交大Scientific Reports發(fā)文構建世界首個蛋白質芯片數(shù)據(jù)庫

博翀生物戰(zhàn)略合作單位上海交通大學系統(tǒng)生物醫(yī)學研究院陶生策老師等構建了世界上首個蛋白質芯片數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫針對蛋白質芯片的特點，設計了一套蛋白質芯片數(shù)據(jù)儲存標準，以及提供了在線“一鍵式”蛋白質芯片數(shù)據(jù)分析工具。2016年1月27日，該研究成果發(fā)表在Nature子刊《Scientific Reports》。

蛋白質芯片是一項強大的蛋白質組學研究技術，該技術已被廣泛地用于基礎研究和臨床研究。到目前為止已累計了大量的原始芯片實驗數(shù)據(jù)，但仍缺乏一個專門為蛋白質芯片量身打造的數(shù)據(jù)庫, 不能有效地共享以進一步發(fā)揮數(shù)據(jù)的價值。對此，本研究構建了一個蛋白質芯片數(shù)據(jù)庫PMD（www.proteinmicroarray.cn），作為專門儲存和分享蛋白質芯片原始數(shù)據(jù)的公共數(shù)據(jù)庫平臺。

目前，PMD已經(jīng)收錄了多種不同類型的蛋白質芯片數(shù)據(jù)，如蛋白質組芯片、抗體芯片和凝集素芯片等。另外，為了方便那些對蛋白質芯片數(shù)據(jù)感興趣的用戶挖掘數(shù)據(jù)信息，PMD還整合了多個關鍵的生物芯片和蛋白質組數(shù)據(jù)分析工具，提供了一個自動化的數(shù)據(jù)分析接口，用戶提交后原始數(shù)據(jù)后，PMD將自動完成分析并生產(chǎn)完整的分析報告待用戶下載。完整的分析報告包括數(shù)據(jù)標準化結果、差異信號點篩選結果、聚類和注釋結果等。

PMD是首個專門儲存和分享蛋白質芯片數(shù)據(jù)的公共平臺。在該數(shù)據(jù)庫中，用戶可“一站式”獲取蛋白質芯片實驗的數(shù)據(jù)和相關信息，具體包括原始芯片數(shù)據(jù)、芯片信息和芯片文章信息等。與此同時，用戶還可利用數(shù)據(jù)庫內嵌的“一鍵式”數(shù)據(jù)分析工具來進行蛋白質芯片數(shù)據(jù)的分析和深度挖掘。該數(shù)據(jù)庫的成功建立必將為推動蛋白芯片技術的廣泛應用、蛋白組學研究的飛速發(fā)展起到至關重要的作用。PMD數(shù)據(jù)庫也必將成為中國人類蛋白質組計劃（CNHPP）推進過程中一個極其重要的科學成果。

廣州博翀生物科技有限公司專注于蛋白質芯片研究領域，提供最專業(yè)的蛋白質芯片產(chǎn)品、服務和平臺，推動基于蛋白質芯片的蛋白質組學發(fā)展和蛋白質芯片的臨床應用。陶生策研究員作為廣州博翀生物科技有限公司戰(zhàn)略指導專家，對我司芯片產(chǎn)品的研發(fā)、生產(chǎn)以及技術服務等給予了許多支持與幫助。

文章鏈接：http://www.nature.com/articles/srep19956