干貨分享--高通量測(cè)序原始數(shù)據(jù)上傳教程

 

根據(jù)經(jīng)驗(yàn)，ORCID賬號(hào)和Microsoft注冊(cè)起來都很方便，只需要個(gè)人郵箱并按要求填寫信息后，點(diǎn)擊“Continue”完成注冊(cè)。  

2 創(chuàng)建Bio-Project

01.

輸入BioProject網(wǎng)址，先進(jìn)行個(gè)人信息完善，以便成功申請(qǐng)到 Bio-Project。點(diǎn)擊“My profile”完善個(gè)人信息后并點(diǎn)擊“Save”，即可完成填寫。
 

 

02

點(diǎn)擊 BioProject，再點(diǎn)擊 New submission，進(jìn)入BioProject 的信息填寫頁面，按照步驟進(jìn)行填寫。
 

A

Submitter界面直接點(diǎn)擊continue;

B

Project Type 界面，選擇 Raw sequence reads，有組裝數(shù)據(jù)的也選擇 Genome sequencing and assembly;Sample scope 有 5 類選擇：?jiǎn)我粯颖�，多個(gè)樣本，多物種，環(huán)境樣本，合成樣本等，可按照實(shí)際點(diǎn)擊，其中普通轉(zhuǎn)錄組選擇：Multiisolate;微生物多樣性或宏基因選擇Environment；
 

C
Target 界面，只需填寫研究物種拉丁文名即可；
 

D
General Info 界面，選擇數(shù)據(jù)釋放日期（可以立馬釋放，也可指定日期)，Public description 部分對(duì)自己的研究簡(jiǎn)要描述即可
 

E
BIOSAMPLE、PUBLICATIONS 界面可直接跳過，最后點(diǎn)擊 Submit，等待 NCBI 審核通過，即可完成 Bio-Project 的創(chuàng)建。

3

創(chuàng)建Bio-Sample

01

輸入BioSample網(wǎng)址，點(diǎn)擊 New submission，即出現(xiàn) BioSample 界面，如下：

02
Submitter界面直接點(diǎn)擊Continue;

03

General Information 界面，選擇數(shù)據(jù)釋放日期和樣本個(gè)數(shù)，點(diǎn)擊 Continue;
 

04
Sample Type 界面，有 10 種類型描述樣本，例如病原體、微生物、模式生物、無脊椎動(dòng)物、人、植物樣本等，這里我們選擇“Plant Sample”  ，點(diǎn)擊 Continue；
05
Attributes界面，可以上傳表格，也可以自行填寫表格，
 

如上傳表格數(shù)據(jù)，以下載Excel表格為例進(jìn)行操作：
 

這里需要注意一下表頭的顏色，其中綠色為必填項(xiàng)，藍(lán)色為選填項(xiàng)，黃色為非填項(xiàng)。如果綠色的任何必填字段的信息不可用，可輸入“not collected”、“not applicable”或“missing”替代。藍(lán)色雖為選填項(xiàng)，但至少填寫一個(gè)，同樣出現(xiàn)何必填字段的信息不可用，請(qǐng)輸入“not collected”、“not applicable”或“missing”替代。黃色可以不予填寫。每一個(gè)單元格填寫是有格式要求的，可以點(diǎn)擊需要填寫的列名查看具體格式！

06

完成后，確認(rèn)信息無誤，點(diǎn)擊Submit，即完成BioSample的創(chuàng)建。

4 數(shù)據(jù)上傳SRA
SRA簡(jiǎn)介：SRA(Sequence Read Archieve)數(shù)據(jù)庫是NCBI搭建的存放原始測(cè)序數(shù)據(jù)的平臺(tái)。SRA能兼容不同測(cè)序平臺(tái)的數(shù)據(jù)，比如Sanger測(cè)序、Illumina測(cè)序、PacBio測(cè)序等，所以無論是基因組、重測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組、微生物擴(kuò)增子，還是宏基因組等組學(xué)分析，都可以將原始數(shù)據(jù)上傳SRA。

01 
點(diǎn)擊My submissions頁面中的“Sequence Read Archive”，之后點(diǎn)擊“New submissions”，即可進(jìn)入到SRA提交界面。
 

BioSample accession：注冊(cè)好的Biosample編號(hào)直接填寫;

Library ID：它是唯一的，我們可以使用物種拉丁文名命名。

Library strategy可以選擇WGS，Library source可以選擇Genomic，Library selection可以選擇size fractionation，Library layout可以選擇paired，Platform可以選擇illumina，instrument model可以選擇Illumina NovaSeq 6000;

Filetype可以選擇fastq;后面的Filename 可依次填寫M_sinensis_A_illumina_R1.fastq.gz、M_sinensis_A_illumina_R2.fastq.gz等，填寫完畢后點(diǎn)擊Continue。

D
Files界面：數(shù)據(jù)上傳的選擇方式，若單個(gè)文件數(shù)據(jù)量小于10G，樣本數(shù)小于300個(gè)，我們推薦Aspera方式上傳（如下圖);

 

然后我們點(diǎn)擊choose files，選擇相應(yīng)的桌面文件，如下：
 

注意事項(xiàng)：

（1）所有樣本的原始數(shù)據(jù)需放在同一目錄下；

（2）原始數(shù)據(jù)為 fastq 格式的壓縮文件；

（3）若為雙端測(cè)序，需要提供雙端的原始數(shù)據(jù)，即 R1 端和 R2 端。

接著會(huì)顯示上傳界面，網(wǎng)頁版顯示如下：
 

Aspera軟件界面顯示如下：

03

待所有數(shù)據(jù)上傳成功后，我們就可以進(jìn)入確認(rèn)界面，點(diǎn)擊submit，即SRA數(shù)據(jù)上傳完成，我們只需等待NCBI審核通過，就可獲得對(duì)應(yīng)樣本的SRA編號(hào)。