制備更好的單細(xì)胞神經(jīng)樣本的方法

人類大腦中的細(xì)胞（約1700億個）比宇宙星系中的恒星還多，每個細(xì)胞可以有多達(dá)1萬個連接。由此可見，中樞神經(jīng)系統(tǒng)（CNS）是十分復(fù)雜的。這些細(xì)胞的類型、轉(zhuǎn)錄組表達(dá)程序和空間排列可能是獨一無二的，并為研究健康和疾病中的中樞神經(jīng)系統(tǒng)功能提供了關(guān)鍵的見解。

然而，這種生物復(fù)雜性造成了處理神經(jīng)樣本時的技術(shù)挑戰(zhàn)。

▶ 如何在起始樣本的細(xì)胞和細(xì)胞核之間進(jìn)行選擇？

▶ 需要做什么才能得到干凈的單細(xì)胞測序樣本？

▶ 如何優(yōu)化組織以進(jìn)行空間分析？

單細(xì)胞神經(jīng)樣本如何更好的制備？快準(zhǔn)備好你的小本本，答案來了！

PART01：單細(xì)胞還是細(xì)胞核？

用細(xì)胞還是細(xì)胞核做實驗？這一個重要的決定，而答案取決于具體實驗的需求。

有哪些類型的組織？

你可以自由選擇想要的組織類型。不論是新鮮組織還是固定組織都允許你選擇提取單個細(xì)胞還是細(xì)胞核。然而，冷凍組織則需要細(xì)胞核來進(jìn)行實驗。

要研究什么分析物？

選擇的特定實驗可能有輸入要求：例如，單細(xì)胞GEX與細(xì)胞和核都兼容。然而，ATAC需要細(xì)胞核作為輸入，而V(D)J和細(xì)胞表面分析則需要整個細(xì)胞。

你對哪種細(xì)胞感興趣？

實驗設(shè)計考慮之后是技術(shù)考慮。一些較大的中樞神經(jīng)系統(tǒng)細(xì)胞類型，如神經(jīng)元，很難從組織中分離出來，需要使用細(xì)胞核。RNA含量低的細(xì)胞（如小膠質(zhì)細(xì)胞）可能難以分解，因此選擇細(xì)胞核是更有利的。

PART02：優(yōu)化必不可少

優(yōu)化神經(jīng)樣本準(zhǔn)備可幫助實驗室確保重現(xiàn)性，獲得可靠的數(shù)據(jù)，并節(jié)省時間和資源。然而，神經(jīng)組織的細(xì)胞和解剖異質(zhì)性意味著你需要根據(jù)你的樣本類型、實驗方法以及你是在觀察單細(xì)胞還是空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)來調(diào)整樣本準(zhǔn)備。

圖片來源：doi: 10.1242/dev.200180.

髓鞘可能是來自大腦的單細(xì)胞制備的主要障礙，因為它會導(dǎo)致細(xì)胞和細(xì)胞核聚集在一起，造成前處理樣本很“臟”和堵塞微流體設(shè)備。雖然起始組織中的髓磷脂含量因大腦區(qū)域和發(fā)育階段而異，但在樣本中建立髓磷脂清除策略以及對最終的預(yù)文庫準(zhǔn)備懸液的QC檢查是至關(guān)重要的。

同時，空間方法可能需要微調(diào)。最佳切片溫度、厚度和通透性時間取決于神經(jīng)組織類型（大腦、眼睛和脊髓）、固定狀態(tài)和疾病類型。較硬的組織（如實體瘤）可能需要不同的切片條件，而極軟的組織（如眼睛和胚胎腦）應(yīng)同時冷凍和嵌入以保存形態(tài)學(xué)。

圖片來源：doi: 10.1038/s41576-019-0150-2.

SBC深耕科研服務(wù)20年，緊隨單細(xì)胞檢測技術(shù)的推廣為廣大科研工作者提供優(yōu)質(zhì)的單細(xì)胞檢測服務(wù)。經(jīng)過多年的摸索與實踐，我們已對包括人、大鼠、小鼠等在內(nèi)的各類組織成功進(jìn)行單細(xì)胞制備實驗，為單細(xì)胞后續(xù)實驗的成功開展打下了堅實的基礎(chǔ)。包括人，大、小鼠及其他模式生物。