Naica™ Crystal數(shù)字PCR在造血干細(xì)胞移植后嵌合狀態(tài)檢測的應(yīng)用

背景導(dǎo)讀—何為嵌合狀態(tài)的檢測？

骨髓和外周血干細(xì)胞移植是許多惡性和非惡性疾病的有效治療方法。造血干細(xì)胞移植后，受體產(chǎn)生新的血細(xì)胞，這些血細(xì)胞在遺傳上來自于供體DNA。確認(rèn)新的造血系統(tǒng)來源于供體是臨床復(fù)發(fā)監(jiān)測的重要組成部分。一般采用血細(xì)胞基因型檢測的方式，稱為嵌合體分析。完全供體細(xì)胞嵌合狀態(tài)意味著100%的血細(xì)胞來自供體，而混合或部分嵌合意味著受體細(xì)胞也存在。因此檢測時(shí)需要分析受體在移植后的血液或骨髓中供體和受體的基因型的各自比例。

法國蘇黎世輸血服務(wù)中心實(shí)驗(yàn)室使用Stilla Technologies的Naica™ Crystal數(shù)字PCR系統(tǒng)進(jìn)行雙等位基因單核苷酸變異（SNV）檢測，從而確定嵌合體狀態(tài)。

嵌合體檢測的兩步策略

移植前：要想得到正確的移植后的檢測結(jié)果,必須選擇合適的標(biāo)記物，蘇黎世輸血服務(wù)中心實(shí)驗(yàn)室建立了一個(gè)由24種特定SNV分析組成的組合，用于尋找在單個(gè)樣品分析中篩選供體和受體DNA的合適標(biāo)記。

移植后：在臨床上，嵌合體監(jiān)測至少需要0.5%的等位基因敏感性。Naica™ Crystal 數(shù)字PCR僅使用5ng DNA，就達(dá)到了所需的0.5%的靈敏度。使用標(biāo)準(zhǔn)的20ng DNA進(jìn)行檢測可以使一個(gè)等位基因頻率的可重復(fù)量化精度達(dá)到0.25%。(圖2)

總結(jié)

Naica™ Crystal數(shù)字PCR在造血干細(xì)胞移植后嵌合狀態(tài)檢測方面的優(yōu)勢：

☑  可與建立的SNV嵌合體檢測方法完全兼容。

☑  使用Naica™系統(tǒng)進(jìn)行的標(biāo)準(zhǔn)測試可使等位基因頻率檢測靈敏度降至0.25%，遠(yuǎn)低于0.5%的最低臨床限值要求。

☑  此次研究，使用了Naica™系統(tǒng)中的高通量Opal芯片，一次可檢測48個(gè)樣本，每個(gè)樣本可進(jìn)行3熒光通道讀取，僅需較低的DNA輸入量，即可實(shí)現(xiàn)更高的樣品通量和譜系特異性嵌合體檢測的能力。