用戶專(zhuān)訪：OT-2在單細(xì)胞RNA測(cè)序文庫(kù)制備中的應(yīng)用

單細(xì)胞 RNA 測(cè)序能夠以單細(xì)胞為單位進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，這項(xiàng)研究可以讓我們進(jìn)一步了解一些稀有且貴重的細(xì)胞群。盡管單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)的使用越來(lái)越廣泛，但這項(xiàng)技術(shù)的成本仍然相當(dāng)昂貴。除了測(cè)序平臺(tái)和每次單獨(dú)運(yùn)行的成本外，文庫(kù)制備步驟既昂貴又費(fèi)力。然而，把文庫(kù)制備步驟進(jìn)行自動(dòng)化可以有效減少實(shí)驗(yàn)結(jié)果的變異性，同時(shí)節(jié)約研究人員的寶貴時(shí)間，解放他們的雙手，讓科研人員能有更多時(shí)間用來(lái)來(lái)設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)或分析數(shù)據(jù)。
目前，市面上能實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞RNA測(cè)序的自動(dòng)化文庫(kù)制備成本高達(dá) 260,000 美元，昂貴的成本已經(jīng)超出了市面上大部分小型研究實(shí)驗(yàn)室的預(yù)算。  
為了向更多實(shí)驗(yàn)室提供這項(xiàng)自動(dòng)化技術(shù)，Retro Biosciences 成功“破解”了 Opentrons 的 OT-2 自動(dòng)化移液平臺(tái)，使其能夠?qū)崿F(xiàn)自動(dòng)化文庫(kù)制備功能，同時(shí)成本僅為 26,000 美元！節(jié)約了10倍的啟動(dòng)成本。
今天本期我們將為大家?guī)��?lái)我們的客戶合作案例：Retro Biosciences 在OT-2上進(jìn)行單細(xì)胞RNA測(cè)序自動(dòng)化文庫(kù)制備。  
專(zhuān)訪客戶介紹
Retro Biosciences 是一家位于加州的生物醫(yī)藥公司，專(zhuān)注于血漿療法、細(xì)胞重編程和細(xì)胞自噬研究。 問(wèn)：請(qǐng)簡(jiǎn)單介紹一下Retro Biosciences 公司？
答：Retro Biosciences 的成立最初是一家臨床治療藥物研發(fā)公司，后來(lái)主要業(yè)務(wù)是開(kāi)發(fā)預(yù)防性藥物來(lái)解決細(xì)胞衰老問(wèn)題。
大多數(shù)研究衰老的生物學(xué)公司都專(zhuān)注于單一的衰老機(jī)制，而 Retro Biosciences 是一家多項(xiàng)目公司，我們努力探索的三種療法有：細(xì)胞重編程、自噬和血漿啟發(fā)療法。
我們了解到醫(yī)院接待的病人中有 80% 以上的疾病負(fù)擔(dān)源自于衰老機(jī)制，因此我們希望找到能直接解決這些問(wèn)題的療法，幫助更多病人。
 
問(wèn)：自動(dòng)化如何幫助您實(shí)現(xiàn)目標(biāo)？
答：機(jī)器自動(dòng)化是不知疲倦的，可以持續(xù)性工作，同時(shí)自動(dòng)化的效率顯著超越人工。
我們正在探索未知的生物學(xué)，其中一些探索涉及到的參數(shù)以及參數(shù)組合非常廣泛，如果繼續(xù)讓科研人員使用手動(dòng)的方式進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，我認(rèn)為這是對(duì)研究者科學(xué)頭腦的一種浪費(fèi)。
 
問(wèn)：您為自動(dòng)化單細(xì)胞RNA測(cè)序的文庫(kù)制備創(chuàng)建了一個(gè)非常酷且非常實(shí)惠的解決方案。請(qǐng)告訴我們您創(chuàng)造這個(gè)方案的初衷，以及您是如何做到的？
答：文庫(kù)制備對(duì)我們來(lái)說(shuō)是一個(gè)入門(mén)項(xiàng)目。自動(dòng)化的最大優(yōu)勢(shì)是你可以將那些固有的、大量重復(fù)的、最不希望出錯(cuò)的環(huán)節(jié)自動(dòng)運(yùn)作起來(lái)，節(jié)約時(shí)間，減少人工失誤。
我們?cè)谶@里做了很多單細(xì)胞RNA測(cè)序。每一次測(cè)序我們需要面臨的分析和研究任務(wù)都很重，因此我們必須開(kāi)發(fā)新的軟件功能（例如液位特定移液）和硬件功能（例如改進(jìn)的磁珠分離系統(tǒng)），它使我們能夠直觀地審查協(xié)議中的所有步驟，以發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤并驗(yàn)證質(zhì)量。
 
問(wèn)：您在 Github 上發(fā)表了這項(xiàng)工作，引發(fā)了不錯(cuò)的反響， 您為什么決定公開(kāi)這項(xiàng)工作？
答：對(duì)我們來(lái)說(shuō)，在廣泛的生物學(xué)研究中降低科研成本對(duì)社會(huì)的好處，遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)了我們對(duì)同行的競(jìng)爭(zhēng)關(guān)系的狹隘擔(dān)憂。我們希望有更多從事同類(lèi)研究的科研者可以從自動(dòng)化中獲益。
 
總結(jié)：
Retro Biosciences 通過(guò)展示Opentrons開(kāi)源自動(dòng)化移液系統(tǒng)創(chuàng)造了屬于自己的單細(xì)胞測(cè)序文庫(kù)制備自動(dòng)化流程，幫助了更多研究單細(xì)胞測(cè)序的實(shí)驗(yàn)室能夠啟動(dòng)自動(dòng)化，提升他們的研究效率。
我們的開(kāi)源自動(dòng)化程序可以通過(guò)編程來(lái)完成研究人員需要的任何事情，同時(shí)把成本控制在較低的范圍內(nèi)。我們被 Retro Biosciences 引領(lǐng)的創(chuàng)新所震撼，期待他們未來(lái)的持續(xù)創(chuàng)新。