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m6A甲基化的疑難雜癥與治療方法

瀏覽次數(shù):1047 發(fā)布日期:2020-8-27  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
       表觀(guān)遺傳相關(guān)的研究近年來(lái)也是一大研究熱點(diǎn),我們知道的表觀(guān)遺傳修飾有組蛋白修飾,DNA甲基化,RNA甲基化等等。之前的推文也有專(zhuān)門(mén)介紹RNA甲基化相關(guān)的研究現(xiàn)狀和優(yōu)勢(shì)http://www.bio-review.com/m6a-rna/,以及相關(guān)的產(chǎn)品推薦http://www.bio-review.com/rna-methylation-studies/。我們力薦的m6A檢測(cè)試劑盒p-9005也因其獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)和性能被廣大研究者偏愛(ài),也是如今熱賣(mài)的產(chǎn)品,而今天小編就給大家復(fù)盤(pán)一下關(guān)于p-9005 檢測(cè)m6A甲基化相關(guān)的疑難雜癥和治療方法。
 
 
       一、 相關(guān)概念
 
       RNA甲基化是RNA的可逆翻譯后修飾,其表觀(guān)遺傳地影響許多生物過(guò)程。它發(fā)生在不同的RNA中,包括tRNA,rRNA,mRNA,tmRNA,snRNA,snoRNA,miRNA和病毒RNA。不同的RNA-甲基轉(zhuǎn)移酶具備相應(yīng)的催化策略,用于RNA甲基化。
 
       6-甲基腺嘌呤(m6A)是在存在于真核生物的RNA分子中最常見(jiàn)的和豐富的甲基化修飾和占所有RNA甲基化的80%以上。它可以被稱(chēng)為“第五RNA堿基”并且在調(diào)節(jié)胚胎發(fā)育和細(xì)胞命運(yùn)中具有廣泛的作用。
 
       而我們推薦的p-9005產(chǎn)品是Epigentek公司的力薦產(chǎn)品,Epigentek集團(tuán)公司是全球領(lǐng)先的創(chuàng)新技術(shù)和表觀(guān)遺傳學(xué)相關(guān)研究產(chǎn)品的開(kāi)發(fā)商和供應(yīng)商,專(zhuān)門(mén)做表觀(guān)遺傳方面產(chǎn)品,可以說(shuō)在表觀(guān)遺傳方面,他們是專(zhuān)家。
 
       二、 p-9005產(chǎn)品性能和優(yōu)勢(shì)
 
       性能:EpiQuik™m6A RNA甲基化定量試劑盒(比色)是一整套優(yōu)化的緩沖液和試劑,用于比色定量RNA中的N6-甲基腺苷(m6A或6mA)。它適用于使用從任何物種(例如哺乳動(dòng)物,植物,真菌,細(xì)菌和病毒)中分離的總RNA直接檢測(cè)m6A RNA甲基化狀態(tài)。
 
       EpiQuik™m6A RNA甲基化定量試劑盒優(yōu)勢(shì):
 
       1. 檢測(cè)物種多樣化,無(wú)物種限制;
       2.操作簡(jiǎn)便快速,3~4h即可完成整個(gè)實(shí)驗(yàn)
       3. 高靈敏度,其檢測(cè)極限可低至10 pg m6A
       4.獨(dú)特的結(jié)合溶液—可從mRNA和ncRNA(例如tRNA,rRNA和snRNA)中定量m6A
       5.高特異性
       6.帶孔微孔板格式使該測(cè)定靈活用于手動(dòng)或高通量分析。
       7.簡(jiǎn)單,可靠且一致的測(cè)定條件
 
 
       三、p-9005檢測(cè)的疑難雜癥和藥方
 
       1.病癥一:樣本
 
       對(duì)于這個(gè)試劑盒,很多人對(duì)與樣本方面有很多的疑問(wèn),雖然試劑說(shuō)明書(shū)上說(shuō)可適用任何物種的m6A檢測(cè),但是同學(xué)們還是有各種各樣的問(wèn)題:

     (1)RNA樣本類(lèi)型
 
       處方:培養(yǎng)的細(xì)胞,新鮮和冷凍的組織,石蠟包埋的組織,血液,體驗(yàn)等等樣本的總RNA,mRNA,tRNA,rRNA和snRNA均可適用該試劑盒。
 
     (2)RNA樣本提取方式
 
       處方:市面上銷(xiāo)售的試劑盒提取的均可,Trizol法可能是可以的,但是Trizol法提取的請(qǐng)確保提取后將RNA重新溶解在不含RNase的水中或合適的緩沖液(例如TE)中,并且RNA質(zhì)量高且相對(duì)不含DNA。
 
     (3)RNA樣本符合要求的標(biāo)準(zhǔn)
 
       處方:OD 260/280 >1.9。260/230 > 1.7 【無(wú)DNA污染】
 
       2.病癥二: 對(duì)照
 
       關(guān)于試劑盒中的對(duì)照方面,也是有很多同學(xué)問(wèn)詢(xún)。
 
     (1)陽(yáng)性對(duì)照怎么設(shè)置
 
       對(duì)于第一次上手做這個(gè)實(shí)驗(yàn)的同學(xué)們或許都會(huì)有些疑惑,陽(yáng)性對(duì)照難道不都是要做標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)的嗎?不然怎么對(duì)照和計(jì)算呢?
 
       處方:其實(shí),這個(gè)試劑盒是可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要進(jìn)行選擇做單點(diǎn)對(duì)照(0.5ng/ml)還是做標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn)(0.02~1ng/ml)。建議做復(fù)孔喲。
 
     (2)陽(yáng)性對(duì)照信號(hào)太弱
 
       處方:【1】添加至孔中的PC量不足,確保加入足夠量的PC;【2】標(biāo)準(zhǔn)液未進(jìn)行最佳稀釋?zhuān)⒊浞只旌希弧?】確保PC的保存方式是按照說(shuō)明書(shū)進(jìn)行保存的,一定要保存在指定條件下喲,【4】在使用的時(shí)候,要注意稀釋后放置在冰上,保證有效成分不被講解。
 
     (3)陰性對(duì)照背景值太高
 
       處方:【1】可能沒(méi)有洗干凈,按照說(shuō)明書(shū)進(jìn)行清洗;【2】被PC或者樣本污染了,切記要換槍頭加樣;【3】孵育時(shí)間太長(zhǎng),按照說(shuō)明書(shū)進(jìn)行操作1~10min,最長(zhǎng)也不能超過(guò)2h;【4】顯色時(shí)間過(guò)長(zhǎng),可適當(dāng)縮減顯色時(shí)間。
 
    (4)樣本值太低或者沒(méi)信號(hào)
 
      處方:
 
      【1】可能是因?yàn)闆](méi)有加入足夠量的RNA。廠(chǎng)家推薦的樣本輸入量為100ng~300ng,200ng為最佳,但是這又不是絕對(duì)的噢,同學(xué)們可根據(jù)自己的樣本做相應(yīng)的調(diào)整尤其在信號(hào)偏弱的情況下,可適當(dāng)上調(diào)RNA的輸入量。
 
     【2】可能是因?yàn)楫a(chǎn)品本身m6A的含量就很低。
 
     【3】可能是樣本的純度不夠,有DNA或者其他的污染,或者RNA發(fā)生了降解,這些都可能造成低信號(hào)。
 
      【4】mRNA樣本的話(huà),可能因?yàn)槠翁。?lt;80 nts),也會(huì)導(dǎo)致低信號(hào)。
 
       3.病癥三:數(shù)據(jù)分析
 
     (1)如何計(jì)算標(biāo)曲
 
       處方:線(xiàn)性回歸,二階多項(xiàng)式,四參數(shù)對(duì)數(shù)回歸都可以。
 
 
    (2)不同輸入量檢測(cè)出來(lái)的數(shù)據(jù)是否可一同進(jìn)行數(shù)據(jù)分析?
 
       處方:是可以的,但是要注意計(jì)算的時(shí)候要以不同的數(shù)據(jù)進(jìn)行。比如你第一次的樣本輸入量是200ng,計(jì)算公式帶入的值為200;第二次樣本輸入量是300ng,計(jì)算公式帶入的值必須為300.
 
     (3)什么情況下的樣本OD值被認(rèn)為是可用的?
 
       處方:只要樣品的OD高于NC的數(shù)值,該數(shù)據(jù)仍可用于計(jì)算m6A水平。
 
     (4)重復(fù)孔之間差異較大怎么計(jì)算?
 
       處方:對(duì)于重復(fù)孔之間差異較大,我們?nèi)羰侵貜?fù)孔3個(gè)以上的話(huà),我們一般會(huì)選擇舍棄其中差異特別特別大的一個(gè)值后再進(jìn)行計(jì)算,但是只有2個(gè)孔的話(huà),該怎么辦呢?這個(gè)時(shí)候我們不能隨便舍棄任何一個(gè)孔的值,同樣也沒(méi)有辦法提供相關(guān)的建議。但是需要注意:p-9005比色測(cè)定的%CV約為15%。
 
       4.病癥四:稀釋
 
     (1)需要稀釋的試劑組分如何稀釋?zhuān)?/div>
 
       處方:按照說(shuō)明書(shū)上給的配制比例進(jìn)行稀釋?zhuān)肨E buffer稀釋?zhuān)ㄗh即用即配,計(jì)算好所需的量再進(jìn)行稀釋配制。
 
     (2)為什么有些組分稀釋后需要放置在冰上?
 
       處方:使用前應(yīng)將稀釋的成分(例如PC標(biāo)準(zhǔn)品)放在冰上,以最大程度地減少試劑降解并保持試劑完整性。
 
     (3)稀釋液必須是TE嗎?可以替換成DEPC水或者無(wú)RNAase的水嗎?
 
       處方:可以使用DEPC水替代TE buffer,無(wú)RNAase的水也可以。
 
       5.其他
 
      (1)所有組分需要放置在室溫條件下回溫嗎?
 
       處方:對(duì)于產(chǎn)品組份中的Wash buffer,保存在低溫下可能會(huì)有鹽離子等沉淀,在使用前需要將其拿至室溫進(jìn)行回溫,沉淀即可溶解,這樣可進(jìn)行正常的實(shí)驗(yàn)。
 
     (2)如何減少?gòu)?fù)孔間差異?
 
       處方:
 
       【1】在板中垂直而不是水平地加載復(fù)制樣品,因?yàn)檫@可以確保同時(shí)添加溶液以復(fù)制孔,并有助于最小化復(fù)制差異。
 
       【2】確保從孔中完全去除洗滌緩沖液,因?yàn)槿魏螝埩舻木彌_液都會(huì)增加背景信號(hào)和重復(fù)變異性,尤其是在敏感的ELISA中(例如用于甲基化檢測(cè)的ELISA)。
 
       【3】使用手動(dòng)移液器代替典型的板輕拂/傾倒方法,以確保完全去除緩沖液并最大程度減少孔間污染。
 
       (3)有相關(guān)的參考文獻(xiàn)嗎?
       
       說(shuō)道參考文獻(xiàn),不僅有,而且非常多,還是處于實(shí)時(shí)更新的狀態(tài),日期都非常的新(https://www.epigentek.com/catalog/epiquik-m6a-rna-methylation-quantification-kit-colorimetric-p-3646.html):
 
       Tsuruta K. et. al. et. al. (September 2020). RNA N6-methyladenosine demethylase FTO regulates PD-L1 expression in colon cancer cellsBiochemical and Biophysical Research Communications. 530(1)
       Chen S et. al. (August 2020). WTAP promotes osteosarcoma tumorigenesis by repressing HMBOX1 expression in an m6A-dependent manner.Cell Death Dis. 11(8):659.
       Xu Y et. al. (August 2020). The FTO/miR-181b-3p/ARL5B signaling pathway regulates cell migration and invasion in breast cancer.Cancer Commun (Lond).
       Du J. et. al. et. al. (August 2020). N 6-Adenosine Methylation of Socs1 mRNA is Required to Sustain the Negative Feedback Control of Macrophage ActivationDevelopmental Cell.
       Zhang S et. al. (August 2020). Pregnancy carbon black nanoparticles exposure-induced neurobehavioral deficits are associated with m6A modification in offspring.
       Yang Z. et. al. et. al. (August 2020). RNA N6-Methyladenosine Reader IGF2BP3 Regulates Cell Cycle and Angiogenesis in Colon CancerGeneral Surgery.
       Zhu S et. al. (July 2020). Dexmedetomidine Suppressed the Biological Behavior of HK-2 Cells Treated with LPS by Down-Regulating ALKBH5.
       Jian D et. al. (July 2020). METTL14 aggravates endothelial inflammation and atherosclerosis by increasing FOXO1 N6-methyladeosine modifications.10(20):8939-8956.
 
       最后,溫馨提示:這個(gè)產(chǎn)品p-9005是有配套的中文說(shuō)明書(shū)的,但是還請(qǐng)各位同學(xué)們拿到產(chǎn)品后,認(rèn)真閱讀英文說(shuō)明書(shū)喔,英文說(shuō)明書(shū)為主,中文說(shuō)明書(shū)為輔。
 
       以上就是小編整理的同學(xué)們常問(wèn)的有關(guān)這個(gè)試劑盒的問(wèn)題,各位同學(xué)若是有以上問(wèn)題,可以借鑒喲~~
 
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