SBC ToolBox在Small RNA-seq定量數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用（上）

Small RNA-seq數(shù)據(jù)量那么少，又不需要重新比對定量，簡簡單單的做個差異分析、畫個圖（火山圖、heatmap）、PCA、相關(guān)性計算、篩選下差異基因、預(yù)測下miRNA的靶基因，靶基因GO&KEGG注釋，使用SBC ToolBox三下五除二，只要你手速快，結(jié)果就立馬展現(xiàn)你的面前。

在開啟使用SBC ToolBox針對Small RNA-seq定量數(shù)據(jù)之前，先來認(rèn)識一下數(shù)據(jù)，對數(shù)據(jù)有充分認(rèn)知才能更好的進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。

 

一 數(shù)據(jù)認(rèn)知

i. 表達(dá)定量數(shù)據(jù)

a) 手里的數(shù)據(jù)可能是這個樣子，一般都是.xlsx格式，如果不是請使用Excel或者WPS進(jìn)行另存為.xlsx格式數(shù)據(jù)。如下圖：

b) 定量結(jié)果可以拆成四部分。   

1. 第一列：Small RNA名字，重要，計算差異基因名字；   

2. Count表達(dá)矩陣列，常常說的定量結(jié)果，也是edgeR或者DESeq2等軟件的輸入數(shù)據(jù)；   

3. CPM列，對Count標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù)，一般用于PCA、層級聚類、相關(guān)性計算；   

4. 注釋信息：對Small RNA的位置或者其他信息注釋。

ii. 樣本分組數(shù)據(jù)

大多數(shù)實驗都有生物學(xué)重復(fù)，也就是多個樣本對應(yīng)一個分組的情況，這里需要的文件格式是下圖格式，第一列為樣品信息，一定要與定量表格中的樣品信息一樣，差一點都不行，第二列就是樣品對應(yīng)的分組信息，這里只支持.xlsx格式文件，沒有這個文件可以使用Excel或者WPS手搓（從定量表格中Ctrl+C & Ctrl+V樣品信息，一定不會出問題，分組信息手動填寫）：

iii. 分組比較數(shù)據(jù)

這就更簡單了，一共就兩列，第一列為Case組，第二列為Control組，這個要根據(jù)實際情況機型調(diào)整，注意：比較信息一定要與樣品分組信息中的第二列匹配。這個文件沒有，新建.xlsx直接手搓，你就會體驗到手搓的快樂。

 

二 登錄SBC ToolBox SmallRNA模塊

i. 方法一

導(dǎo)航入口：https://www4.shbiochip.com/SBCToolBox/

ii. 方法二

一鍵直達(dá)：https://www4.shbiochip.com/V2023/svip/SmR/

iii. 登錄驗證

a) 登錄界面

b) 進(jìn)入分析界面：

 

三 SBC ToolBox差異分析

i. 進(jìn)入數(shù)據(jù)上傳&差異分析組件

a) 數(shù)據(jù)上傳

直接將準(zhǔn)備好的數(shù)據(jù)文件拖拽或者點擊上傳接口，上傳到云服務(wù)器上。

b) 注意：

 

c) 提交分析&結(jié)果預(yù)覽

點擊提交分析按鈕，主界面會有一個小花花轉(zhuǎn)動提示正在運行，分析完成后，小花花消失，主界面顯示分組比較信息。整個過程不超過半分鐘。

d) 完成分析后，直接點擊 下載保存.xlsx 按鈕，結(jié)果將會以.xlsx格式的workbook，不同的分組比較將會保存在不同的sheet中。

 

ii. 差異結(jié)果閾值篩選組件

默認(rèn)情況下保存的差異結(jié)果為不篩選的，可以使用差異結(jié)果閾值篩選組件根據(jù)pvalue和差異倍數(shù)（FC）進(jìn)行閾值篩選。

這里只需要設(shè)置簡單的設(shè)置pvalue 以及 差異倍數(shù)閾值，App會自動篩選出目標(biāo)閾值的差異結(jié)果，提交分析，下載保存結(jié)果即可完成分析，無需等待分分鐘完成分析任務(wù)。

直接點擊DEGs.FC.Pvalue.xlsx 按鈕就可以下載保存篩選結(jié)果。結(jié)果仍舊為workbook，不同的sheet對應(yīng)不同的分組比較閾值篩選結(jié)果。

 

iii. 靶基因預(yù)測組件

a) 差異靶基因預(yù)測   

1. 對接差異分析結(jié)果

這一部分向上承接篩選閾值后的差異miRNA的預(yù)測。結(jié)果仍舊為workbook，直接點擊下載保存結(jié)果即可保存結(jié)果到本地。

 

b) 自定義靶基因預(yù)測

1. 自定義輸入miRNA篩選靶基因

    主要針對目標(biāo)miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測，這里只需要將一列目標(biāo)miRNA復(fù)制粘貼至目標(biāo)區(qū)域，提交分析即可完成miRNA靶基因查詢，主界面會預(yù)覽結(jié)果，點擊 TargetGene下載保存.xlsx 按鈕即可保存結(jié)果。

完成以上操作步驟，即可完成miRNA的差異分析，如果你的數(shù)據(jù)是其他類型的SmallRNA，也可以完成差異分析和篩選，無法進(jìn)行靶基因預(yù)測。

以上就是本期Small RNA-seq定量數(shù)據(jù)分析上半部分的介紹，下期將緊接本期內(nèi)容，為您帶來「檢驗樣本重復(fù)性模塊」、「差異數(shù)據(jù)展示模塊」和「靶基因的GO&KEGG注釋」等下半部分的詳細(xì)介紹，敬請期待。

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