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穩(wěn)定細菌樣本中的RNA
RNAprotect Bacteria Reagent可在RNA純化步驟前立即穩(wěn)定RNA,從而確?煽康幕虮磉_和分析數(shù)據(jù)。在細菌培養(yǎng)基中直接加入試劑即可穩(wěn)定革蘭氏陽性和革蘭氏陰性菌。
RNAprotect Bacteria Reagent可在純化RNA前,立即穩(wěn)定樣本,避免RNA降解和表達譜變化(參見RNAprotect Bacteria Reagent prevents mRNA degradation和GeneChip analysis)。RNAprotect Bacteria Reagent適合多種細菌樣本,包括革蘭氏陽性菌(如:Staphylococcus aureus和Mycobacterium avium)和革蘭氏陰性菌(如:Escherichia coli和Salmonella typhimurium)。在純化RNA前,細菌可在限制培養(yǎng)基或完全培養(yǎng)基中生長。
使用傳統(tǒng)方法收集細胞并純化RNA時,有可能導(dǎo)致細菌表達譜出現(xiàn)巨大變化。RNA酶降解會導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物減少或缺失,因為細菌mRNA分子通常僅有幾分鐘的半衰期。此外,在加工和處理樣本過程中,基因可能會被誘導(dǎo),導(dǎo)致某些轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的表達水平升高。RNAprotect Bacteria Reagent可在純化RNA前,立即穩(wěn)定RNA,避免出現(xiàn)以上問題。
在純化RNA前,將2體積的試劑直接加入1體積的細菌培養(yǎng)基中,可立即穩(wěn)定RNA(參見RNAprotect Bacteria Reagent procedure)。這種穩(wěn)定方法可實現(xiàn)高效的細菌裂解,有多種實驗方案可供選擇:酶裂解、機械破碎或這兩種方法結(jié)合使用。QIAGEN推薦使用TissueLyser進行高效的機械破碎。
RNAprotect Bacteria Reagent穩(wěn)定的細菌可應(yīng)用RNeasy Kits分離總RNA。