單細(xì)胞測(cè)序與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班通知

【會(huì)議背景】
單細(xì)胞測(cè)序是從單個(gè)細(xì)胞水平對(duì)基因組和轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行研究。2015年以來(lái)，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技術(shù)的出現(xiàn)，徹底降低了單細(xì)胞測(cè)序的成本門(mén)檻。自此，單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)被廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)科研和臨床研究。通過(guò)單細(xì)胞測(cè)序可以最大程度的反映細(xì)胞的異質(zhì)性，發(fā)現(xiàn)新的細(xì)胞群和細(xì)胞亞群，并為闡明細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)換的調(diào)控機(jī)理提供了技術(shù)保障。單細(xì)胞技術(shù)以及數(shù)據(jù)分析方法在腫瘤、發(fā)育生物學(xué)、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域有重要應(yīng)用，是現(xiàn)今生命科學(xué)研究的焦點(diǎn)。
常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息，而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的同時(shí)保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息�？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)、腫瘤微環(huán)境等領(lǐng)域的研究利器。
【會(huì)議特色】
本次課程以近期CNS文章為案例主線，逐一詳細(xì)剖析，全程電腦實(shí)戰(zhàn)教學(xué)。理論與實(shí)踐相結(jié)合，老師將以最簡(jiǎn)單易懂的方式，既介紹單細(xì)胞測(cè)序的研究方法、分析內(nèi)容和最新前沿進(jìn)展，又介紹具體的數(shù)據(jù)庫(kù)、工具和軟件的使用，并在課堂上進(jìn)行上機(jī)指導(dǎo)。講師經(jīng)驗(yàn)豐富，教學(xué)深入淺出，能讓大家獲得從單細(xì)胞組學(xué)原始數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)CNS圖形繪制的實(shí)戰(zhàn)能力。
【講師簡(jiǎn)介】
來(lái)自中科院，長(zhǎng)期從事單細(xì)胞多組學(xué)方面的項(xiàng)目研究，目前已在Nature等雜志發(fā)表文章四十多篇，承擔(dān)國(guó)家科技部、國(guó)家自然基金委和重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃等多項(xiàng)課題。
【預(yù)期目標(biāo)】
本學(xué)習(xí)班由多年從事單細(xì)胞組學(xué)研究的科研人員授課，通過(guò)深入淺出的理論講解和實(shí)例案例，幫助學(xué)員拓展研究思路，提升科研水平，增加職業(yè)競(jìng)爭(zhēng)力。通過(guò)本次課程培訓(xùn)將使學(xué)員系統(tǒng)掌握當(dāng)前主流的單細(xì)胞組學(xué)分析流程、方法和軟件，從零基礎(chǔ)實(shí)現(xiàn)到CNS圖表的繪制，同時(shí)提升研究深度和廣度，拓寬研究思路。
【主要內(nèi)容】
1.熟悉單細(xì)胞組學(xué)圖表解讀和研究思路。
2.掌握單細(xì)胞組學(xué)分析標(biāo)準(zhǔn)流程和常用軟件。
3.熟悉單細(xì)胞數(shù)據(jù)的分型和marker基因鑒定。
4.掌握單細(xì)胞數(shù)據(jù)的軌跡分析及功能富集分析。
5.了解單細(xì)胞課題設(shè)計(jì)方法及研究思路。
6.熟悉并掌握單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)實(shí)用技能
【課程內(nèi)容】

第一天上午 9:00-12:00	單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)與應(yīng)用	1. 單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)的發(fā)展和原理。 2. 單細(xì)胞在各個(gè)科研領(lǐng)域的應(yīng)用。 3. 單細(xì)胞高分文章分析思路解析（細(xì)胞群鑒定、擬時(shí)序分析、差異表達(dá)、功能富集、轉(zhuǎn)錄因子、細(xì)胞通訊等）。 4. 單細(xì)胞組學(xué)分析常用數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及使用。	理論
第一天下午 14:00-17:00	單細(xì)胞組學(xué)數(shù)據(jù)分析實(shí)操	1. R語(yǔ)言簡(jiǎn)介及安裝，RStudio的安裝及使用說(shuō)明。 2. R語(yǔ)言語(yǔ)法介紹及常用命令。 3. R語(yǔ)言的數(shù)據(jù)處理功能及統(tǒng)計(jì)應(yīng)用。 4. 10X官方單細(xì)胞軟件Cellranger講解及實(shí)操。 5. 從基因表達(dá)矩陣開(kāi)始到marker基因篩選全過(guò)程講解及實(shí)操。 6. 通過(guò)Seurat軟件進(jìn)行PCA及tSNE降維。 7. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞鑒定及聚類(lèi)分析。 8. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異分析。	實(shí)操
第二天上午 9:00-12:00	單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組軌跡、通路、轉(zhuǎn)錄因子等分析及繪圖實(shí)操	1. 通過(guò)Seurat 合并多樣本及消除樣本異質(zhì)性。 2. 通過(guò)Monocle軟件進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組擬時(shí)間分析。 3. 通過(guò)DAVID及metascape網(wǎng)站進(jìn)行通路富集分析。 4. 通過(guò)GSVA計(jì)算細(xì)胞通路得分信號(hào)等。 5. 通過(guò)cellphonedb進(jìn)行細(xì)胞互作分析。 6. 通過(guò)infercnv推斷染色體拷貝數(shù)變異。 7. 通過(guò)SCENIC軟件進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)分析。	實(shí)操
第二天下午 14:00-17:00	空間轉(zhuǎn)錄組+單細(xì)胞測(cè)序聯(lián)合分析	1. 空間轉(zhuǎn)錄組基本概念及原理。 2. 單細(xì)胞及空間轉(zhuǎn)錄組研究思路及案例分享。 3. 單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合課題設(shè)計(jì)。 4. 空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析。 5. 通過(guò)Seurat進(jìn)行空間變量特征的識(shí)別。 6. 與單細(xì)胞數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析（空間細(xì)胞類(lèi)型定義）。 7. 通過(guò)Seurat處理多個(gè)切片。	理論+實(shí)操
備注: 自備電腦，windows電腦建議win10 64位以上系統(tǒng)，內(nèi)存不低于4G，建議8G以上。上課主要軟件為R和Rstudio。

會(huì)議時(shí)間：2022年8月20-21日
會(huì)議地點(diǎn)：騰訊網(wǎng)絡(luò)會(huì)議
主辦單位：北京華斯泰生物醫(yī)學(xué)科技有限公司、合肥華斯泰生物醫(yī)學(xué)科技有限公司
收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)：會(huì)務(wù)費(fèi)：3000元/人，此次課程為線上直播教學(xué)模式，開(kāi)課前統(tǒng)一提供配套電子版培訓(xùn)資料。參加培訓(xùn)的學(xué)員課后可通過(guò)微信群繼續(xù)和授課講師交流，長(zhǎng)期獲得指導(dǎo)機(jī)會(huì)。
課程結(jié)束后統(tǒng)一快遞紙質(zhì)版蓋章通知和正式發(fā)票，如提前需要請(qǐng)聯(lián)系會(huì)務(wù)組。
繳費(fèi)方式:
本次會(huì)議費(fèi)委托合肥華斯泰生物醫(yī)學(xué)科技有限公司收取并統(tǒng)一提供會(huì)務(wù)發(fā)票。
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