ddPCR與qPCR在銀鯧魚的種屬鑒定與定量研究方面的比較

銀鯧魚的種屬鑒定與定量研究
Species identification and quantfication of silver pomfret using the droplet digital PCR assay

 
背景
 
銀鯧魚（Pampus argenteus）是一種經(jīng)濟價值高的物種，中國有巨大的市場需求。近年來，由于高強度的捕撈，銀鯧魚的數(shù)量有所下降，為了維持利潤，一些制造商已經(jīng)采取了用更便宜的魚代替銀鯧魚，進行食品的造假、摻假。

目的

開發(fā)一種準確的方法來識別銀鯧魚食品，減少食品造假、摻假的非法行為。

實驗材料

銀鯧魚和金鯧魚， 兩種魚按照比例分別為0.1%、0.5%、1%、10% 和50% 進行混合， 即混合物中含有0.1g銀鯧魚/99.9g金鯧魚、0.5g銀鯧魚/99.5g金鯧魚、1g銀鯧魚/99g金鯧魚、10g銀鯧魚/90g金鯧魚，還有50克銀鯧魚/50克金鯧魚。

實驗設計

①篩選ddPCR引物和探針；
②特異性測試；
③引物和探針之間濃度比篩選；
④熔融溫度篩選；
⑤PCR循環(huán)數(shù)篩選；
⑥qPCR對比測試。

 
CY-1 細胞色素氧化酶Ⅰ亞基（COI） CY-2 細胞色素B（cytb）
CY-3 16srrna
對三組引探進行測試，CY-2、CY-3無擴增產(chǎn)物，故本實驗采用CY-1組引探。
 
2，特異性測試

 
銀鯧魚液滴數(shù)字PCR檢測的特異性檢驗。{ 樣品說明如下： PC， 陽性對照（ 銀鯧魚）；NC， 陰性對照（ 無菌蒸餾水）；1，卵狀細鱗鯛；2，無節(jié)圓鰓鯛；3，點狀圓鰓鯛；4，圓頭鯛；5，中國對蝦；6，灰鯛。
 
3，引物和探針之間濃度比篩選

不同的引物與探針濃度進行實驗對比，最終選取了300：200、300：300、400：200三種濃度比進行下一步測試。
 
 
4，熔融溫度篩選

對實驗③的三種不同濃度的探針進行TM篩選，最終選定56℃、57℃、58.2℃三個溫度來進行下一步測試。
 
 
5，PCR循環(huán)數(shù)篩選

對實驗④的三個溫度進行循環(huán)數(shù)篩選。
 

 

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