(wǎng)絡(luò)分析(PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、核心節(jié)點的篩選) 5.6 富集分析(DAVID數(shù)據(jù)庫、Metascape 數(shù)據(jù)庫、KOBAS數(shù)據(jù)庫) 5.7 通路可視化分析工具(氣泡圖、柱狀圖) 5.8 靶點組織定位分析 5.9 網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建—Cytoscape(數(shù)據(jù)導入、節(jié)點關(guān)系的建立、節(jié)點屬性計算、調(diào)整網(wǎng)絡(luò)樣式、篩選及過濾、網(wǎng)絡(luò)圖導出) |
第二天上午 9:00-12:00 |
代謝組學與網(wǎng)絡(luò)藥理學結(jié)合研究技術(shù)與實踐 | 6、代謝組學與網(wǎng)絡(luò)藥理學結(jié)合研究思路 7、代謝組學與網(wǎng)絡(luò)藥理學結(jié)合分析技術(shù) 7.1 代謝組學與網(wǎng)絡(luò)藥理學數(shù)據(jù)的獲取(HMDB數(shù)據(jù)庫、成分靶點獲取、疾病靶點富集數(shù)據(jù)庫、 代謝專屬數(shù)據(jù)庫) 7.2 代謝組學功能分析(富集分析、通路分析等) 7.3 代謝小分子網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)分析(Metscape軟件、OmicsNet數(shù)據(jù)庫) 7.4 代謝組學與網(wǎng)絡(luò)藥理學功能層次關(guān)聯(lián)分析 |
第二天下午 14:00-17:00 |
文獻解讀及實例解析
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8、文獻解讀:代謝組學與網(wǎng)絡(luò)藥理學結(jié)合的文章分析流程和套路 8.1 中藥化學成分靶點與代謝小分子網(wǎng)絡(luò)分析實例(Food Res Int. 2020, 136:109503) 創(chuàng)新點:采用Metscape軟件對代謝組學發(fā)現(xiàn)的差異代謝物和中藥成分的藥物靶點關(guān)聯(lián),聚焦關(guān)鍵蛋白。 8.2 代謝組學與網(wǎng)絡(luò)藥理學功能層次關(guān)聯(lián)分析實例(JEthnopharmacol. 2021,264:113281. ) 創(chuàng)新點:采用功能富集工具分別對網(wǎng)絡(luò)藥理學和代謝組學數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián),聚焦關(guān)鍵通路。 8.3代謝組學和網(wǎng)絡(luò)藥理關(guān)聯(lián)分析實例(Comput Struct Biotechnol J. 2021, 19:1002-1013) 創(chuàng)新點:整合代謝組學和網(wǎng)絡(luò)藥理學,從代謝小分子網(wǎng)絡(luò)和代謝組學功能分析出發(fā),多維度聚焦關(guān)鍵通路和關(guān)鍵蛋白。 9、實例解析與練習 9.1 TCMSP數(shù)據(jù)庫獲取與篩選化學成分 9.2 Swiss Target Prediction數(shù)據(jù)庫預測成分靶點 9.3 DisGeNET數(shù)據(jù)庫獲取疾病靶點 9.4 化合物與疾病靶點映射 9.5 PPI網(wǎng)絡(luò)繪制 9.6 DAVID軟件進行富集分析 9.7 Cytoscape工具繪制成分-靶點圖 9.8 Metscape繪制代謝-酶網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)圖 |