伯豪生物首例HD高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)已順利完成
2024年1月9日，10x genomics宣布空間轉(zhuǎn)錄組新品Visium HD芯片開始上市，這標(biāo)志著10x空轉(zhuǎn)家族中真正的單細(xì)胞分辨率級別的空間全轉(zhuǎn)錄組測序產(chǎn)品正式問世。
4月試劑到達(dá)伯豪生物實(shí)驗(yàn)室后經(jīng)過一個(gè)月的培訓(xùn)與測試，便開始進(jìn)行實(shí)際項(xiàng)目上機(jī)實(shí)驗(yàn)。今天，國內(nèi)第一批HD空間轉(zhuǎn)錄組真實(shí)數(shù)據(jù)新鮮出爐。經(jīng)過客戶的同意后，分享給大家一睹HD高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組芯片的強(qiáng)大！
上機(jī)樣本為某特殊腫瘤樣本，兩張相同類型樣本同時(shí)上機(jī)，表格內(nèi)結(jié)果為雙樣本結(jié)果均值。結(jié)果可見：共獲得678115個(gè)Bin（Spot），每個(gè) Bin 平均鑒定到的 Reads 數(shù)為636.5，平均UMI數(shù)為130.3，鑒定到的總基因數(shù)為18009（人探針總基因數(shù)為18085，實(shí)際檢測到了18009個(gè)，證明捕獲效率非常好），整體結(jié)果很棒！
下圖展示了樣本HE圖及組織總UMI數(shù)與圖像對齊結(jié)果，可以看出除腫瘤壞死組織外，大部分區(qū)域的UMI數(shù)都在500以上。
visium HD芯片摒棄了以大直徑55um spot的設(shè)計(jì)，而是采用2*2um的正方形當(dāng)做基礎(chǔ)分析單位，芯片中間沒有空隙。真正的能夠做到無間隙，無偏好性的單細(xì)胞分辨率水平的空間轉(zhuǎn)錄組。目前HD芯片發(fā)布捕獲框大小是6.5*6.5mm的規(guī)格，可檢測物種是人和小鼠，兼容石蠟樣本。
兼容H&E染色以及IF染色
Visium HD空間基因表達(dá)兼容H&E染色以及IF染色�？稍谕唤M織切片上進(jìn)行高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析。
搭載Visium CytAssist獲得最好的數(shù)據(jù)
Visium HD將強(qiáng)大的全轉(zhuǎn)錄組空間基因表達(dá)與單細(xì)胞尺度分辨率結(jié)合起來，來發(fā)現(xiàn)每一微米組織中獨(dú)特的生物學(xué)特性。同時(shí)啟用 CytAssist 儀器，讓樣本在簡單的運(yùn)行工作流中獲得最好的數(shù)據(jù)。
數(shù)據(jù)分析：Space Ranger & Loupe Browser
Visium HD具備一體化的數(shù)據(jù)分析模式，使用Space Ranger，可自動將空間基因表達(dá)信息疊加在組織圖像上，將原始fastq數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控，比對，定量等步驟后轉(zhuǎn)為gene表達(dá)矩陣，供分析人員進(jìn)行二級分析。還可以使用Loupe Browser進(jìn)一步可視化和探索Visium HD的數(shù)據(jù)，同時(shí)兼容R和Python開發(fā)的生態(tài)系統(tǒng)繼續(xù)分析Visium HD數(shù)據(jù)。
Visium HD 芯片與基礎(chǔ)芯片技術(shù)比較
4月試劑到達(dá)伯豪生物實(shí)驗(yàn)室后經(jīng)過一個(gè)月的培訓(xùn)與測試，便開始進(jìn)行實(shí)際項(xiàng)目上機(jī)實(shí)驗(yàn)。今天，國內(nèi)第一批HD空間轉(zhuǎn)錄組真實(shí)數(shù)據(jù)新鮮出爐。經(jīng)過客戶的同意后，分享給大家一睹HD高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組芯片的強(qiáng)大！
全國首批Visium HD空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目
數(shù)據(jù)展示
數(shù)據(jù)展示
上機(jī)樣本為某特殊腫瘤樣本，兩張相同類型樣本同時(shí)上機(jī)，表格內(nèi)結(jié)果為雙樣本結(jié)果均值。結(jié)果可見：共獲得678115個(gè)Bin（Spot），每個(gè) Bin 平均鑒定到的 Reads 數(shù)為636.5，平均UMI數(shù)為130.3，鑒定到的總基因數(shù)為18009（人探針總基因數(shù)為18085，實(shí)際檢測到了18009個(gè)，證明捕獲效率非常好），整體結(jié)果很棒！
下圖展示了樣本HE圖及組織總UMI數(shù)與圖像對齊結(jié)果，可以看出除腫瘤壞死組織外，大部分區(qū)域的UMI數(shù)都在500以上。
樣本HE圖及組織總UMI數(shù)與圖像對齊
對數(shù)據(jù)進(jìn)行降維聚類（8μm bin）后，共獲得10個(gè)Clusters. A組織Bin 8µm 降維聚類數(shù)據(jù)
本次上機(jī)HD數(shù)據(jù)均達(dá)到10x內(nèi)部demo數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)。
本次上機(jī)HD數(shù)據(jù)均達(dá)到10x內(nèi)部demo數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)。
10x visium HD產(chǎn)品介紹
無偏好性的單細(xì)胞分辨率visium HD芯片摒棄了以大直徑55um spot的設(shè)計(jì)，而是采用2*2um的正方形當(dāng)做基礎(chǔ)分析單位，芯片中間沒有空隙。真正的能夠做到無間隙，無偏好性的單細(xì)胞分辨率水平的空間轉(zhuǎn)錄組。目前HD芯片發(fā)布捕獲框大小是6.5*6.5mm的規(guī)格，可檢測物種是人和小鼠，兼容石蠟樣本。
單細(xì)胞分辨率進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)分析--具有連續(xù)的組織覆蓋率
利用連續(xù)排列的捕獲區(qū)域（無間隙），探索整張組織切片中最細(xì)微的生物學(xué)信息。 兼容H&E染色以及IF染色
Visium HD空間基因表達(dá)兼容H&E染色以及IF染色�？稍谕唤M織切片上進(jìn)行高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析。
搭載Visium CytAssist獲得最好的數(shù)據(jù)
Visium HD將強(qiáng)大的全轉(zhuǎn)錄組空間基因表達(dá)與單細(xì)胞尺度分辨率結(jié)合起來，來發(fā)現(xiàn)每一微米組織中獨(dú)特的生物學(xué)特性。同時(shí)啟用 CytAssist 儀器，讓樣本在簡單的運(yùn)行工作流中獲得最好的數(shù)據(jù)。
數(shù)據(jù)分析：Space Ranger & Loupe Browser
Visium HD具備一體化的數(shù)據(jù)分析模式，使用Space Ranger，可自動將空間基因表達(dá)信息疊加在組織圖像上，將原始fastq數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控，比對，定量等步驟后轉(zhuǎn)為gene表達(dá)矩陣，供分析人員進(jìn)行二級分析。還可以使用Loupe Browser進(jìn)一步可視化和探索Visium HD的數(shù)據(jù)，同時(shí)兼容R和Python開發(fā)的生態(tài)系統(tǒng)繼續(xù)分析Visium HD數(shù)據(jù)。
Visium HD 芯片與基礎(chǔ)芯片技術(shù)比較
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