特殊物種的細(xì)胞因子的選擇與攻克難題判斷種屬交叉反應(yīng)的關(guān)鍵
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| 細(xì)胞因子是由免疫細(xì)胞（淋巴細(xì)胞、單核-巨噬細(xì)胞等）和相關(guān)細(xì)胞（成纖維細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞等）產(chǎn)生的調(diào)節(jié)細(xì)胞功能的高活性多功能多肽或蛋白質(zhì)分子，通過結(jié)合細(xì)胞表面的相應(yīng)受體發(fā)揮生物學(xué)作用。不同哺乳動(dòng)物在進(jìn)化過程中其分泌的細(xì)胞因子氨基酸序列存在差異，這就告訴我們?cè)谶M(jìn)行實(shí)驗(yàn)時(shí)需要選擇對(duì)應(yīng)種屬的細(xì)胞因子。然而世界上的物種豐富多彩，從無脊柱動(dòng)物到脊椎動(dòng)物都可能有細(xì)胞因子的表達(dá)，而且各種動(dòng)物都可能成為生物學(xué)家的研究對(duì)象，有時(shí)需要特定動(dòng)物，如牛、狗、貓、魚等的細(xì)胞因子來做實(shí)驗(yàn)，但是商品化的細(xì)胞因子多數(shù)是重組人、大鼠或小鼠的，針對(duì)特殊物種的重組細(xì)胞因子很難買到。那么如何確定重組人、大鼠或小鼠的細(xì)胞因子是否能用于培養(yǎng)特殊動(dòng)物來源的細(xì)胞呢？攻克難題，判斷種屬之間的交叉反應(yīng)是關(guān)鍵！ |
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☟ 我們推薦通過以下途徑來獲得信息。 圖1 ▼ 05
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| 二、利用PubMed的BLAST工具 |
利用PubMed的BLAST工具，將已知種屬細(xì)胞因子的氨基酸序列與PubMed數(shù)據(jù)庫中您感興趣的種屬蛋白序列進(jìn)行同源比對(duì)。一般來說，不同種屬間蛋白同源性(序列一致性)高于80%時(shí)基本可確定為有交叉活性。我們以比對(duì)Recombinant Human EPO(Cat#100-64)與PubMed數(shù)據(jù)庫中牛的EPO同源性為例，進(jìn)行示范。 |
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▼ 01 |
圖3
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| 在Web BLAST欄選擇Protein BLAST(如下圖4)。 |
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| 圖4 |
▼ 03 |
| 在PeproTech官網(wǎng)輸入100-64，點(diǎn)擊該產(chǎn)品鏈接，找到Recombinant Human EPO的氨基酸序列(如下圖5)。 |
圖5
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▼ 04 |
| 將該氨基酸序列，復(fù)制粘貼至氨基酸序列框(如下圖6)。 |
圖6
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▼ 05 |
| 點(diǎn)擊BLAST按鍵進(jìn)行比對(duì)(如下圖7)。 |
圖7
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▼ 06 |
| 比對(duì)速度因個(gè)人瀏覽器及網(wǎng)速不同會(huì)有所差異。此時(shí)比對(duì)的是數(shù)據(jù)庫中的所有種屬，可在篩選欄限定您感興趣的種屬進(jìn)行查詢。如在Organism欄輸入Bos Taurus(牛的拉丁文名稱)，點(diǎn)擊Filter鍵進(jìn)行篩選(如下圖8)，即可迅速找到與牛EPO比對(duì)的Per Ident值為83.23％(如下圖9)。說明已知的Recombinant Human EPO可以嘗試應(yīng)用于牛細(xì)胞培養(yǎng)。 |
圖8
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圖9
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| 注：篩選時(shí)一般需使用物種的拉丁文名進(jìn)行限定，可根據(jù)下表一進(jìn)行查詢。 |
| 表一 |
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| 如果您還有其他疑問，歡迎聯(lián)系PeproTech中國代表處進(jìn)行咨詢。 |
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圖2聯(lián)系電話：40000 53055,0512 6832 5983
E-mail：peprotech.infochina@thermofisher.com
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