【引言】
在新冠疫情大流行的背景下,從大量人群中快速篩查出受感染個體對于流行病學(xué)研究有著十分重要的意義。目前,新冠病毒診斷方法包括血清學(xué)和病毒核酸測試,主要是以分析逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)作為金標(biāo)準(zhǔn),此方法在檢測中核酸提取和擴(kuò)增程序耗時較長,很難滿足對廣泛人群進(jìn)行篩查的要求,因此,亟需發(fā)展一種快速的監(jiān)測方法應(yīng)對新冠疫情。
【成果簡介】
近期,復(fù)旦大學(xué)魏大程教授課題組利用MicroWriter ML3小型臺式無掩膜光刻機(jī)制備出基于石墨烯場效應(yīng)晶體管(g-FET)的生物傳感器。該傳感器上擁有Y形DNA雙探針(Y-雙探針),可靈敏且快速的實現(xiàn)新冠病毒的核酸檢測分析。該傳感器中的雙探針設(shè)計,可以同時靶向新冠病毒核酸的兩個目標(biāo)基因區(qū)域:ORF1ab和N基因,從而實現(xiàn)更高的識別率和更低的檢出極限(0.03份μL−1)。這一檢出極限比現(xiàn)有的核酸分析低1-2個數(shù)量級,可避免混檢過程中樣本病毒載量較低而產(chǎn)生漏網(wǎng)之魚,實現(xiàn)精準(zhǔn)的混合測試。該傳感器也具有極快的檢測速度,最快的核酸檢測速度約為1分鐘。由于快速、超靈敏、易于操作等特點以及混合檢測的能力,這一傳感器在大規(guī)模范圍內(nèi)篩查新冠病毒和其他流行病感染者方面具有巨大的應(yīng)用前景。
【圖文導(dǎo)讀】
圖1. 基于g-FET的Y形雙探針生物傳感器的制備和表征。 (a)Y形雙探針生物傳感器進(jìn)行SARS-CoV-2核酸檢測的流程圖。 (b)選定的病毒序列和探針在檢測SARS-CoV-2時所靶向的核酸。ORF1ab: 非結(jié)構(gòu)多蛋白基因; S: 棘突糖蛋白基因; E: 包膜蛋白基因; M: 膜蛋白基因; N: 核衣殼蛋白基因。圖中數(shù)字表示SARS-CoV-2 NC_045512在GenBank中基因組的位置。 (c)封裝好的器件。圖中的比例尺為1 cm。 (d)石墨烯通道的光學(xué)照片。 (e)在石墨烯上的Cy3共軛Y型雙探針。圖中的比例尺為250 μm。 |
圖2. Y形雙探針g-FET生物傳感器進(jìn)行SARS-CoV-2核酸測試的性能表現(xiàn)。 (a)SARS-CoV-2核酸樣本準(zhǔn)備流程。 (b)和(c)ΔIds/Ids0隨著SARS-CoV-2 IVT-RNA增加的實時改變。 (d)ΔIds/Ids0隨著SARS-CoV-2 IVT-RNA或cDNA濃度的變化曲線圖。 (e)ΔIds/Ids0在檢測到人類,SARS-CoV和SARS-CoV-2的cDNA和IVT-RNA時的反應(yīng)。所有數(shù)據(jù)源自三個不同的傳感器。 |
圖3. Y形DNA探針和ss-DNA探針的g-FETs生物傳感器的測試表現(xiàn)對比。 (a, b)在石墨烯上的ss-DNA探針和Y形DNA探針的AFM表征結(jié)果。 (c, d)分別為ss-DNA和Y形DNA探針在g-FETs生物傳感器上的示意圖。 (e)不同探針下ΔVDirac在SARS-CoV-2 cDNA濃度為0.03到500份/100μL的人工唾液中的變化。 (f)利用Y-A探針和Y形探針的傳感器的ΔVDirac隨著SARS-CoV-2 cDNA濃度的變化。 (g)sy-DNA濃度在1x10-15至1x10-12M的條件下,Y-A探針和A探針在0.01xPBS條件下的ΔVDirac變換。 (h)暴露在濃度為1μM下的目標(biāo)DNA生物傳感器的ΔVDirac變化。 所有數(shù)據(jù)源自三個不同的傳感器。 |
圖4. 測試臨床SARS-CoV-2樣本結(jié)果。 (a)在添加人體H1和臨床P1的樣本后ΔIds/Ids0隨時間的變化曲線。插圖中所示的是診斷P1所用的時間。 (b)ΔIds/Ids0在添加P1-P7和H1-H7后的變換。圖中偏上的插圖為P1-P7診斷時間的箱型圖,圖中偏下的插圖為H1-H7的ΔIds/Ids0值。 (c)g-FET傳感器中的的ΔIds/Ids0隨著P1濃變化的實時反饋結(jié)果。 (d)五合一SARS-CoV-2核酸集體檢測示意圖。 (e)在添加陽性樣本B1-B6和陰性樣本A1-A6后,Y形雙探針g-FETs生物傳感器的ΔIds/Ids0事實變化結(jié)果。插圖為在添加集體樣本A6和B6后ΔIds/Ids0隨時間的變換。 (f)Y形雙探針g-FETs生物傳感器的測試速度與其他檢測SARS-CoV-2核酸方法速度的對比。 |
【結(jié)論】
魏大程教授課題組所研發(fā)的Y形雙探針g-FETs生物傳感器,是一種適用于大規(guī)模流行病篩選的新手段,突破了傳統(tǒng)篩選手段診斷時間長和不能混合檢測的瓶頸,在流行病篩選方面有巨大的應(yīng)用前景。同時,從文中也可以看到隨著流行病檢測領(lǐng)域的需求逐漸增多,如何快速開發(fā)出符合需求的生物傳感器顯得十分重要。由于實驗過程中需要及時修改相應(yīng)的參數(shù),得到優(yōu)化的實驗結(jié)果,十分依賴靈活多變的光刻手段。MicroWirter ML3小型臺式無掩膜光刻機(jī)可以任意調(diào)整光刻圖形,幫助用戶快速實現(xiàn)原型芯片的開發(fā),助力流行病檢測領(lǐng)域的研究。
【參考文獻(xiàn)】
[1]. Direct SARS-CoV-2 Nucleic Acid Detection by Y-Shaped DNA Dual-Probe Transistor Assay,J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 41, 17004–17014