單細胞轉(zhuǎn)錄組系列十月最新頂刊文獻速遞

文章標(biāo)題：A pan-cancer single-cell RNA-seq atlas of intratumoral B cells
期刊：Cancer Cell
影響因子：48.8
文章摘要：腫瘤浸潤性B細胞在腫瘤的發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后中起著重要作用，但目前缺乏一個全面的分類系統(tǒng)。該研究構(gòu)建了首個涵蓋多種癌癥的腫瘤內(nèi)B細胞和漿細胞的單細胞RNA測序（scRNA-seq）圖譜。研究人員識別了關(guān)鍵的B細胞亞群特征，鑒別出十個不同的B細胞和漿細胞亞群，并揭示了它們與免疫檢查點抑制劑治療反應(yīng)的關(guān)聯(lián)。該研究還通過空間分析驗證了圖譜衍生的B細胞基因簽名，并探索了B細胞與T細胞之間的獨特配體-受體相互作用。此外還發(fā)布了一個公開可用的Shiny工具，使研究人員能夠交互式地探索圖譜數(shù)據(jù)。
 

頂刊文獻二 02
標(biāo)題：Cancer Cell丨通過CTLA4阻斷能夠克服肺癌腦轉(zhuǎn)移中酪氨酸激酶抑制劑耐藥性

文章標(biāo)題：Overcoming tyrosine kinase inhibitor resistance in lung cancer brain metastasis with CTLA4 blockade
期刊：Cancer Cell
影響因子：48.8
文章概要：肺癌腦轉(zhuǎn)移（LCBM）由于對酪氨酸激酶抑制劑（TKI）治療產(chǎn)生的耐藥性，成為臨床上的重大挑戰(zhàn)。該研究對手術(shù)獲得的具有不同遺傳背景和TKI治療史的 LCBM 樣本進行了單細胞 RNA 測序分析。研究發(fā)現(xiàn)發(fā)現(xiàn)酪氨酸激酶抑制劑（如奧希替尼）會重塑肺癌腦轉(zhuǎn)移免疫微環(huán)境，在增加T細胞浸潤的同時造成免疫檢查點CTLA4的高表達，導(dǎo)致免疫逃逸。該研究進一步在肺癌腦轉(zhuǎn)移動物模型中證實了靶向治療和CTLA4單抗聯(lián)合用藥能夠有效激活T細胞，克服免疫逃逸，為臨床克服肺癌腦轉(zhuǎn)移靶向治療耐藥問題提供了新方案。
 

頂刊文獻三 03
標(biāo)題：Nat Rev Cancer丨研究早期癌癥生物學(xué)的新興策略

文章標(biāo)題：Emerging strategies to investigate the biology of early cancer
期刊：Nature Reviews Cancer
影響因子：72.5
文章概要：該綜述文章系統(tǒng)總結(jié)了癌癥發(fā)生及早期演進的最新研究進展和研究新策略，涵蓋了臨床樣本、自發(fā)成瘤小鼠、類器官及干細胞等腫瘤早期演進研究模型，結(jié)合單細胞、空間組學(xué)和深度學(xué)習(xí)等技術(shù)，精確描繪了腫瘤早期演進過程中克隆選擇、關(guān)鍵分子事件及影像特征。深入探討了這些研究策略的優(yōu)勢和局限，并對未來發(fā)展作出展望。
 

頂刊文獻四04
標(biāo)題：Cell丨單細胞 RNA 測序數(shù)據(jù)差異表達分析的矩量框架方法
 

文章標(biāo)題：Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
期刊：Cell
影響因子：45.5
文章概要：單細胞RNA測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)的差異表達分析對于表征實驗因素如何影響基因表達分布至關(guān)重要。目前區(qū)分生物和技術(shù)來源的細胞間變異性以及評估細胞組之間定量比較的統(tǒng)計顯著性仍然具有挑戰(zhàn)性。該研究推出了Memento，一個用于從scRNA-seq數(shù)據(jù)中進行均值表達、變異性和基因相關(guān)性的穩(wěn)健且高效的差異分析工具，能夠擴展到數(shù)百萬個細胞和數(shù)千個樣本。Memento識別出的均值表達顯著性和可重復(fù)性差異均超過現(xiàn)有方法，它還識別了變異性和基因相關(guān)性的差異。
 

頂刊文獻五 05
標(biāo)題：Nat Immunol丨炎癥性腸病中抗腫瘤壞死因子治療的縱向單細胞圖譜

文章標(biāo)題：A longitudinal single-cell atlas of anti-tumour necrosis factor treatment in inflammatory bowel disease
期刊：Nature Immunology
影響因子：27.7
文章概要：免疫介導(dǎo)的炎癥性疾�。↖MID）的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)需要細胞對治療反應(yīng)的理解。描述了在接受抗腫瘤壞死因子（anti-TNF）治療的克羅恩�。–D）和潰瘍性結(jié)腸炎（UC）患者中建立的治療圖譜。研究人員從216個腸道活檢樣本（41名受試者）生成了約100萬個單細胞轉(zhuǎn)錄組，細分成109種細胞狀態(tài)，揭示了疾病特異性差異。
 

頂刊文獻六 06
標(biāo)題：Immunity|巨噬細胞驅(qū)動兒童型高級別膠質(zhì)瘤疾病發(fā)展

文章標(biāo)題：Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations
期刊：Immunity
影響因子：25.5
文章概要：該研究探討了巨噬細胞在兒童型高級別膠質(zhì)瘤（pHGGs）疾病發(fā)展中的作用。研究發(fā)現(xiàn)，彌漫性中線膠質(zhì)瘤（DMGs）中的腫瘤相關(guān)巨噬細胞（TAM），包括腦內(nèi)小膠質(zhì)細胞和單核細胞來源的巨噬細胞，對腫瘤生長有顯著影響。通過單細胞RNA測序和免疫組織化學(xué)分析，作者發(fā)現(xiàn)特定腫瘤驅(qū)動突變塑造了TAM的免疫浸潤和轉(zhuǎn)錄譜。此外，趨化因子Ccl8和Ccl12在髓細胞中的表達對TAM的浸潤和腫瘤進展有重要影響。研究結(jié)果表明，抑制趨化因子受體CCR1和CCR5可以有效減少TAM浸潤，延長患者生存期。這些發(fā)現(xiàn)為pHGGs的治療提供了新的理論依據(jù)和潛在的治療靶點。
 

頂刊文獻七07
標(biāo)題：Cancer Cell丨Midkine是與年齡相關(guān)和增加乳腺腫瘤發(fā)生的驅(qū)動因素

文章標(biāo)題：Midkine as a driver of age-related changes and increase in mammary tumorigenesis
期刊：Cancer Cell
影響因子：48.8
文章概要：該研究通過單細胞多組學(xué)探究了大鼠乳腺中與年齡相關(guān)的變化。研究發(fā)現(xiàn)老年大鼠上皮增生的增加，腔特性的喪失，幼稚B細胞和T細胞的減少。此外，還發(fā)現(xiàn)了一種老年大鼠特有的腔祖細胞群，能夠反映癌前病變，并確定Midkine（Mdk）是一種隨著年齡上調(diào)的基因，是與年齡相關(guān)的腔祖細胞的調(diào)節(jié)因子。人的血液和乳腺上皮細胞中的Midkine水平隨著年齡的增長而增加，而正常乳腺組織中較高的MDK與年輕女性較高的乳腺癌風(fēng)險相關(guān)。研究結(jié)果揭示了衰老和腫瘤發(fā)生易感性之間的聯(lián)系，并確定了Midkine是年齡依賴性乳腺腫瘤發(fā)生增加的中介。