數(shù)字PCR分型在奧密克戎變異株六個突變位點鑒定的應用
我是Omicron，中文名奧密克戎病毒，來自南非的新變種，都聽說了吧，如果你沒聽過我的名號，你可能就有點out了。
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全球各地都有我的身影，國內(nèi)呢，我正在香港、深圳、蘇州等地晃悠，人類給我總結(jié)的特點就是快，傳播快呀~
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聽說新冠自2019年末被發(fā)現(xiàn)至今已累計感染超4億人，新冠達到1億確診時是在2021年1月，之后只用了7個月就達到2億，而翻倍達到4億則只用了6個月，特別是3億到4億只用了1個多月的時間。這主要歸因于我奧密克戎變異株的高傳染性和快速傳播性。
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根據(jù)新冠病毒數(shù)據(jù)庫GISAID目前共享的信息顯示，我奧密克戎變異株的突變位點數(shù)量明顯多于近2年流行的所有新冠病毒變異株，而最近的感染分析發(fā)現(xiàn)，奧密克戎毒株現(xiàn)有感染中也出現(xiàn)了進一步變異的分支亞型，帶R346K變異的BA.1和BA.2。BA.1+ R346K亞型占現(xiàn)今全球奧密克戎序列的約40%，在新西蘭、英國和美國這一比例則為35-60%。BA.2亞型占全球奧密克戎序列的約10%，其流行率正在上升，并且在丹麥、印度和南非已占主導地位。我和之前的新冠病毒相比已經(jīng)改變得面目全非。
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通過人們的研究，對不同分支亞型的治療分析發(fā)現(xiàn)，同屬奧密克戎的不同亞型對不同中和抗體的反應也并不相同。謝曉亮團隊在《nature》的文章表明，奧密克戎RBD上的單個突變會影響不同類別抗體的有效性（該文章篩選了247種人類抗體，且將其分為6類）。例如，奧密克戎可利用突變K417N、G446S、E484A和Q439R逃逸A類至D類的抗體，這些抗體的表位與ACE2結(jié)合基序有重疊。Davide Corti團隊在《nature》發(fā)表的文章也表明奧密克戎免疫逃逸能力或強于之前新冠病毒譜系，研究中測試的8種治療性單克隆抗體中，大部分完全失去了對奧密克戎的中和活性，擴大篩選范圍后，入選的36種中和抗體，只有6種對奧密克戎依然具有強效的中和活性，而在29種靶向RBD特定區(qū)域（受體結(jié)合基序）的單克隆抗體中，有26種對奧密克戎的中和活性出現(xiàn)了顯著下降。
這些結(jié)果都提示我們，未來對新冠病毒的分型將是一個非常重要的工作，不但會影響我們的疫情防控工作，也會影響到我們針對新冠肺炎治療藥物的研發(fā)和不同患者的針對性治療。
我的秘密被暴露了，好像找到了方法對付我。
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讓我看看是啥方法~
原來是naica®微滴芯片數(shù)字PCR一次快速鑒別Omicron新冠病毒變異株刺突（Spike）蛋白6個突變位點，并實現(xiàn)絕對定量，獲得鑒定和監(jiān)控。
應用亮點：
▶ 6個核心突變位點快速檢測。
▶ 可視化微滴溯源單個陽性微滴，確保結(jié)果真實可靠。
▶ 陽性微滴定性分析，同時給出定值，便于監(jiān)測監(jiān)控。(翻譯成中國話就是：檢測位點多、靈敏、還能監(jiān)控我~）
方法描述：
試劑：Omicron（奧密克戎）新冠病毒變異株鑒定試劑盒（珠海輝睿公司）
儀器：naica®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)（北京深藍云生物科技有限公司）
數(shù)據(jù)分析：
數(shù)字PCR通過陽性微滴直接判讀陽性結(jié)果。
▲ 圖1：閾值判讀直觀陽性位點擴增明確
這樣奧密克戎很容易就分型了。
新冠病毒已在全球肆虐了2年多的時間，且仍處于不斷變異過程中，隨著人們對其認識更加深入，人們對其危害的認知也越來越清晰，各種后遺癥的發(fā)現(xiàn)，各種新出現(xiàn)亞型不斷挑戰(zhàn)疫苗和治療手段組成的防線。
我們是否應該針對病毒不同亞型展開更有針對性的治療方案研究？
我們是否應該針對病毒不同亞型的感染特點采取更加有效的防控措施？
我們是否應該針對感染進行更精細化，更個人化的分析和治療？
