naica®微滴芯片數(shù)字PCR在量化Dravet綜合征中R613X的轉(zhuǎn)錄水平的應(yīng)用

導(dǎo)讀

Dravet綜合征（Dravet）是一種嚴重的先天性發(fā)育遺傳性癲癇，由SCN1A基因的新生突變引起。在約20%的患者中發(fā)現(xiàn)了SCN1A無義突變，并且在多個患者中鑒定出SCN1A R613X突變。以色列特拉維夫大學(xué)Sagol神經(jīng)科學(xué)學(xué)院、賽克勒醫(yī)學(xué)院人類分子遺傳學(xué)和生物化學(xué)系、Goldschleger眼科研究所研究者在bioRxiv平臺發(fā)表了題為《Heat-induced seizures, premature mortality, and hyperactivity in a novel Scn1a nonsense model for Dravet syndrome》的文章。

作者構(gòu)建了含有無義Scn1a突變的Dravet小鼠模型，該模型中雜合Scn1a R613X突變表現(xiàn)出自發(fā)性癲癇發(fā)作、對熱誘導(dǎo)癲癇發(fā)作的易感性和過早死亡，概括了Dravet的核心癲癇表型。在該研究中，作者使用naica^®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)進行了WT Scn1a和R613X mRNA等位基因特異性定量。

應(yīng)用亮點：

▶ naica^®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)精確量化了Dravet小鼠模型中WT Scn1a和R613X mRNA等位基因的含量。

▶ 在雜合子動物中，naica^®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)精準定量到穩(wěn)定R613X轉(zhuǎn)錄水平為野生型的8.9±0.9%，表明突變等位基因的轉(zhuǎn)錄物在皮質(zhì)組織中經(jīng)歷了無意義介導(dǎo)的RNA衰變(nonsense -mediated RNA decay, NMD)。

這項研究為了定量評估皮質(zhì)中R613X轉(zhuǎn)錄物的水平，使用naica^®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)對WT Scn1a和R613X等位基因進行了特異性檢測。

研究結(jié)果：

naica^®微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng)在WT小鼠的皮質(zhì)組織中未檢測到R613X等位基因，證實了該方法的特異性（圖A）。與WT皮質(zhì)相比，在Scn1aWT/R613X組織中檢測到WT等位基因的水平約為一半，這與雜合子動物的預(yù)期一致(圖B)。在雜合子動物中，穩(wěn)定的突變體R613X轉(zhuǎn)錄為8.9±0.9% (圖C)，比預(yù)期的50%水平低得多，這表明突變等位基因的轉(zhuǎn)錄物在皮質(zhì)組織中經(jīng)歷了強烈的無義介導(dǎo)的衰變(NMD)。

▲圖.Scn1aWT/R613X小鼠皮質(zhì)中Scn1a mRNA表達降低。A. 來自WT小鼠的皮質(zhì)組織顯示沒有可檢測到的R613X等位基因轉(zhuǎn)錄物，證明該等位基因檢測的特異性。B. 在Scn1aWT/R613X小鼠的皮質(zhì)組織中，WT Scn1a等位基因為WT皮質(zhì)中的48.8%。C. R613X與WT等位基因的比值顯示Scn1aWT/R613X動物中Scn1a R613X等位基因的平均穩(wěn)態(tài)水平為WT等位基因的8.9±0.9%。

原文鏈接如下：https://doi.org/10.1101/2023.02.01.526678

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