如何避免小鼠微生物組的穩(wěn)定性影響實驗結(jié)果

 
好激動！😄新的研究項目要開展起來了！
但是卻不知道如何挑選小鼠品系😭

小鼠品系的選擇對于研究結(jié)果至關(guān)重要。
特別是可以從多個來源（比如不同供應(yīng)商、當?shù)匮芯恐行倪�是合作者）獲得類似品系的情況下。
 
 
不同來源的小鼠的微生物群落差異較大，而這個差異可能會影響實驗結(jié)論——這是一個非常重要但是常常被忽略的信息。
 
例如，一項研究報告了Th17免疫細胞豐度的巨大差異。Th17免疫細胞是小腸炎癥反應(yīng)的重要群體，這些細胞可能受腸道微生物群體的影響 (Ivanov 2008 Cell Host Microbe, PMID 18854238)。有研究者比較了不同來源的C57BL/6品系中Th17 胞的豐度，包括多個基礎(chǔ)研究的實驗室和商業(yè)供應(yīng)商（例如 Taconic）。
 
結(jié)果表明，和其他來源比起來，杰克森實驗室 (JAX) 小鼠的Th17 胞非常少。后來的研究明確了其中的原因，即腸道分節(jié)絲狀菌 （segmented filamentous bacteria, SFB）可以誘導(dǎo)Th17細胞發(fā)育，該發(fā)育過程在缺乏SFB 小鼠中受阻（Ivanov 2009 Cell PMID 19836068）。
 
其實，不同機構(gòu)的小鼠微生物組差異化這一結(jié)果其實并不讓人意外，因為每家機構(gòu)在食物、水和墊料來源、設(shè)施涉及以及操作實踐（包括健康檢測）等方面往往不盡相同。
 
除了這些外在因素外，小鼠的內(nèi)在因素也會影響微生物特征：
由于遺傳漂變的存在，即使是名稱相似的小鼠品系，其精確的遺傳特征也會有所不同。
基于科學(xué)問題的復(fù)雜性，要提前預(yù)測哪些微生物會影響您的研究是極其困難的。因此，使用微生物組穩(wěn)定的小鼠模型開展實驗，確保得到穩(wěn)定、可重復(fù)的實驗結(jié)果，是規(guī)避此類風險的最優(yōu)的方式。
 
  在過去一項研究中，我們報告了JAX的3種常用小鼠品系的微生物組在5個月內(nèi)均保持穩(wěn)定，且每個小鼠品系都有獨特的微生物特征。
 

---

 
這項觀察結(jié)果還促使我們開展了一項伴隨研究——我們比較了JAX小鼠與市面上其他2家主要供應(yīng)商的類似品系的腸道微生物組。
 
結(jié)果發(fā)現(xiàn)，JAX不同設(shè)施的C57BL/6小鼠的腸道微生物相似性非常高，而而另外兩家供應(yīng)商不同設(shè)施的C57BL/6小鼠則往往有所差異。（比較數(shù)據(jù)和采樣方法如圖所示）
  （將不同JAX不同設(shè)施（Bar Harbor、Sacramento）的C57BL/6NJ和市面上另外兩家供應(yīng)商（A和B）兩個設(shè)施（分別是W、X和Y、Z）的C57BL/6N小鼠運送至專門從事微生物組研究的學(xué)術(shù)動物研究機構(gòu)。從收雄性和雌性小鼠身上采集新鮮的糞便樣本并進行16S rRNA V1V3區(qū)域的測序以比較微生物組成。來自JAX 的C57BL/6J小鼠樣本也包含在我們的分析中，作為評估亞系中細菌群落差異的參考。）
 

---

 
這個結(jié)果表明，JAX對多種健康狀況和不同設(shè)施的JAX小鼠的腸道微生物有較好的穩(wěn)定性。
  
   
關(guān)于小鼠的采購來源，您需要做出許多決定，其中不能妥協(xié)的一個決定是所用小鼠的質(zhì)量，因為這關(guān)系到研究結(jié)果的可重復(fù)性。

作為提供可靠研究模型的小鼠供應(yīng)商，JAX負責為世界各地的研究人員提供始終處于良好健康狀況的小鼠。我們希望通過這些健康狀況良好、遺傳背景清晰可靠的小鼠模型，助力每一位科學(xué)家，共同確保科研結(jié)果的可重復(fù)性。
 

---

 
為了確保小鼠的健康狀況和穩(wěn)定，JAX還設(shè)立了極為嚴格的流程和系統(tǒng)管理措施。 
 
在JAX各個等級的SPF屏障中，“飼料；經(jīng)過濾的酸化飲用水；墊料和微隔離（單獨經(jīng)過 HEPA 過濾）籠等�；\具設(shè)備在高壓滅菌前通過隧道清洗機進行消毒。動物技術(shù)人員需遵守嚴格的房間進入程序，包括穿戴多種形式的個人防護裝備（包括面罩和頭罩）。“最高等級的SPF屏障中，技術(shù)人員還必須穿戴經(jīng)HEPA過濾的空氣帽并通過風淋室入口，才能進入。
 

---

 
同時，JAX也設(shè)置了一套非常嚴密的健康檢測措施，以驗證上述過程并確保小鼠質(zhì)量。
 
了解JAX通過哪些項目改善所生產(chǎn)小鼠的質(zhì)量：
 

JAX健康監(jiān)測項目：
https://www.jax.org/jax-mice-and-services/customer-support/customer-service/animal-health/animal-health-program
 
JAX遺傳穩(wěn)定項目：
https://www.jax.org/jax-mice-and-services/find-and-order-jax-mice/why-jax-mice/patented-genetic-stability-program
 
JAX遺傳質(zhì)量控制項目：
https://www.jax.org/jax-mice-and-services/find-and-order-jax-mice/why-jax-mice/genetic-quality-control-program
 
 
Ivanov II., 2008. Specific microbiota direct the differentiation of IL-17-producing T-helper cells in the mucosa of the small intestine. Cell Hose Microbe. 4(4):337-49. PMID 18854238
 
Ivanov II., 2009. Induction of intestinal Th17 cells by segmented filamentous bacteria. Cell. 139(3):485-98. PMID 19836068