PEAKS denovo從頭測序功能介紹--一種不依賴于數(shù)據(jù)庫的肽段鑒定方法
在串聯(lián)質譜中，質譜通過對肽鏈碎裂產(chǎn)生的碎片離子檢測，進而產(chǎn)生ms/ms譜。根據(jù)所采用的碎裂方法，可以產(chǎn)生不同的碎片離子類型。未知多肽的測序是在不需要序列數(shù)據(jù)庫的情況下，從質譜中解析出氨基酸序列。這與另一種流行的肽段鑒定方法--“數(shù)據(jù)庫搜索”形成了鮮明對比，即在給定的數(shù)據(jù)庫中搜索與該譜圖正確匹配概率最大（或者錯配概率最小）的肽。當沒有可參考的序列數(shù)據(jù)庫時，多肽的從頭測序是唯一的選擇。
業(yè)界知名的PEAKS系列軟件的核心算法之一就有de novo，可以不依賴于數(shù)據(jù)庫高效地進行全自動的肽段序列預測。這使得PEAKS軟件成為鑒定未測序生物中新的肽和蛋白質的首選方法。
業(yè)界知名的PEAKS系列軟件的核心算法之一就有de novo，可以不依賴于數(shù)據(jù)庫高效地進行全自動的肽段序列預測。這使得PEAKS軟件成為鑒定未測序生物中新的肽和蛋白質的首選方法。
PEAKS de novo功能特點
高通量、自動化的從頭測序
精確的算法，提供de novo結果可信度打分，確保氨基酸水平的精確度
與database search整合，深度挖掘蛋白質組的未知信息
支持CID、HCD、ETD/ECD 、EThcD、EAD等多種碎裂模式
精確度
PEAKS使用了全面綜合的打分體系，來對于de novo的肽段序列結果的準確性進行打分評估。PEAKS的獨特之處在于local confidence（LC score）評分--評估結果中肽段每個氨基酸分配的可能性。local confidence score將測序的準確度聚焦到氨基酸水平。在圖中， TYEQLAEQNR 是通過了可靠性閾值的序列標簽。
互補的碎片離子
碎片離子對的使用：de novo從頭測序使用由不同的碎裂方式（例如ETD/HCD）產(chǎn)生的成對的譜圖。每個互補的譜圖產(chǎn)生置信度de novo序列標簽用來重構一個肽序列，并對兩個譜圖進行優(yōu)化。
不同譜圖進行測序（優(yōu)化前）
互補的譜圖進行測序(優(yōu)化后)
互補的譜圖進行測序(優(yōu)化后)與Database Search整合
PEAKS的獨特之處在于能夠將多肽de novo測序結果與數(shù)據(jù)庫搜索結果相結合。多肽de novo序列與蛋白質數(shù)據(jù)庫條目比對，以提供關于PTM、突變、同源多肽和全新肽段的附加信息。
從多肽從頭測序到蛋白質測序
蛋白質的序列可以由多肽的de novo測序結果中獲得。擁有直接的譜圖碎片離子證據(jù)的可靠的de novo多肽序列標簽，可以用來組裝為蛋白質序列。PEAKS de novo應用到蛋白質測序的最佳實例就是在抗體測序方面的軟件PEAKS AB--該軟件可依據(jù)質譜二級譜圖所提供的譜峰信息全自動對抗體進行蛋白水平de novo從頭測序及序列拼接的工作，高效自動化地代替人工拼接，從而獲得目標抗體的全序列，為研發(fā)工作帶來更大的便利和更好的準確性。
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