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在線講座:劍橋晶體結構數(shù)據(jù)中心CCDC系列

瀏覽次數(shù):1130 發(fā)布日期:2024-7-10  來源:本站 本站原創(chuàng),轉載請注明出處

劍橋結構數(shù)據(jù)庫(CSD)由劍橋晶體數(shù)據(jù)中心(CCDC)維護,是全球最大的小分子晶體結構數(shù)據(jù)庫,包含近129萬個結構。CSD不僅是數(shù)據(jù)存儲的寶庫,更是開發(fā)新藥、農(nóng)用化學品和新型功能材料的重要數(shù)據(jù)源。
為了更好地利用這一龐大資源,CCDC提供了一系列先進的軟件工具,包括CSD-CrossMiner、GOLD和Mogul。這些工具結合了豐富的CSD晶體數(shù)據(jù),幫助科學家們更好地理解分子間的相互作用,支持藥物分子的優(yōu)化和新藥的開發(fā)。

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一、藥效團導向的結構數(shù)據(jù)庫探索:CSD-CrossMiner在現(xiàn)代藥物發(fā)現(xiàn)中的創(chuàng)新應用

時間:7月18日(周四)下午15:00-16:20

藥效團是藥物分子中與生物靶點發(fā)生特定相互作用的化學特征,構建藥效團模型是計算藥物設計的一種重要方法。CSD-CrossMiner是一款基于藥效團搜索數(shù)據(jù)庫的創(chuàng)新工具,能夠在CSD和PDB中高效搜索匹配的結構。通過CSD-CrossMiner,研究人員可以交互式地構建和修改藥效團特征,識別關鍵的分子骨架和相互作用模式,從而加速新藥的發(fā)現(xiàn)和優(yōu)化。

講座內(nèi)容:

在本次講座中,我們將詳盡介紹CSD-CrossMiner的工作原理和獨特特點,并詳細解釋各種藥效團特征及其在藥物設計中的應用。

此外,我們將通過實際案例展示CSD-CrossMiner在不同研究場景下的多功能性,特別是在骨架躍遷和反向尋靶的應用。通過操作演示,您將直觀體驗該軟件的高級功能,學習如何有效地構建藥效團,優(yōu)化您的分子設計。

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二、揭秘金屬離子與大環(huán)分子:通過GOLD軟件進行精準對接

時間:7月25日(周四)下午15:00-16:20 

金屬離子和大環(huán)分子在藥物研發(fā)項目中非常常見,但其復雜的結構和相互作用模式對分子對接提出了更高的要求。GOLD是CCDC開發(fā)的一款專業(yè)軟件,為蛋白質-配體對接提供了完整的解決方案。依托于CCDC豐富的晶體數(shù)據(jù),GOLD在生成分子對接構象、處理含金屬離子的體系對接以及模擬有水分子參與的配體-蛋白質相互作用等方面展現(xiàn)出顯著優(yōu)勢。通過使用GOLD軟件,研究人員可以精確模擬分子結合構象,探索分子間的相互作用,從而優(yōu)化藥物設計。

講座內(nèi)容:

在本次講座中,我們將詳盡介紹GOLD軟件關鍵功能和參數(shù)設置,包括蛋白柔性處理、配體構象生成、水分子處理、金屬處理等方面。

此外,我們將通過具體案例和軟件實操,重點展示GOLD軟件處理復雜對接體系的能力,特別是在金屬蛋白對接、有機金屬化合物或大環(huán)化合物與蛋白的對接方面的技術優(yōu)勢。

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三、探索分子結構的奧秘:使用ConQuest和Mogul獲取扭轉角分布知識

時間:8月1日(周四)下午15:00-16:20 

分子的三維結構和構象是決定其生物活性的重要因素。Mogul和ConQuest是由CCDC提供的兩款專門用于小分子構象檢索和分析的強大工具。Mogul能夠迅速評估分子構象在實際晶體環(huán)境中的分布情況,而ConQuest則專用于從CSD檢索和提取結構信息,并與Mercury軟件無縫對接,進行參數(shù)統(tǒng)計和圖形展示。這些工具為藥物設計提供了重要的晶體學數(shù)據(jù)支持和構象分析手段。

講座內(nèi)容:

在本講座中,我們將詳細介紹Mogul軟件的核心功能及其實際應用,尤其是如何利用Mogul進行分子結構的驗證和構象異構體的生成。

同時,我們也將詳細探討如何結合使用ConQuest和Mercury軟件來獲得特定扭轉角度的分布數(shù)據(jù),并展示如何應用這些數(shù)據(jù)在藥物設計中獲得新的靈感。

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別錯過這次機會,加入我們的講座,擴充您的科研工具箱,掌握CCDC軟件的高效應用技巧。我們期待與您一起探索CCDC在藥物研發(fā)中的無限可能!

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