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Arraystar Human LncRNA V4.0 Microarray & Mouse LncRNA V3.0 Microarray & Rat LncRNA V2.0 Microarray
聚焦品牌優(yōu)勢
>> 檢測lncRNA表達量靈敏度高、技術最成熟。 lncRNA表達水平比mRNA低，芯片比RNA-seq更適合對低豐度RNA分子的檢測。
>> 收錄lncRNA更新最及時，覆蓋最全面、最可靠。可同時檢測lncRNA和編碼蛋白的mRNA。
>> 注釋LncRNA基因組信息、分類及潛在的調控機制，為深入研究lncRNA復雜生物學功能提供參考。
>> 針對lncRNA不同轉錄本異構體的特異性探針，可區(qū)分多個可變剪接體。
>> 提供豐富的數(shù)據(jù)信息，用于調控型lncRNA與編碼蛋白的mRNA之間共表達及關聯(lián)研究。
國際尖端LncRNA研究利器
DNA轉錄形成的RNA中絕大部分是長鏈非編碼RNA（lncRNAs）。lncRNA與mRNA分子結構相似，但沒有蛋白編碼能力。LncRNAs能夠在多個層面（轉錄及轉錄后層面）調控基因的表達水平；參與了基因組印記、染色質表觀修飾、轉錄激活、轉錄抑制等多種重要調控過程。越來越多的LncRNAs在疾病和生物學過程中發(fā)揮重要功能。與mRNA相比，lncRNAs具有更好的組織特異性，是進行分子標志物研究的理想分子。
Arraystar是lncRNA芯片技術的領跑者，創(chuàng)新性的將lncRNAs與mRNAs設計在同一張芯片上進行檢測。迄今為止，利用Arraystar lncRNA芯片已經發(fā)表了大量高水平文章，成為研究lncRNA強有力的工具。 目前Arraystar通過迅速整合學科前沿和數(shù)據(jù)庫中的新lncRNA，發(fā)布了最新版本的人類V4.0 LncRNA表達譜芯片、小鼠V3.0 LncRNA表達譜芯片以及大鼠V2.0 LncRNA表達譜芯片。
經典與創(chuàng)新的碰撞: 金標準LncRNAs, 可靠的LncRNAs以及編碼蛋白的mRNAs
與具有詳盡注釋的蛋白編碼基因不同， lncRNAs常常缺乏注釋，信息分散且收集不全。Arraystar擁有高質量的轉錄組和lncRNA數(shù)據(jù)庫，通過生物信息學方法建立了科學、嚴謹?shù)膌ncRNA篩選流程。Arraystar人類LncRNA V4.0芯片共收錄了40,173 個lncRNAs，主要分為兩大類：7,506個金標準LncRNAs和32,667個可靠的LncRNAs，實現(xiàn)了對所有權威數(shù)據(jù)庫（如Refseq, USCS Known Genes, GENCODE, lincRNA catalogs, lncRNAdb, T-UCRs, RNAdb, NRED 等）、高水平文章和超過47 Tb RNA-seq數(shù)據(jù)中的lncRNA最全面、最可靠和最及時的整理和收集。
金標準lncRNAs (Gold Standard LncRNAs)
金標準lncRNAs全部采用經過詳細注釋和實驗驗證確定的lncRNAs，剔除了公共數(shù)據(jù)庫中大量的lncRNA部分片段、不完整的UTRs和不可靠的lncRNAs。 金標準lncRNAs具有完善的信息標注，包括轉錄單位、轉錄本異構體、功能機制以及亞細胞定位。它們的主要來源如下：
·lncRNAdb v2.0匯集了功能性lncRNAs ；
·Arraystar篩選和收集了高水平文章中的lncRNA；
·Level 1 GENCODE v21精心挑選了具有RT-PCR-seq方面實驗數(shù)據(jù)支持的LncRNAs ；
·Refseq 嚴格篩選了可信度高、具有全長序列的LncRNAs ；
·Arraystar通過ENCODE CAGE Clusters,，PolyA-seq，深度RNA-Seq以及capture seq獲得的，具有5’TSS、3’末端和表達量信息的全部lncRNA轉錄本 。
可靠的lncRNAs (Reliable LncRNAs)
除了金標準lncRNA外，其他的 lncRNA序列主要通過整合數(shù)據(jù)庫和經典文獻中的轉錄單位（Transcription Units）而獲得。DNA鏈的轉錄起始于DNA模板的一個特殊起點，并在一個終點處終止，此轉錄區(qū)域稱為轉錄單位。根據(jù)轉錄本長度、來源數(shù)據(jù)庫和其他有效信息，每個轉錄單位挑選一個最具代表性的lncRNA進行檢測。最終從308,525個lncRNA序列中篩選出32,667個可靠的 LncRNAs分子。
編碼蛋白的mRNAs (Protein Coding mRNAs)
根據(jù)與UniProt蛋白數(shù)據(jù)庫的匹配程度，將RefSeq 及GENCODE數(shù)據(jù)庫中收錄并篩選的蛋白編碼mRNA分為3類，依次為權威的、非權威的和不匹配的。Arraystar的人類V4 LncRNA芯片共挑選并收錄了 20,730個編碼蛋白的轉錄本。
lncRNA研究的信息寶藏：系統(tǒng)而實用的lncRNA注釋
一站式芯片技術服務包含系統(tǒng)而詳細的lncRNA注釋、子類分析等重要分析項目，這些信息有助于揭示lncRNAs復雜的生物學功能。通過研究發(fā)現(xiàn)，lncRNAs在凋亡、分化、發(fā)育等多種生物學過程以及人類疾病，如癌癥、神經系統(tǒng)疾病及心血管疾病中發(fā)揮重要功能。針對上述研究報道的所有LncRNAs，我們提供了全面的注釋便于交叉引用，幫助您深入了解lncRNAs的生物功能和分子機制。
基因組結構 根據(jù)LncRNAs在基因組上相對于蛋白編碼基因的位置關系，可以系統(tǒng)的將其分為 （1） Intergenic （LincRNA），（2） Intronic，（3） Bidirectional，（4） Sense-overlapping，（5） Antisense ，（6） Pseudogene這6種類型 ，這種位置關系對于推測lncRNA的功能具有很大幫助，包括調控方式是順式（cis）還是反式（trans），調控層面是轉錄還是轉錄后。
高度保守的LncRNAs 基因組中高保守區(qū)域（UCR）或高保守非編碼元件（UCNEs）轉錄出來的lncRNAs可能具有重要的生物學功能。在其他物種中與人類基因組結構相同的lncRNAs（即使只有中度同源)也會被收錄。因為與全序列保守性相比，基因組結構與基因調控的關系更加密切。
組織特異性lncRNAs LncRNAs呈現(xiàn)出嚴格的組織或時序特異性，可能與其發(fā)揮的功能密切相關。其中特別標示出6,059個與細胞譜系或癌癥相關的lncRNAs分子。
疾病相關 lncRNAs 包含了LncRNADisease數(shù)據(jù)庫中收錄的已知與疾病相關的lncRNAs 。
疾病SNP相關lncRNAs 覆蓋帶有疾病易感位點的LncRNAs ，可能與疾病發(fā)生發(fā)展密切相關。
在生物學功能中LncRNAs和mRNA的共表達 收錄了與生物學過程或功能基因集相關的LncRNAs（例如，血管生成、缺氧、代謝、增殖、細胞周期、細胞黏附、DNA損傷修復）。
癌癥相關LncRNAs LncRNAs可以在不同類型癌癥中發(fā)揮作用，通過上千例癌癥樣本中l(wèi)nRNA的大范圍研究表明，其表達量發(fā)生了癌癥特異性改變。
基因間超長鏈非編碼RNAs（vlincRNA) 長度從50 kb到1 Mb，作用涉及多種生物學過程， 例如多能性、癌癥、細胞凋亡、細胞周期以及細胞衰老。
其他類型 例如，缺氧誘導型非編碼高保守轉錄本（HINCUTs），壓力誘導型長鏈非編碼轉錄本 （LSINCTs）。
科學的“轉錄本特異”探針
與mRNA一樣，LncRNAs是以轉錄本的形式發(fā)揮功能的。特定基因位點往往可以轉錄出多個沒有開放閱讀框，不同功能的轉錄本。大部分芯片平臺只針對基因的3’端設計“基因特異性”探針，無法有效區(qū)分不同轉錄本。而Arraystar LncRNA芯片針對剪切連接位點或外顯子序列設計了“轉錄本特異性”探針，能夠實現(xiàn)對不同轉錄本的準確、特異性檢測（圖 1） 。
圖1. BCL2L1基因的不同轉錄本BCL-XL、 BCL-XS和ENST412972在癌癥中發(fā)揮著不同甚至截然相反的生物學功能。Arraystar LncRNA芯片設計的轉錄本特異性探針（紅色）可以準確、特異性地區(qū)分不同轉錄本。 與之相比，基因特異性探針（紫/黃/綠色）無法區(qū)分不同轉錄本。箭頭代表轉錄方向。
結果助力科研成果
Arraystar lncRNA芯片實驗結果：一方面，可以為您提供差異表達的基因信息; 另一方面，高級分析項目，（如圖2、圖3所示）， 可以幫助您進一步挖掘lncRNA-mRNA表達水平的相關性，預測lncRNA功能，充分利用芯片所提供的海量信息。
圖2. CNC分析，在HCC中l(wèi)ncRNA與mRNA的部分共表達網(wǎng)絡，選擇與最多癌癥相關mRNA具有共表達關系的lncRNA-HEIH作為研究對象
圖3. Lnc-GSEA 分析，用來確定重要生物學功能顯著相關的lncRNA分子
Arraystar LncRNA 芯片參數(shù)
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人類V4.0 |
小鼠V3.0 |
大鼠V2.0 |
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探針總數(shù) |
60,903 |
60,804 |
38,237 |
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探針結合位點 |
轉錄本的外顯子或剪接位點處設計特異性探針 |
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探針特異性 |
轉錄本特異性 |
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標記方法 |
標記cRNAs的全長，沒有3’序列偏好性；即使對低豐度或部分降解的RNA轉錄本也可進行靈敏、高效的標記 |
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檢測LncRNAs數(shù)目 |
40,173 |
35,923 |
13,611 |
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金標準LncRNAs |
7,506 |
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可靠的 LncRNAs |
32,667 |
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具有開放閱讀框的LncRNAs |
1,428 |
1,428 |
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轉錄的假基因 |
699 |
3,419 |
2,140 |
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蛋白編碼mRNAs |
20,730 |
24,881 |
24,626 |
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LncRNA來源 |
數(shù)據(jù)庫（更新至 2015）: Refseq, UCSC, GENCODE, LncRNAdb, RNAdb, NRED, lincRNA catalogs (Cabili et al 2011, Clark et al 2015, Iyer et al 2015), ENCODE CAGE Clusters, PolyA-seq, deep RNA-Seq 及capture seq 數(shù)據(jù)庫。
Arraystar 收集并篩選的LncRNA。
引用文獻: 2015年以前的科學出版物。 |
數(shù)據(jù)庫: Refseq (05/2013), UCSC Known Gene 6.0, Ensembl 38.71, Fantom3, RNAdb 2.0, and NRED。 |
數(shù)據(jù)庫： NCBI Refseq[12], Ensembl 5.0.79[43], lncRNAdb[21];
引用文獻 [10,11,15,18, 20]： T-UCRs，進化上保守的 LncRNAs |
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mRNA來源 |
Refseq, GENCODE關聯(lián) UniProt 數(shù)據(jù)庫 |
共識編碼序列(CCDS) 數(shù)據(jù)庫 |
NCBI Refseq[12], Ensembl 5.0.79[43] |
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