上海伯豪Agilent eArray定制芯片服務(wù)應(yīng)用案例

 

在生命科學(xué)的不同研究中，需要觀察的基因并不完全相同，因此許多研究者往往需要針對自己感興趣的一些基因進(jìn)行表達(dá)分析。定制芯片服務(wù)的目的，就在于滿足不同研究者的需要。另外，有些物種尚沒有商品化的基因芯片可以提供，也需要通過定制芯片來制備。

 

上海伯豪生物技術(shù)有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心（SBC）是Agilent公司在國內(nèi)唯一認(rèn)證的服務(wù)提供商，并被授予”Agilent公司亞太區(qū)最佳服務(wù)供應(yīng)商“的稱號。利用Agilent公司的eArray芯片定制系統(tǒng)，上海伯豪將為您提供芯片設(shè)計、芯片合成、芯片雜交與掃描、數(shù)據(jù)分析等全方面服務(wù)。2011年，多位科學(xué)家利用上海伯豪Agilent eArray定制芯片服務(wù)在國際知名期刊上發(fā)表了文章。

 

 

 Yu WB, Gao SH, Yin CY, Zhou Y, Ye BC. Comparative Transcriptome Analysis of Bacillus subtilis Responding to Dissolved Oxygen in Adenosine Fermentation. PLoS One. 2011;6(5):e20092. （影響因子4.411）

 

高氧濃度和低氧濃度條件下，表達(dá)譜芯片顯示影響的信號通路。

物種：枯草桿菌

案例介紹：溶解氧是腺苷酸生成過程中的關(guān)鍵因子。前期的研究表明，在生長過程中，較低濃度的溶解氧能增加腺苷酸的產(chǎn)量。在這篇文章中，研究者利用基因芯片等技術(shù)手段在轉(zhuǎn)錄組水平上系統(tǒng)地研究了溶解氧濃度影響腺苷酸產(chǎn) 量的分子機制。該基因芯片利用Agilent的eArray芯片定制系統(tǒng)合成，涵蓋4106個枯草桿菌基因。比較高溶解氧濃度和低溶解氧濃度的條件下枯草桿菌的基因表達(dá)差異，研究人員發(fā)現(xiàn)降低溶解氧濃度的主要影響有：（1）增強碳代謝；（2）抑制氮源的降解；（3）抑制嘌呤合成。黃嘌呤（xanthine）的降解受到抑制從而導(dǎo)致腺苷酸合成的增強。能量代謝、細(xì)胞分化和蛋白合成相關(guān)的基因也受到溶解氧濃度的影響。這樣的研究給我們提供了靶標(biāo)，用以改造以提高腺苷酸的產(chǎn)量。

 

Hu S, Zheng H, Gu Y, Zhao J, Zhang W, Yang Y, Wang S, Zhao G, Yang S, Jiang W. Comparative genomic and transcriptomic analysis revealed genetic characteristics related to solvent formation and xylose utilization in Clostridium acetobutylicum EA 2018. BMC Genomics. 2011 , 12:93. （影響因子4.206）

物種： 丙酮丁醇梭桿菌

案例介紹：丙酮丁醇梭桿菌是一種革蘭氏陽性、孢子生殖的厭氧菌，它能生成丙酮、丁醇和乙醇。常見的丙酮丁醇梭桿菌菌株是ATCC 824。而前段時間發(fā)現(xiàn)的丙酮丁醇梭桿菌變種EA 2018不產(chǎn)生孢子，并且具有更強的有機溶劑生成能力。研究人員利用Roche 454對EA 2018進(jìn)行了全基因組測序。比對EA 2018和ATCC 824的基因組序列發(fā)現(xiàn)了46個缺失和26個插入突變。利用Agilent的eArray定制芯片系統(tǒng)，研究人員比較了EA2018和ATCC 824的表達(dá)譜，發(fā)現(xiàn)spo0A、adhEII和CAC2613基因與有機溶劑合成能力有關(guān)。

 

應(yīng)用案例3： Li L, Xu Z, Zhou Y, Li T, Sun L, Chen H, Zhou R. Analysis on Actinobacillus pleuropneumoniae LuxS regulated genes reveals pleiotropic roles of LuxS/AI-2 on biofilm formation, adhesion ability and iron metabolism. Microb Pathog. 2011, 50(6):293-302. （影響因子2.000）

物種：胸膜肺炎放線桿菌

 

應(yīng)用案例4： Liang H, Zhao YT, Zhang JQ, Wang XJ, Fang RX, Jia YT. Identification and functional characterization of small non-coding RNAs in Xanthomonas oryzae pathovar oryzae. BMC Genomics. 2011, 12:87. （影響因子4.206）

物種：水稻白葉枯病菌

應(yīng)用案例5：Lu Y, He J, Zhu H, Yu Z, Wang R, Chen Y, Dang F, Zhang W, Yang S, Jiang W. An orphan histidine kinase, OhkA, regulates both secondary metabolism and morphological differentiation in Streptomyces coelicolor. J Bacteriol. 2011 Apr 22. （影響因子3.726）

物種：鏈霉菌

應(yīng)用案例6：Zhou Y, Yu WB, Ye BC.

Variation of gene expression in Bacillus subtilis samples of fermentation replicates. Bioprocess Biosyst Eng. 2011 Jan 12. （影響因子2.060）

物種：枯草桿菌

 

強大的e-array軟件輔助：由e-array軟件支持，SBC公司生物信息專家的幫助，可以對任何已知基因組序列或EST序列的物種進(jìn)行精準(zhǔn)探針設(shè)計。

國際化制作標(biāo)準(zhǔn)：利用原位合成技術(shù)進(jìn)行芯片制作，確保芯片質(zhì)量嚴(yán)格遵循Agilent公司芯片生產(chǎn)質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)，確保與商業(yè)化芯片完全一致的品質(zhì)。

流程簡化、成本降低：無需預(yù)先合成探針，無需花費成本進(jìn)行繁瑣的搖菌、抽質(zhì)粒、PCR、純化等步驟。

更加自由：不受克隆限制，沒有克隆，照樣制作。

不受物種限制：可以對任何有背景信息的物種設(shè)計制作芯片并完成服務(wù)。

種類繁多：可定制表達(dá)譜芯片、CGH芯片、ChIP-on-chip芯片等。

多種芯片格式可供選擇：HD平臺（1×244K、 2×105K、 4×44K、 8×15K）和G3平臺（ 1×1M、 2×400K、 4×180K、 8×60K）。