mosquito & dragonfly在新冠病例全基因組測序中的應(yīng)用

截止目前，全球新冠確診病例超200萬例，在國內(nèi)疫情被逐步控制的情況下，國外卻呈現(xiàn)愈演愈烈之勢，總體情況不容樂觀。在這個背景下，世界各國對新冠疫苗和藥物研發(fā)以及相關(guān)的檢測試劑盒的開發(fā)也在緊鑼密鼓的進行中，并取得了初步的成果。
 

近日，英國政府投資2000萬英鎊，聯(lián)合NHS、公共衛(wèi)生機構(gòu)、Sanger研究所和眾多學(xué)術(shù)機構(gòu)組成的COVID-19 Genomics UK聯(lián)盟，將提供大規(guī)模、快速的疾病樣本測序信息，并與醫(yī)院、區(qū)域NHS中心和政府共享數(shù)據(jù)。其中Sanger研究所（Wellcome Sanger Institute）作為世界上最先進的基因組測序和數(shù)據(jù)中心之一，將會對得到的確診COVID-19病人樣本進行基因分析，以了解新冠的傳播和變異方式并在全國范圍內(nèi)監(jiān)控病毒的變化。
 

Genome sequencing facility at the Sanger Institute

Sanger研究所新冠樣本病毒文庫制備SOP
 

該SOP描述了一種新冠病毒全基因組序列擴增和測序的方法。首先從SARS-CoV-2病毒中提取核酸并生成cDNA，使用V3 nCov-2019引物(ARTIC)對病毒cDNA進行擴增，這套引物包含98對引物，分別產(chǎn)生400bp左右的擴增片段，剛好可以覆蓋病毒全基因組（MN908947.3: 29903bp）。接下來再進行文庫構(gòu)建、定量均一化和pooling，然后使用Illumina NovaSeq平臺進行測序。

在這個過程中，cDNA generation(Luna Script Super Mix Kit)、cDNA 的擴增(NEB Q5)、cDNA的定量(AccuClear Ultra High Sensitivity dsDNA Quantitation Kit) 和文庫的定量（qPCR）等多個步驟使用了來自SPT Labtech的納升級液體工作站mosquito和dragonfly對RT Master Mix，cDNA和酶等試劑進行小體積的精準(zhǔn)分液。（具體SOP請點擊下方鏈接查看）

https://www.protocols.io/view/covid-19-artic-v3-illumina-library-construction-an-be3wjgpe?step=26

英國SPT Labtech：mosquito & dragonfly 納升級分液系統(tǒng)
 

除了常規(guī)的測序外，mosquito和dragonfly還廣泛應(yīng)用于單細胞轉(zhuǎn)錄組、宏基因組和表觀組測序等多個應(yīng)用，涉及到數(shù)十個成熟的protocol。通過mosquito和dragonfly，可以大大降低input的使用量 (20 pg)，微縮化整個建庫體系(低至2 uL)，大大節(jié)省試劑和耗材成本，提高整個工作流程的精準(zhǔn)度和自動化。
 

mosquito/dragonfly 相關(guān)的應(yīng)用和protocol