常用生物軟件簡介

一、Microarray軟件

1. Array Designer 4.25 Build 42501，為微陣列批量設(shè)計cDNA引物和寡核苷酸引物的工具，適用于Windows和Linux系統(tǒng)。

斯坦福編寫的軟件系列：

2. ScanAlyze，Microarray圖像分析軟件，從單一或雙色熒光雜交產(chǎn)生的熒光圖像中分析結(jié)果ScanAlyze提供了執(zhí)行這個過程中一個交互式圖形環(huán)境 - 網(wǎng)格化 - 并提供工具，以簡化和半自動化這個過程。提取物對每個點(diǎn)的信息（熒光強(qiáng)度，背景強(qiáng)度，螢光比例和質(zhì)量控制參數(shù)等種類繁多），并保存在接下來的分析使用的數(shù)據(jù)文件中。

3. Cluster和TreeView，結(jié)合使用2種軟件來處理大量的Microarray數(shù)據(jù)，分許歸納為各種聚類并用樹狀圖形顯示結(jié)果。

4. J-express， Molmine公司編寫，是一個用JAVA語言寫的應(yīng)用程序，界面清晰漂亮，用來分析微矩陣實驗獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，包括分層聚類，K-means功能。需要下載安裝JAVA運(yùn)行環(huán)境JRE6.0，才能運(yùn)行。

5. phoretix Array， Nonlinear Dynamics公司的基因片綜分析軟件。能分析高密度DNA和蛋白，每塊微陣列可以被分成小塊或按用戶指定的網(wǎng)格排列。

二、質(zhì)粒繪圖

1. ApE- A Plasmid Editor，適用于Windows，Linux/Unix。讀取DNA Strider,，F(xiàn)asta，GeneBank，EMBL文件格式，在圖中顯示翻譯，Tm，CG含量，ORF等信息。

2. BVTech Plasmid，BVTech Plasmid是用于DNA序列分子和質(zhì)粒繪圖的收費(fèi)軟件，運(yùn)行在Windows系統(tǒng)上。

3. gene construction kit， 一款功能強(qiáng)大的收費(fèi)軟件，除了常用的質(zhì)粒繪圖工具還可以制作并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過程，包括質(zhì)粒構(gòu)建，模擬電泳條帶。繪出的質(zhì)粒圖還可以繼續(xù)用來構(gòu)建克隆策略圖譜。功能多，使用時略有不便，要花時間研究一下。

3. NoeClone，軟件擁有強(qiáng)大的虛擬克隆，模擬凝膠電泳，繪制克隆流程圖以及質(zhì)粒圖譜以及序列圖譜的顯示和分析功能。同時擁有中文操作界面。

4. EZ PLASMID MAP，在線質(zhì)粒繪圖工具。

5. PlasMapper，在線質(zhì)粒繪圖工具。

6. NetPlasmid，在線質(zhì)粒繪圖工具。

三、RNA二級結(jié)構(gòu)

1. RnaViz，一款界面友好的RNA二級結(jié)構(gòu)圖繪制程序�？缮�成用于文章發(fā)表的，高質(zhì)量的二級結(jié)構(gòu)圖。

2. RNA Structure 5.2，RNA和DNA二級結(jié)構(gòu)分析、預(yù)測工具。同行也可用于預(yù)測生物分子、寡核苷酸與目標(biāo)RNA之間的結(jié)合力。Mac OS-X系統(tǒng)使用JAVA編寫的圖形化界面，命令行方式適用于Max OS-X, Linux和Windows。

3. RNAdraw， 結(jié)合了RNA二級結(jié)構(gòu)計算和分析。

4. CLC RNA Workbench， 采用自由能量最小化算法預(yù)測RNA結(jié)構(gòu)。提供給用戶一個友好的界面來完成復(fù)雜的運(yùn)算工作。

四、引物設(shè)計

1. Primer Premier，PREMIER Biosoft開發(fā)的專業(yè)用于PCR或測序引物以及雜交探針的設(shè)計，評估的軟件，主要界面有序列編輯窗口（Genetank），引物設(shè)計窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）�？梢院唵蔚赝ㄟ^手動拖動鼠標(biāo)以擴(kuò)增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來。

2. Oligo，用于引物分析的著名軟件，主要應(yīng)用于核酸序列引物分析設(shè)計軟件，同時計算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預(yù)測序列二級結(jié)構(gòu)。

五、蛋白分析

1. InterViewer，顯示和分析蛋白交互作用軟件，據(jù)其網(wǎng)站介紹，運(yùn)行速度比其他軟件快許多。

2. GPMAW，蛋白質(zhì)質(zhì)譜與序列分析軟件。

3. ProteoWizard，蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析，跨平臺的開源軟件。

4. ANTHEPROT，蛋白序列分析軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容。應(yīng)用此軟件包，使用個人電腦，便能進(jìn)行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測,包括：進(jìn)行蛋白序列二級結(jié)構(gòu)預(yù)測；在蛋白序列中查找符合PROSITES數(shù)據(jù)庫的特征序列；繪制出蛋白序列的所有理化特性曲線；在Internet或本地蛋白序列數(shù)據(jù)庫中查找類似序列；計算蛋白序列分子量，比重與各蛋白殘基百分組成；計算蛋白序列滴定曲線與等電點(diǎn)；選定一個片段后，繪制Helical Wheel圖；進(jìn)行點(diǎn)陣圖（Dot Plot）分析；計算信號肽潛在的斷裂位點(diǎn)等功能。

5. WinPep，分析蛋白序列的工具軟件。

六、DNA分析

1. WinGene，DNA序列分析。

2. ChromasPro，序列查看、修改軟件。可以打開可打開ABI、SCF、FASTA、EMBL、GenBank、SwissProt、 GenPept、GCG RSF等格式的序列文件。從事測序工作的基本工具軟件。

3. gbench，NCBI開發(fā)的分析序列數(shù)據(jù)軟件平臺。使用gbench 可以查詢NCBI公開序列數(shù)據(jù)和自己的序列數(shù)據(jù)，進(jìn)行各種分析。

4. Sequence Viewer，NCBI開發(fā)的DNA序列圖形顯示軟件。

5. BiQ Analyzer，DNA甲基化分析軟件。

6. Chromatogram Explorer，顯示、處理序列層析圖譜文件軟件。下載的軟件包中還包括其他免費(fèi)相關(guān)軟件，如ABI,FASTA,multi-FASTA格式轉(zhuǎn)換工具。

7. CisGenome Browser，基因組數(shù)據(jù)顯示、分析軟件，整合了tiling array, ChIP-seq, genome and cis-regulatory分析等功能。

8. DNA Baser Sequence Assembler，DNA序列裝配、分析、格式轉(zhuǎn)換軟件。