Octet分子互作應(yīng)用文獻(xiàn)：第二季度國(guó)內(nèi)文獻(xiàn)解讀

我們之前統(tǒng)計(jì)了第一季度的國(guó)內(nèi)Octet文章（Octet2021第一季度國(guó)內(nèi)SCI文章整理），第二季度繼續(xù)發(fā)力，陳老濕下載到了近70篇，去除預(yù)印版和綜述，歸納了近50篇文章的單位和應(yīng)用。
 

可見，有至少40個(gè)單位用到了Octet，其中中國(guó)藥科大學(xué)是Q2發(fā)表最多的單位，另外復(fù)旦大學(xué)、武漢病毒所、東北師大、中國(guó)海洋大學(xué)等也發(fā)表了多篇文章。
 

從應(yīng)用方向來看，依然涉及到了多個(gè)應(yīng)用，而小分子+多肽應(yīng)用文獻(xiàn)數(shù)量超過了1/3，是Q2文章中最多的應(yīng)用。足以說明Octet不僅簡(jiǎn)單易用可以短時(shí)間內(nèi)獲得動(dòng)力學(xué)數(shù)據(jù)，而且具備足夠的靈敏度來測(cè)試小分子。今天陳老濕就帶大家暢游這些小分子文章。
 

高親和力小分子測(cè)定[1]
單位：大連理工大學(xué)

• 小分子：LFS-31，萊菔素類似物
• 靶點(diǎn)：chromosomal maintenance 1 (CRM1, exportin-1)
• 潛在適應(yīng)癥：乳腺癌為主
• 實(shí)驗(yàn)方法：Octet RED96e，SSA固化蛋白，檢測(cè)小分子，結(jié)合解離各3分鐘
• Octet：KD = 43.1 nM
• 機(jī)理：增加IκBα在細(xì)胞核內(nèi)的滯留，防止誘導(dǎo)降解信號(hào)通路
• BLI原始數(shù)據(jù)：
 

陳老濕點(diǎn)評(píng)：該小分子化合物親和力在幾十nM，灰常不錯(cuò)了，最高濃度幾百nM就可以了。
 

共價(jià)化合物親和力測(cè)定[2]
單位：中國(guó)藥科大學(xué)

• 小分子：withangulatin A (WA)，天然產(chǎn)物
• 靶點(diǎn)：Phosphoglycerate Dehydrogenase (PHGDH)
• 潛在適應(yīng)癥：腫瘤
• 實(shí)驗(yàn)方法：Octet RED96，NTA固化蛋白，檢測(cè)小分子
• Octet結(jié)果：KD = 4.74 uM
• 機(jī)理：WA結(jié)合PHGDH的295絲氨酸位點(diǎn)，封閉底物結(jié)合位點(diǎn)
• BLI原始數(shù)據(jù)：
 

陳老濕點(diǎn)評(píng)：共價(jià)小分子解離比較慢，但是親和力不一定很高，因?yàn)榭赡芙Y(jié)合慢，知道kon/koff的重要性了吧。
 

輔酶和酶的結(jié)合測(cè)定[3]
單位：東北師范大學(xué)
• 小分子：丁酰輔酶 (BCoA）、丙二酰輔酶 (MCoA)
• 靶點(diǎn)：CPT1A
• 潛在適應(yīng)癥：非感染腸道炎癥
• 實(shí)驗(yàn)方法：Octet RED96，NTA固化蛋白，檢測(cè)輔酶
• Octet結(jié)果：定性檢測(cè)，突變后的CPT1A與BCoA、MCoA結(jié)合（信號(hào)）能力降低
• 機(jī)理：膳食纖維可以在腸道中消化成丁酸，然后變成BCoA，BCoA與CPT1A底物MCoA結(jié)合位點(diǎn)相同（R243位點(diǎn)），但是BCoA不影響CPT1A活性，解除MCoA對(duì)CPT1A的抑制，增強(qiáng)脂肪酸氧化代謝，促進(jìn)iTreg細(xì)胞分化維持腸道免疫穩(wěn)態(tài)。
• BLI原始數(shù)據(jù)：
 

陳老濕點(diǎn)評(píng)：多吃膳食纖維！
 

類固醇物質(zhì)親和力[4]
單位：中國(guó)藥科大學(xué)
• 小分子：tubocapsenolide A
• 靶點(diǎn)：Src homology 2 phosphatase 2 (SHP-2)
• 潛在適應(yīng)癥：腫瘤
• 實(shí)驗(yàn)方法：Octet RED96e，NTA固化蛋白，檢測(cè)小分子
• Octet：KD = 4.7 uM
• 機(jī)理：抑制Janus kinase信號(hào)通路，激活JAK/STAT3信號(hào)通路
• BLI原始數(shù)據(jù)：
 

陳老濕點(diǎn)評(píng)：像這種每個(gè)濃度的結(jié)合曲線都可以快速達(dá)到飽和的小分子，可以用右邊的靜態(tài)擬合獲得KD值哦。
 

     總結(jié)     

儀器用得好，主要取決于儀器性能、易用性、成本以及售后技術(shù)支持。
如此多的小分子文獻(xiàn)已經(jīng)說明儀器的優(yōu)秀的靈敏度和檢測(cè)性能。
Octet的技術(shù)支持人員從事該行業(yè)平均工作年限6年以上，保證了培訓(xùn)質(zhì)量，并且客戶培訓(xùn)的頻率也比較高。
 

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生物制品與小分子研究

-參考文獻(xiàn)-

【1】Discovery and biological evaluation of a small‐molecule inhibitor of CRM1 that suppresses the growth of triple‐negative breast cancer cells. Traffic, 2021

【2】Identification of a novel PHGDH covalent inhibitor by chemical proteomics and phenotypic profiling. Acta Pharmaceutica Sinica B, 2021

【3】Butyrate enhances CPT1A activity to promote fatty acid oxidation and iTreg differentiation. Proceedings of National Acad Sciences, 2021

【4】Osteosarcoma cell proliferation suppression via SHP-2-mediated inactivation of the JAK/STAT3 pathway by tubocapsenolide A. Journal of Advanced Research,2021