如何處理對接時候的蛋白自帶小分子
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殷賦云平臺-分子對接方案，智能化預(yù)測蛋白質(zhì)、多肽、核酸與小分子間的相互作用，識別文末二維碼了解更多！
1A：請教蛋白自帶好多小分子，對接的時候怎么處理呢?
殷賦科技：對接時并不需要這些小分子，其用途只有一個——幫助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一種情況例外，輔酶分子或類似作用的分子應(yīng)當保留在受體中，因為它將作為受體的一部分與配體產(chǎn)生相互作用。
A：有的還帶有金屬離子~ 是不是也應(yīng)該保留。
殷賦科技：看情況，跟配體有重要作用的保留，水分子也是。
B：請問已經(jīng)篩選好小分子，想把這個小分子接到載體上，中間連一個間隔臂，這個間隔臂需要和小分子一起連上再一次與蛋白質(zhì)做對接嗎?
殷賦科技：先問你，做對接的目的是什么?載體是這個蛋白嗎?Carrier-Linker-Ligand-Protein?
B：分子和蛋白對接，目的是定向固定化，分子得負載上載體，做定向吸附。載體不是蛋白，只是個樹脂之類，類似樹脂吸附酶。
殷賦科技：對接只是幫助你研究小分子與蛋白的相互作用，或者篩選小分子。既然已經(jīng)篩選好了，那就做實驗得了。要研究小分子-蛋白的相互作用，就直接對接小分子與蛋白，間隔臂并不參與作用。
B：如果間隔臂鏈接小分子(即間隔臂分子和小分子合成在一起)對蛋白有作用呢?
殷賦科技：那就要接上，一起對接，你可以兩種情況都做，看看有什么區(qū)別。
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A：如果一個蛋白靶點 只有抗體，篩選小分子的時候，小分子是往口袋去跑，而不是蛋白與抗體作用的β折疊。這時候篩選的標準怎么搞?
殷賦科技：蛋白與抗體作用的β折疊，是指抗體上某個區(qū)域是個beta折疊，它跟蛋白有作用，你要篩選的分子不能作用在這里是嗎?
A：對的，因為這種“光滑”的區(qū)域 小分子基本不結(jié)合，小分子喜歡去有“溝洞“的地方。
殷賦科技：那就要看這個區(qū)域跟口袋什么關(guān)系了，這個嘛，當然，你定義口袋在哪就對接在哪咯。
A：現(xiàn)在篩選小分子的時候，不知道怎么設(shè)定標準了。
殷賦科技：那就跟折疊區(qū)沒有關(guān)系。
A：這個口袋不能確定的吧?
殷賦科技：那你要先確定啊。
A：沒有陽性化合物，怎么確定呢?
殷賦科技：沒有什么實驗現(xiàn)象實驗信息可以給你提示嗎?如果什么都沒有，就只能軟件預(yù)測了，《如何確定對接口袋》。
A：研究只有抗體。我們本來想法是抗體作用位點。
殷賦科技：假如就是在那個位置，那就跟折疊區(qū)沒有關(guān)系了，對接時不用什么考慮折疊區(qū)的標準。
A：小分子在那個位置基本沒幾個有相互作用。
殷賦科技：沒有氫鍵是嗎?
A：有的。
殷賦科技：那可以嘛。
A：那個位置在膜內(nèi)，跨膜蛋白。
殷賦科技：那你不應(yīng)該對接這個位置啊，你得想盡一切辦法先確定口袋，所有可能的口袋都試試，然后做實驗驗證。
殷賦科技：用什么軟件，vina嗎?
A：對，也用MOE了，主要還是用 MOE。
殷賦科技：用dock6啊。
殷賦科技：moe用來初篩就好。
殷賦科技：你不會只算了這個分子吧?
A：幾千個。
殷賦科技：那就用dock6再篩。
A：主要是篩選的標準。
殷賦科技：篩選標準很難說，初篩看打分就夠了。挑選1000個去算dock6，再挑100-200個人工分析。
A：那像這種口袋不確定的，只看打分嘛?
殷賦科技：這跟口袋沒有關(guān)系啊。
A：好。
殷賦科技：口袋你要盡可能的確定，不確定的就都做。
A：那我就去預(yù)測下。
殷賦科技：對于每個口袋，就這么對接、篩選。
A：那跨膜蛋白，膜外是不是好點。
殷賦科技：一般是作用在膜外，如果你覺得膜內(nèi)、跨膜也有可能，就都做，優(yōu)先測膜外的。
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A：想請問下，用autodock對接，有硒代半胱氨酸怎么處理，顯示無法加電荷和識別。
B：共價對接還是非共價對接?
A：非共價對接。
B：粗糙一點，用標準的CYS進行對接，然后取合適的pose，將CSY改成硒代的非標準氨基酸，用力場進行優(yōu)化。應(yīng)該不會有很大的不同。
A：我現(xiàn)在是嘗試著對接，確實之后還涉及到評價對接效果，我做得轉(zhuǎn)氨酶。
B：這個也不影響你評價結(jié)果。
C：在autodock, set map types 時，配體和受體不在一起，請問大家是怎么調(diào)整的?
B：有個東西叫box，以及center與space來計算。
C：grid box是嗎?
B：對，他決定了在哪里搞grid。跟你的配體在沒在box里沒關(guān)系。
C：他們的相對位置不用考慮是嗎?
D：相對位置不用管，在對接的時候會將配體分子放置到盒子中去做構(gòu)象采集。
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A：請教各位大神，如果已知小分子有活性，但是受體上有很多已知的和潛在的未知作用位點，應(yīng)該怎么預(yù)測分子是結(jié)合在哪個位點呢?
B：怎么知道有活性的。
A：蛋白實驗測出來的。
B：結(jié)合力嗎?
A：IC50。
C：直接做對接。
A：做了對接嘗試過，我覺得很難比較結(jié)果，幾個位點的打分相差不大。
D：多用幾個軟件，商業(yè)的，開源的，有很多的。能用的都用上。再多挑幾個晶體試試。
E：養(yǎng)共晶，或者定點突變。
A：實驗成本太大，所以想先通過模擬預(yù)測一個可靠的結(jié)果再用實驗驗證。
E：定點突變也可以在模擬上做。
