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數(shù)字PCR在臨床和預(yù)后融合基因檢測(cè)的應(yīng)用

瀏覽次數(shù):2907 發(fā)布日期:2019-10-28  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
眾所周知,融合基因檢測(cè)對(duì)臨床診斷及預(yù)后指導(dǎo)都具有十分重要的意義。那么究竟什么是融合基因呢?
融合基因的發(fā)現(xiàn)始于上個(gè)世紀(jì)60年代,它是指染色體斷裂后又重新拼接。如果恰巧拼接時(shí)發(fā)生了錯(cuò)誤,使兩個(gè)不同基因互相融合,大多數(shù)情況下,它會(huì)造成某些序列或功能異常的蛋白表達(dá),亦或者是某些基因表達(dá)失調(diào),從而促進(jìn)腫瘤的發(fā)生。

傳統(tǒng)的數(shù)字PCR檢測(cè)融合基因的方法主要有顯微觀察,原位雜交等;新一點(diǎn)的方法有高通量測(cè)序等,但多因?yàn)榘l(fā)生基因融合原因的多樣性,融合基因的表達(dá)量較低等因素而達(dá)不到精確的測(cè)定。
目前,新的定量技術(shù)-數(shù)字PCR方法的發(fā)展使得精確檢測(cè)融合基因變成了可能。如一篇文章中報(bào)道所示:
毛細(xì)胞星形細(xì)胞瘤(Pilocytic astrocytomas)是年輕患者中最常見(jiàn)的神經(jīng)膠質(zhì)瘤亞型,占所有神經(jīng)膠質(zhì)瘤的5.4%。KIAA1549基因和BRAF基因融合是毛細(xì)胞星形細(xì)胞瘤的標(biāo)志,能夠精確檢測(cè)到二者的融合對(duì)于診斷至關(guān)重要。此外,由于KIAA1549-BRAF融合性地激活MAP激酶途徑,因此它也代表了諸如MEK抑制劑之類(lèi)的藥物的靶標(biāo)。研究人員用數(shù)字PCR的方式檢測(cè)了一批福爾馬林固定石蠟包埋組織上的KIAA1549-BRAF基因融合情況,包括40個(gè)毛細(xì)血管星形細(xì)胞瘤,27個(gè)難以分類(lèi)的神經(jīng)上皮腫瘤,15個(gè)胚胎發(fā)育不良的神經(jīng)上皮瘤和18個(gè)神經(jīng)膠質(zhì)瘤。并將該結(jié)果和檢測(cè)KIAA1549-BRAF融合狀態(tài)的金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)RNA測(cè)序方法進(jìn)行比較,結(jié)果發(fā)現(xiàn)與RNA測(cè)序相比,數(shù)字PCR檢測(cè)的靈敏度和特異性為100%。
到目前為止,人們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了大約2萬(wàn)個(gè)融合基因,但是它們?cè)诎┌Y發(fā)展中相關(guān)機(jī)制仍知之甚少。因此,能夠精準(zhǔn)的檢測(cè)出融合基因并對(duì)其進(jìn)行相關(guān)研究,是癌癥精準(zhǔn)醫(yī)療中的重要一步。目前采用數(shù)字PCR進(jìn)行融合基因的檢測(cè)正逐漸變成一種主流方法。
法國(guó)Stilla Technologies的NaicaTM微滴芯片數(shù)字PCR系統(tǒng),利用cutting-edge微流體創(chuàng)新型芯片——Sapphire芯片作為數(shù)字PCR過(guò)程的唯一耗材。樣品通過(guò)毛細(xì)通道網(wǎng)格以30,000個(gè)微滴的形式進(jìn)入2D芯片中。并且還是首款3色熒光檢測(cè)儀器,整個(gè)流程只需要兩個(gè)半小時(shí)。結(jié)合強(qiáng)大的圖像分析技術(shù)和直觀可視的檢測(cè)功能,從而達(dá)到了數(shù)字PCR定量卓越的置信水平,獲得的數(shù)據(jù)真實(shí)可信。

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