中科新生命新品極微量蛋白質(zhì)組學(xué)助力臨床樣本研究

 

蛋白質(zhì)作為生物體內(nèi)的功能擔(dān)當(dāng)，在描繪生理疾病狀態(tài)的分子過程、藥物靶點(diǎn)開發(fā)、生殖與健康、標(biāo)志物研究等領(lǐng)域中均有重要的研究?jī)r(jià)值。中科新生命一直致力于以質(zhì)譜技術(shù)為核心的前沿蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)方法的開發(fā)和應(yīng)用。

隨著2021年單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)產(chǎn)品的震撼上市，已實(shí)現(xiàn)了單個(gè)細(xì)胞的蛋白鑒定且完成了一次性分選1000個(gè)細(xì)胞的重大突破，中科新生命近期再次推出重磅新品-極微量蛋白質(zhì)組學(xué)，全方位打造單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)+極微量蛋白質(zhì)組學(xué)+經(jīng)典蛋白質(zhì)組學(xué)的系統(tǒng)解決平臺(tái)。無論您的樣本是一個(gè)細(xì)胞、一百個(gè)細(xì)胞還是百萬個(gè)細(xì)胞，中科新生命均可以以專業(yè)的水平完成您的樣本的分析。

那么此次推出的極微量蛋白質(zhì)組學(xué)有哪些值得關(guān)注的特色、與經(jīng)典蛋白質(zhì)組學(xué)方法和單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)方法又有哪些區(qū)別呢？

下面就跟隨小編從樣本范圍、方法特色以及鑒定深度三個(gè)方面一一解開極微量蛋白質(zhì)組學(xué)的神秘面紗。
 

一、檢測(cè)范圍 

極微量樣本用量低至100個(gè)細(xì)胞，組織用量低至1mg，體液類低至5μL

根據(jù)樣本類型及其特點(diǎn)，我們將其歸結(jié)為三類（圖1），目前前兩者樣本類型已有對(duì)應(yīng)的組學(xué)技術(shù)解決其定性、定量的問題，但是第三類樣本類型如何選擇合適的組學(xué)技術(shù)進(jìn)行分析呢？

圖1 樣本類型和適用組學(xué)技術(shù)

沒錯(cuò)，我們推出的極微量蛋白質(zhì)組學(xué)可實(shí)現(xiàn)對(duì)這些樣本類型的檢測(cè)。極微量蛋白組學(xué)對(duì)細(xì)胞樣本量的需求低至10²個(gè)，組織用量可低至1mg，房水腦脊液等樣本用量可低至10μL，極大減少了樣本需求量，為您減小樣本獲取量的難度！

圖2  各組學(xué)技術(shù)對(duì)于樣本量的需求

二、專屬方法 

蛋白肽段一步提取法+新一代4D-DIA平臺(tái)=全新極微量解決方案

由于流式分選細(xì)胞、體液等樣本量極少，若采用傳統(tǒng)的蛋白質(zhì)組學(xué)方法進(jìn)行處理，不僅樣本量損失較大，低豐度蛋白的檢出率也會(huì)受到極大影響。中科新生命的極微量蛋白質(zhì)組學(xué)從兩個(gè)維度對(duì)此進(jìn)行優(yōu)化與提升：

·蛋白肽段一步提取法

通過single-pot and miniaturized in-solution digestion (SMID)法及SP3等多種適用于極微量樣本的蛋白提取方法進(jìn)行組學(xué)上機(jī)前制備，同時(shí)免去蛋白定量、電泳等復(fù)雜中間過程及轉(zhuǎn)管操作，大大提高樣本提取效率。

·質(zhì)譜采集方式優(yōu)化

工欲善其事，必先利其器。中科新生命極微量蛋白組學(xué)搭載新一代tims TOFpro2離子淌度質(zhì)譜平臺(tái)解決低豐度蛋白的檢測(cè)難題，同時(shí)采用DIA數(shù)據(jù)非依賴性掃描模式進(jìn)行采集，大大提高蛋白鑒定深度。

圖3  極微量蛋白組學(xué)實(shí)驗(yàn)流程
 

三、高深度

100個(gè)細(xì)胞1500+、1000個(gè)細(xì)胞5000+鑒定能力，兼容多種細(xì)胞類型、適用于干細(xì)胞、生殖、免疫等多個(gè)領(lǐng)域

除了降低樣本用量的特色優(yōu)勢(shì)外，極微量蛋白質(zhì)組學(xué)在蛋白鑒定深度方面也實(shí)現(xiàn)了極大的突破。我們的實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)顯示，在60min的4D-DIA 采集模式下，100、1000、10000個(gè)293T細(xì)胞的鑒定數(shù)量分別達(dá)到了將近2000、6000、7000的檢測(cè)能力（圖4）。

此外，在不同樣本類型中也實(shí)現(xiàn)了鑒定深度的新突破：1個(gè)卵細(xì)胞的鑒定數(shù)量可達(dá)2300，1000個(gè)流式分選細(xì)胞的鑒定數(shù)量高至5100（圖5）。

圖4 不同293T細(xì)胞數(shù)量的蛋白鑒定深度


圖5 不同樣本類型的鑒定數(shù)量
 

總結(jié)
極微量蛋白質(zhì)組學(xué)介于單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)與經(jīng)典蛋白質(zhì)組學(xué)之間，實(shí)現(xiàn)了在低樣本需求量的同時(shí)可達(dá)到高深度的鑒定水平，且對(duì)樣本的新鮮與否無特殊要求，是一種高效、便捷、穩(wěn)定的蛋白檢測(cè)新方法。至此中科新生命已經(jīng)建立起從單細(xì)胞蛋白組學(xué)到極微量蛋白組學(xué)再到經(jīng)典蛋白組學(xué)全方位、完善的蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái)，滿足不同研究人員的多種實(shí)驗(yàn)需求。

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