Octet相互作用分析儀在核酸結(jié)合與凝膠遷移實驗（EMSA）中的應(yīng)用

核酸結(jié)合與凝膠遷移實驗（EMSA）

核酸（DNA/RNA）和蛋白的相互作用檢測在研究基因調(diào)控、適配子篩選等方面有著廣泛的應(yīng)用，目前經(jīng)典的研究方法主要是凝膠遷移實驗（EMSA）。該方法主要包含探針標記和純化、配制膠、電泳、轉(zhuǎn)膜以及分析等步驟，耗時冗長且操作繁瑣。雖然結(jié)果可用于定性和定量分析，但實驗者經(jīng)常被定量不準確、重復(fù)性差等問題所困擾。 
 

如果您希望

• 在15分鐘內(nèi)獲得實驗結(jié)果
• 更準確，更豐富的定量結(jié)果（結(jié)合速率，解離速度，親和力）
• 無需制備探針，樣品僅需稀釋就可用于檢測

那趕緊試試基于生物層干涉（BLI）技術(shù)的Octet相互作用分析儀（原ForteBio）！
 
 

15分鐘迅速解決戰(zhàn)斗！

實驗流程包含

（1）緩沖液平衡1分鐘；
（2）1-3分鐘的核酸固化；
（3）二次平衡緩沖液1分鐘；
（4）分析物和配體結(jié)合；
（5）分析物解離。

 
實驗者只需要準備生物素化的核酸以及普通蛋白樣品，再加上Octet鏈霉親和素傳感器（Octet SA Biosensor）就行啦！
 
 

 2020年諾獎獲得者
CRISPR女神Jennifer也在用BLI技術(shù)

目前已經(jīng)有幾百篇已發(fā)表的文章（其中CNS十篇左右）用BLI技術(shù)做核酸和其他物質(zhì)的相互作用！其中包括2020年諾貝爾化學(xué)獎獲得者，CRISPR-Cas9女神Jennifer Doudna。
 

 
CRISPR-Cas9是近幾年最火的基因剪輯技術(shù)�？茖W(xué)家們利用Cas9，能夠切割細胞中的DNA，但Cas9有時也會切割與它靶向的序列相類似的其他DNA序列，也就是所謂的脫靶效應(yīng)，因此如何精確調(diào)控這個系統(tǒng)也同樣重要。這就好比坐在沒有剎車的汽車上，隨時都有可能翻車！
  
Jennifer的團隊在Science Advances期刊上發(fā)表了題為“Disabling Cas9 by an anti-CRISPR DNA mimic”的論文，報道他們發(fā)現(xiàn)了一種來自于李斯特菌中的抗CRISPR蛋白AcrIIA4，可以阻斷Cas9的活性并降低可能導(dǎo)致不良副作用的脫靶基因編輯。
 

 
為了進一步掌握AcrIIA4的競爭作用機制，科研人員通過生物層干涉技術(shù)研究了AcrIIA4對dCas9-sgRNA與靶標DNA的結(jié)合的影響。如下圖：
 

將生物素化的靶點DNA固化在鏈霉親和素傳感器上，與混入了不同濃度的AcrIIA4的dCas9-sgRNA復(fù)合物結(jié)合。實驗發(fā)現(xiàn)混入的AcrIIA4濃度越高，dCas9-sgRNA結(jié)合信號越小，說明AcrIIA4會抑制靶點DNA和dCas9-sgRNA的結(jié)合。
 

 
另外，中科院微生物所高福組發(fā)表的一篇NATURE中，也用Octet檢測RNA和蛋白的相互作用（點這里）。
 
 

Octet檢測核酸相互作用的優(yōu)勢

當(dāng)然Octet神器不局限于檢測核酸，可檢測的物質(zhì)包括小到100多Da的化合物，蛋白質(zhì)，多糖，納米顆粒，脂質(zhì)體，病毒等。尤其在核酸樣品檢測方面比傳統(tǒng)的EMSA方法有眾多優(yōu)勢，詳見下表：
 

“實驗室打工人”苦EMSA久矣，還不試試Octet？
 


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