新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)在全球范圍內(nèi)對人們的生產(chǎn)生活產(chǎn)生了非常重大的影響,造成了巨大的人員傷亡和經(jīng)濟損失。目前認為新型冠狀病毒的感染是從動物開始傳播,已形成全球大流行。據(jù)WHO發(fā)布的實時數(shù)據(jù),目前(截止2021年1月22日)全球累計新冠肺炎確診病例超過9500萬例,死亡人數(shù)超過200萬。研發(fā)抗體以及尋找有效的抗病毒藥物迫在眉睫。
近期的臨床數(shù)據(jù)表明:法匹拉韋能有效改善病人的臨床癥狀,具有治愈率高,副作用小等優(yōu)點。然而,法匹拉韋的抗病毒機制尚不明確。從分子水平上闡明它的作用機制有利于尋找、改造和開發(fā)更有效的抗新冠病毒的藥物。
▲Figure 1. Graphical abstract of Structural Basis of SARS-CoV-2 Polymerase Inhibition by Favipiravir.
SARS-CoV-2是一組具有廣泛宿主范圍的正義RNA病毒。目前,已鑒定出七種感染人類的冠狀病毒;其中SARS-CoV-2與2002-2003年出現(xiàn)的SARS-CoV在基因組序列上的相似性最高(79.5%)。雖然現(xiàn)在已有幾種疫苗在全球范圍內(nèi)開始接種,但是每天的新增病例依然是一個龐大的數(shù)字(超過70萬例)。因此抗新冠病毒藥物的開發(fā)工作迫在眉睫。“老藥新用”是一種快速高效的篩選策略,截止目前已經(jīng)有多種藥物開展了臨床實驗,其中瑞德西韋和法匹拉韋最受人關注,F(xiàn)有的初步臨床數(shù)據(jù)表明,相比于瑞德西韋,法匹拉韋的治療效果更好,副作用更小,是更有潛力的治療藥物。
▲Figure 2. Incorporation of Favipiravir and Remdesivir into RNA products.
瑞德西韋和法匹拉韋都是核苷類似物。經(jīng)患者服用后,在體內(nèi)轉(zhuǎn)化成三磷酸活性形式。瑞德西韋能模擬A與U配對摻入到子代RNA中(Figure 2.),在子代RNA延伸時,核糖環(huán)上的氰基與聚合酶的氨基酸殘基形成空間位阻,引起產(chǎn)物的異常終止。▲Figure 3. Incorporation of Favipiravir into RNA products by SARS-CoV-2 polymerase In vitro Inhibition of Remdesivir and Favipiravir Against SARS-CoV-2 Polymerase.
與瑞德西韋不同,法匹拉韋能模擬A和G兩種堿基摻入到子代核苷酸中(Figure 2.),但是它不會造成產(chǎn)物的提前終止(Figure 3.),而是通過引起病毒基因組的突變來抑制其增殖。▲Figure 4. Recognition of Favipiravir and Comparison with Other NTP Substrates.
此外,研究人員通過冷凍電鏡技術解析了法匹拉韋與新冠聚合酶復合物的高分辨率結(jié)構(gòu)。通過結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn),法匹拉韋還處于三磷酸形式,沒有與前一位核苷酸殘基形成磷酸二酯鍵,說明聚合酶此時處于之前從未報道過的催化前構(gòu)象。同時,研究人員也發(fā)現(xiàn),聚合酶識別法匹拉韋的氨基酸殘基在不同病毒中都相對保守。這一結(jié)構(gòu)不僅幫助研究人員進一步了解新冠病毒聚合酶的復制周期,同時也為開發(fā)廣譜性抗病毒藥物提供了結(jié)構(gòu)基礎。
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