PCR在CTC腫瘤負荷和人表皮生長因子受體2(HER2)狀態(tài)研究的應(yīng)用

 PCR（polymerase chain reaction，PCR)即聚合酶鏈反應(yīng)，是利用一段DNA為模板，在DNA聚合酶和核苷酸底物共同參與下，將該段DNA擴增至足夠數(shù)量，以便進行結(jié)構(gòu)和功能分析。PCR應(yīng)用場景廣泛，不僅在基礎(chǔ)研究方面，還包括醫(yī)學(xué)診斷、法醫(yī)學(xué)和農(nóng)業(yè)科學(xué)等各大領(lǐng)域。

近期多篇醫(yī)學(xué)研究多篇文獻中均應(yīng)用到PCR技術(shù)及PCR儀產(chǎn)品，小編為大家做一下簡要分享。  
近期南方醫(yī)科大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)博士生導(dǎo)師、主任醫(yī)師王雅棣課題組在醫(yī)學(xué)期刊《Oncology Research and Treatment》上發(fā)表題為Preliminary Clinical Validation of a Filtration-Based CTC Assay for Tumor Burden and HER2 Status Monitoring in Metastatic Breast Cancer的文章，探索研究基于過濾的CTC測定轉(zhuǎn)移性乳腺癌腫瘤負荷和HER2狀態(tài)監(jiān)測的初步臨床驗證情況。
   
背景介紹：
 
循環(huán)腫瘤細胞(CTC，CirculatingTumorCell)是存在于外周血中的各類腫瘤細胞的統(tǒng)稱，因自發(fā)或診療操作從實體腫瘤病灶(原發(fā)灶、轉(zhuǎn)移灶)脫落，大部分CTC在進入外周血后發(fā)生凋亡或被吞噬，少數(shù)能夠逃逸并錨著發(fā)展成為轉(zhuǎn)移灶，增加惡性腫瘤患者死亡風(fēng)險。CTC檢測通過捕捉檢測外周血中痕量存在的CTC，監(jiān)測CTC類型和數(shù)量變化的趨勢，以便實時監(jiān)測腫瘤動態(tài)、評估治療效果，實現(xiàn)實時個體治療。循環(huán)腫瘤細胞 (CTC) 承載著從基因組改變到蛋白質(zhì)組構(gòu)成的多維腫瘤相關(guān)信息，是一種很有前途的液體活檢材料。 CTC 的臨床有效性在轉(zhuǎn)移性乳腺癌 (MBC) 中得到了最廣泛的研究。  CELLSEARCH^®檢測是目前使用最廣泛的方法，研究者們同時也在尋求替代策略。一種基于過濾的微流體裝置已被用于富集 CTC，但其臨床相關(guān)性仍然未知。

方法：在這項初步研究中，作者研究團隊招募了 47 名 MBC 患者，并評估了上述 CTC 檢測在腫瘤負荷監(jiān)測和人表皮生長因子受體 2 (HER2) 狀態(tài)測定方面的性能。結(jié)果：在基線時，51.1% 的患者 (24/47) 為 CTC 陽性。在伴隨著較差的放射學(xué)反應(yīng)評估的樣本中，CTC 計數(shù)和陽性率也顯著升高。連續(xù)抽血表明，與血清標(biāo)志物癌胚抗原和癌抗原 15-3 相比，CTC 計數(shù)能夠更準確地監(jiān)測腫瘤負荷。此外，與之前的報告相比，CTC-HER2 狀態(tài)與腫瘤-HER2 狀態(tài)中度一致。選定樣本中的 HER2 拷貝數(shù)測量進一步支持了 CTC-HER2 狀態(tài)評估。
結(jié)論：這項研究的初步結(jié)果表明，CDC 檢測在幾個方面都有希望，包括敏感的 CTC 檢測、準確的疾病狀態(tài)反映和 HER2 狀態(tài)確定。目前需要更多的研究來驗證這些發(fā)現(xiàn)，并進一步表征CTC測定的價值。
在實驗驗證中，柏恒科技RePure-A 梯度PCR儀發(fā)揮了一定作用，助力作者實驗研究進行。
   
而在另一篇發(fā)表在《Frontiers in Molecular Biosciences》期刊上的論文，柏恒科技PCR儀也發(fā)揮了不小作用。哈爾濱醫(yī)科大學(xué)附屬二院腎內(nèi)科主任醫(yī)師、博士生及碩士生導(dǎo)師李冰課題組發(fā)表的題為Bioinformatic Analysis Combined With Experimental Validation Reveals Novel Hub Genes and Pathways Associated With Focal Segmental Glomerulosclerosis的文章，作者研究團隊利用生物信息學(xué)分析與實驗驗證相結(jié)合，揭示了與局灶性節(jié)段性腎小球硬化相關(guān)的新型Hub基因和通路。  
 
背景介紹：局灶節(jié)段性腎小球硬化癥 (focal segmental glomerulosclerosis, FSGS)是一種臨床病理綜合征，臨床表現(xiàn)為大量蛋白尿或腎病綜合征，病理以局灶節(jié)段分布的腎小球硬化病變及足細胞變性所致足突融合或消失為特征，多數(shù)表現(xiàn)為激素治療抵抗，并進行性發(fā)展至終末期腎病 (ESRD)。本研究旨在探索與FSGS相關(guān)的樞紐基因和通路，以確定潛在的診斷和治療靶點。
方法：作者團隊從 Gene Expression Omnibus (GEO) 數(shù)據(jù)庫下載了微陣列數(shù)據(jù)集 GSE121233 和 GSE129973。數(shù)據(jù)集包括 25 個 FSGS 樣本和 25 個正常樣本。使用R包“limma”識別差異表達基因（DEG）。Gene Ontology (GO)功能和（KEGG）通路富集分析使用數(shù)據(jù)庫進行注釋，可視化和集成發(fā)現(xiàn) (DAVID)，用于識別 DEG 的通路和功能注釋。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）是基于檢索相互作用基因（STRING）數(shù)據(jù)庫的搜索工具構(gòu)建的，并使用 Cytoscape 軟件進行可視化。然后使用 Cytoscape 的 cytoHubba 插件評估 DEG 的中心基因。使用 FSGS 大鼠模型通過定量實時聚合酶鏈反應(yīng) (qRT-PCR) 驗證中樞基因的表達，并進行接受者操作特征 (ROC) 曲線分析以驗證這些中樞基因的準確性。
結(jié)果：在兩個 GSE 數(shù)據(jù)集（GSE121233 和 GSE129973）中共識別出 45 個 DEG，包括 18 個上調(diào)和 27 個下調(diào)的 DEG。其中，選擇了5個具有高度連通性的樞紐基因。在 PPI 網(wǎng)絡(luò)中，前 5 個中樞基因中，F(xiàn)N1 上調(diào)，而 ALB、EGF、TTR 和 KNG1 下調(diào)。 FSGS大鼠的qRT-PCR分析證實FN1的表達上調(diào)，EGF和TTR的表達下調(diào)。 ROC 分析表明 FN1、EGF 和 TTR 對 FSGS 顯示出相當(dāng)大的診斷效率。
結(jié)論：通過生物信息學(xué)分析結(jié)合實驗驗證，鑒定出三個新的 FSGS 特異性基因，這可能會促進對 FSGS 的分子基礎(chǔ)的理解，并為臨床管理提供潛在的治療靶點。
實驗驗證中，實驗團隊?wèi)?yīng)用了柏恒科技熒光定量PCR儀進行樣品測定并分析。  
除了以上列出的幾篇文獻，柏恒科技PCR儀在生物科研、動物疫病等方面均有廣泛應(yīng)用，下期我們再繼續(xù)分享。
 
文獻中PCR儀產(chǎn)品簡介 RePure系列智能二維梯度PCR儀
本系列PCR儀具有二維梯度摸索功能，多種梯度摸索模式；
自適應(yīng)壓桿式熱蓋，合蓋緊蓋一步到位；
前進后出式風(fēng)道，機器可并排放置，節(jié)約實驗空間； Q3200系列熒光定量PCR儀
本系列熒光PCR儀采用四通道雙16孔模塊設(shè)計，可實現(xiàn)一機多用；
最大升降溫速率8℃/s，大大節(jié)約實驗時間；
體積小，重量輕，方便攜帶；
 
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