引言
2020年注定是不平凡的一年,也將是載入史冊(cè)的一年。一個(gè)不太熱門的研究,一下子進(jìn)入了公眾視野,給我們上了一堂沉重的課。那么如何有效防范病毒傳播,如何進(jìn)行專業(yè)防控和疫苗研發(fā),這都需要對(duì)病毒基本特征和機(jī)理深入研究。
然而,由于受到光學(xué)衍射極限的限制,普通光學(xué)顯微鏡分辨率只能達(dá)到200nm,而通常病毒和亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的尺寸只有幾十到200多納米,遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于普通光鏡的分辨率。超高分辨顯微技術(shù)的出現(xiàn),為觀測(cè)這類精細(xì)結(jié)構(gòu)提供了可能,因此也得到了越來越廣泛的應(yīng)用。作為超高分辨技術(shù)的先驅(qū),受激發(fā)射損耗(STimulated Emission Depletion, STED)技術(shù)更是在生命科學(xué)領(lǐng)域尤其是病毒學(xué)相關(guān)研究中發(fā)揮著重要作用。
本次為大家分享STED技術(shù)在病毒學(xué)研究中的應(yīng)用和新進(jìn)展,助力生命科學(xué)研究和發(fā)展。
STED基本原理
2014年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)授予三位科學(xué)家,以表彰他們發(fā)明超高分辨顯微技術(shù)。其中Stefan Hell發(fā)明了STED技術(shù),而徠卡公司也是第一個(gè)將其商業(yè)化。從2007年開始,徠卡STED產(chǎn)品不斷創(chuàng)新和優(yōu)化,已經(jīng)擁有近13年的STED技術(shù)積累。2014年首次推出SP8 STED 3X,即榮獲當(dāng)年的R&D100大獎(jiǎng)。2019年更是創(chuàng)新性的推出了τ-STED,進(jìn)一步在提升分辨率的同時(shí)降低了激光功率,更適合活細(xì)胞超高分辨成像。
2014年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)獲得者,左起分別是:Eric Betzig、Stefan W. Hell、William E. Moerner
說了這么多,STED技術(shù)原理到底是什么呢?很簡(jiǎn)單。我們想象一下,一個(gè)點(diǎn)發(fā)射出的熒光信號(hào),被檢測(cè)后通常是一個(gè)衍射斑;如果我們同時(shí)使用一個(gè)甜甜圈樣的激光將其周圍的信號(hào)擦除掉,只允許中心很小的熒光信號(hào)發(fā)射出來,這樣分辨率不就提高了嗎。這個(gè)起擦除作用的激光便是STED激光,也叫損耗光,利用的是熒光的受激發(fā)射損耗原理。之后,通過對(duì)圖像的掃描,即可直接呈現(xiàn)超高分辨圖像,無需任何后續(xù)計(jì)算過程。同時(shí),根據(jù)公式,可通過增加STED激光功率來提升圖像分辨率。
STED原理示意圖:STED通過受激發(fā)射損耗去除衍射環(huán)上的熒光信號(hào),大大縮小有效的激發(fā)區(qū)域,從而改寫了分辨率公式,提高了光學(xué)分辨率
STED技術(shù)在病毒學(xué)研究中的應(yīng)用實(shí)例
01
第一個(gè)應(yīng)用實(shí)例,是對(duì)病毒精細(xì)結(jié)構(gòu)的觀察。2012年發(fā)表在國(guó)際頂級(jí)期刊science上,標(biāo)題為:熒光納米顯微鏡(STED)揭示成熟依賴的HIV-1病毒表面蛋白的再分布特征【1】。
圖中綠色代表HIV-1病毒粒子,紅色表示病毒表面的膜蛋白?梢钥吹,通過普通共聚焦無法分辨膜蛋白的具體定位位置,很模糊。包膜糖蛋白gp120(紅色)與病毒粒子(綠色)90%共定位,信號(hào)模糊,分辨不出細(xì)節(jié)。而STED成像可以發(fā)現(xiàn),大多數(shù)成熟病毒粒子表現(xiàn)出單一的包膜蛋白Env信號(hào)或焦點(diǎn)(圖1B),而大多數(shù)未成熟粒子表現(xiàn)出兩個(gè)或兩個(gè)以上的包膜蛋白Env信號(hào)(圖1D)。
02
第二個(gè)應(yīng)用實(shí)例,是對(duì)病毒成熟過程的觀察。標(biāo)題為:STED納米顯微鏡揭示HIV病毒蛋白水解成熟的時(shí)間過程【2】。
利用STED顯微鏡發(fā)現(xiàn)在HIV-1病毒成熟和未成熟條件下,可非常清晰區(qū)分其Gag蛋白的不同結(jié)構(gòu)特征。未成熟病毒的Gag蛋白呈中空環(huán)狀(圖a),而成熟病毒中呈實(shí)心固縮狀(圖b)。
作者巧妙的利用光控方法,進(jìn)行STED時(shí)間序列成像。在400nm紫外光照后,PDI(光催化降解的蛋白酶抑制劑)降解,Gag蛋白能夠被蛋白酶水解切割,進(jìn)而病毒成熟。STED時(shí)間序列成像可輕松捕獲病毒從未成熟到成熟過程,Gag蛋白重排的結(jié)構(gòu)變化過程。
03
第三個(gè)應(yīng)用實(shí)例,是對(duì)病毒基因組示蹤。標(biāo)題為:以單分子分辨率示蹤宿主細(xì)胞中的病毒基因組【3】。
腺病毒DNA通過AF594標(biāo)記的疊氮點(diǎn)擊反應(yīng)顯示,衣殼蛋白通過抗hexon的抗體識(shí)別,并且只有在脫殼后,病毒DNA才可以被反應(yīng)檢測(cè)到熒光信號(hào)。
通過gated STED超高分辨顯微成像,可顯著提高分辨率,清晰呈現(xiàn)病毒衣殼和DNA的真實(shí)尺寸大小。腺病毒衣殼實(shí)際大小約80nm,gSTED顯示約110nm(包含一二抗尺寸),與實(shí)際一致。gSTED顯示被衣殼蛋白包裹的病毒DNA尺寸略小于80nm,也與衣殼尺寸符合。
04
第四個(gè)應(yīng)用實(shí)例,是對(duì)病毒基因組復(fù)制的觀察。標(biāo)題為:利用STED超高分辨顯微鏡觀察復(fù)制的HSV-1病毒【4】。值得一提的是,本文由中科院昆明動(dòng)物所周巨民老師課題組與徠卡公司合作完成。
病毒基因組復(fù)制是單純皰疹病毒 1 (HSV-1) 溶解感染周期的重要事件。目前由于檢測(cè)和觀察方法的局限,病毒復(fù)制過程的細(xì)節(jié)仍難以捕捉。為了獲得更加詳細(xì)的 HSV-1 復(fù)制機(jī)制,本文使用了STED受激發(fā)射損耗顯微鏡,結(jié)合熒光原位雜交 (FISH) 和免疫熒光,對(duì)HSV-1 復(fù)制過程進(jìn)行了精細(xì)觀察。
作者設(shè)計(jì)了位于HSV-1病毒基因組兩端的探針,分別以DIG(綠色)和Biotin(紅色)進(jìn)行標(biāo)記,在病毒復(fù)制的早期和晚期,分別成像觀察。STED成像發(fā)現(xiàn),在復(fù)制的早期,紅綠兩色信號(hào)的共定位程度較高;而在復(fù)制后期,兩個(gè)系數(shù)均發(fā)生了明顯降低,表明HSV-1 基因組在復(fù)制過程中經(jīng)歷了從緊湊到松弛的動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu)變化,同時(shí)需要占用較大的空間進(jìn)行復(fù)制。
05
第五個(gè)應(yīng)用實(shí)例,是對(duì)病毒侵染和傳播過程捕獲的研究。標(biāo)題為:ARP2和病毒誘導(dǎo)的絲狀偽足促進(jìn)了人類呼吸道合胞體病毒的傳播【5】。
利用STED超高分辨顯微鏡進(jìn)行成像,發(fā)現(xiàn)感染了RSV病毒的細(xì)胞(圖A第一行,標(biāo)記為A和C)外存在大量的絲狀偽足(紅色),且富集有大量病毒顆粒(綠色);暗示可通過絲狀偽足將RSV病毒傳遞給鄰近細(xì)胞。而在ARP2敲除的細(xì)胞中(圖A第二行),即便感染了RSV病毒,細(xì)胞的絲狀偽足數(shù)量都大量減少,病毒在細(xì)胞間的傳播不明顯。放大圖像(圖B),可觀察到RSV病毒主要分布在絲狀偽足的尖端,進(jìn)一步驗(yàn)證了病毒可通過誘導(dǎo)絲狀偽足的產(chǎn)生來促進(jìn)其在細(xì)胞間的傳播。
如何進(jìn)一步提高STED分辨率?
根據(jù)公式我們可以知道,通過增加STED激光功率就可直接增加圖像的分辨率,這個(gè)方法最為簡(jiǎn)單;但問題是不利于活細(xì)胞成像。那么如何在不提高激光功率的前提下,進(jìn)一步提高STED分辨率呢?有以下三種方法,分別是gated STED,gated STED + Lightning,和徠卡新推出的τ-STED。
01
以兩個(gè)距離76nm的DNA Origami為例,gated STED在不改變STED激光功率的前提下,逐步縮小熒光壽命的檢測(cè)范圍,可逐步提高分辨率,清晰地分辨兩個(gè)點(diǎn)信號(hào)。
02
對(duì)中心粒的gated STED + Lightning成像結(jié)果,分辨率(半高寬)可達(dá)22nm!
03
新一代STED:τ-STED,即將STED和超快速的熒光壽命相結(jié)合,實(shí)時(shí)呈現(xiàn)超高清分辨圖像。它在已有STED優(yōu)勢(shì)的基礎(chǔ)上,可以更低激光功率獲得更高圖像分辨率,進(jìn)一步拓展熒光染料的選擇,非常適合長(zhǎng)時(shí)間的活細(xì)胞成像。
結(jié)語(yǔ)
徠卡STED擁有13年的研發(fā)、技術(shù)和服務(wù)經(jīng)驗(yàn),也具有以下突出優(yōu)勢(shì)特點(diǎn),是病毒學(xué)研究的絕佳利器:
- “純光學(xué)”超高分辨顯微技術(shù),所見即所得
- 全光譜、多色超高分辨成像,提供592nm/660nm/775nm三根 STED譜線
- 專為STED設(shè)計(jì)的多款滿足不同應(yīng)用需求的物鏡
- 使用常規(guī)熒光染料及熒光蛋白,制樣簡(jiǎn)單、方便
- τ-STED低光毒性,更適合活細(xì)胞超高分辨成像
- 快速掃描頭能夠更好的保護(hù)樣品
- LAS X Navigator能夠輕松尋找目標(biāo)視野
此外,整個(gè)STED是搭載在徠卡共聚焦平臺(tái)上的,因此也擁有共聚焦的所有優(yōu)點(diǎn)。相信徠卡STED超高分辨顯微鏡能夠更多地貢獻(xiàn)超高清圖像結(jié)果,助力病毒學(xué)和生命科學(xué)研究發(fā)展。
參考文獻(xiàn):
【1】Chojnacki J, Staudt T, Glass B, et al. Maturation-dependent HIV-1 surface protein redistribution revealed by fluorescence nanoscopy.[J]. Science, 2012, 338(6106): 524-528.
【2】Hanne J, Gottfert F, Schimer J, et al. Stimulated Emission Depletion Nanoscopy Reveals Time-Course of Human Immunodeficiency Virus Proteolytic Maturation[J]. ACS Nano, 2016, 10(9): 8215-8222.
【3】Wang IH, Suomalainen M, Andriasyan V, et al. Tracking viral genomes in host cells at single-molecule resolution. Cell Host Microbe. 2013;14(4):468–480.
【4】Li Z, Fang C, Su Y, et al. Visualizing the replicating HSV-1 virus using STED super-resolution microscopy[J]. Virology Journal, 2016, 13(1): 65-65.
【5】Mehedi M, Mccarty T, Martin S E, et al. Actin-Related Protein 2 (ARP2) and Virus-Induced Filopodia Facilitate Human Respiratory Syncytial Virus Spread[J]. PLOS Pathogens, 2016, 12(12).