Pippin Pulse脈沖場(chǎng)電泳系統(tǒng)在大分子DNA片段分離中的應(yīng)用

Pippin Pulse脈沖場(chǎng)電泳系統(tǒng)
                               —高性價(jià)比的大分子DNA檢測(cè)設(shè)備
 

長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序（又稱三代測(cè)序）、合成生物等諸多技術(shù)應(yīng)用都涉及對(duì)超長(zhǎng)DNA片段的分離與分析。普通的瓊脂糖凝膠電泳是借助瓊脂糖凝膠的分子篩作用，核酸片段因其分子量或分子形狀不同，電泳移動(dòng)速度有差異而分離。然而這項(xiàng)技術(shù)一般只能分離10 kb以下的小分子DNA，更大的DNA分子用普通瓊脂糖凝膠電泳無(wú)法達(dá)到分離的目的，從而限制了染色體DNA的分離、大片段基因組文庫(kù)構(gòu)建、生物物種鑒定、病原微生物基因分型、人類染色體內(nèi)切酶物理圖譜分析等方面的研究。而脈沖電場(chǎng)技術(shù)通過(guò)切換凝膠內(nèi)的電場(chǎng)方向，能夠驅(qū)使DNA分子在凝膠內(nèi)前后方向來(lái)回運(yùn)動(dòng)，有效地降低大分子核酸片段的遷移速率，同時(shí)由于小分子核酸片段改變方向的速率要比大分子核酸片段快，因此通過(guò)脈沖場(chǎng)電泳技術(shù)，可以有效將大分子DNA片段進(jìn)行分離和分析。
 

美國(guó)Sage Science公司的Pippin Pulse脈沖場(chǎng)電泳系統(tǒng)可對(duì)長(zhǎng)達(dá)430kb的超長(zhǎng)DNA片段進(jìn)行高效的電泳分離，而且儀器體積小巧不占空間。用戶可通過(guò)PC端選擇預(yù)設(shè)程序（如下圖）或自定義程序進(jìn)行大分子DNA片段的脈沖場(chǎng)凝膠電泳分離，程序可自定義使用戶的應(yīng)用更加廣泛和靈活。
 

使用Pippin Pulse對(duì)大分子DNA進(jìn)行電泳分離后的結(jié)果如下圖所示：

 

2020年發(fā)表在Nature Biotechnology上的一篇文獻(xiàn)中，研究人員對(duì)無(wú)角牛進(jìn)行基因組測(cè)序組裝和表型分析。其中Pippin Pulse用于牛肝臟基因組提取后的質(zhì)控以及打斷后（50kb）片段分布質(zhì)控，隨后聯(lián)合Nanopore測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建和下游測(cè)序分析。
 

文章鏈接：https://doi.org/10.1038/s41587-019-0266-0

 

2022年發(fā)表在預(yù)印本網(wǎng)站BioRxiv Preprint上的另外一篇文獻(xiàn)中，研究人員對(duì)存在于牛蠅體內(nèi)的金黃色葡萄球菌引起牛皮膚病的致病機(jī)理進(jìn)行研究。其中Pippin Pulse用于細(xì)菌基因組提取后、文庫(kù)制備前的片段分布質(zhì)控，隨后聯(lián)合Illumina和Nanopore測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建和下游測(cè)序分析。

文章鏈接：https://doi.org/10.1101/2022.03.11.483979