自然·通訊發(fā)文解析：WES全外顯子測序技術(shù)揭示腎癌關(guān)鍵致病基因

如多數(shù)腫瘤一樣，腎癌的分子分型是提高腎癌療效及腎癌精準(zhǔn)治療的關(guān)鍵。

美國臨床腫瘤蛋白質(zhì)組學(xué)會（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium， CPTAC)曾公布了103例透明細(xì)胞腎癌患者的蛋白質(zhì)基因組學(xué)特征，為歐美國家的腎癌精準(zhǔn)治療提供了依據(jù)。但該數(shù)據(jù)來源于西方腎癌患者，同國內(nèi)的患者存在差距，該研究并不能滿足國內(nèi)腎癌臨床和基礎(chǔ)研究中的迫切需求。
 

近日，復(fù)旦大學(xué)丁琛教授團(tuán)隊(duì)、葉定偉教授團(tuán)隊(duì)和上海交通大學(xué)趙健元教授團(tuán)隊(duì)聯(lián)合對232例本土腎癌患者人群的腎透明細(xì)胞癌（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）進(jìn)行了分析 ，綜合蛋白組、基因組并結(jié)合患者臨床病理特征和生存數(shù)據(jù)，描繪了中國透明細(xì)胞腎癌的蛋白質(zhì)基因表達(dá)圖譜，揭示了中國人群腎癌關(guān)鍵致病基因變異。為更優(yōu)的診療提供了依據(jù)。該工作發(fā)表于《自然·通訊》1。
 

下圖描述了該研究的整體思路和方法。
 

 

其中WES（全外顯子組測序）是關(guān)鍵數(shù)據(jù)之一。
 

作者在文中特別提到，該工作分別使用了IDT埃德特公司的DNA建庫試劑盒（原Swift Biosciences*）、接頭、外顯子WES panel以及定制探針，并使用到了貝克曼庫爾特的SPRIselect (Beckman, B23319)進(jìn)行了文庫的純化。

* 2021年3月，IDT埃德特完成對于Swift Biosciences公司的收購。

IDT埃德特公司的相關(guān)產(chǎn)品：

1. IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 建庫試劑盒（卓越版）

使用該試劑盒可對cfDNA樣本或FFPE組織提取的 DNA 樣本進(jìn)行靈敏、準(zhǔn)確的變異檢測。使用該試劑盒的專用連接法，可使轉(zhuǎn)化率達(dá)到最高并抑制接頭二聚體形成。在單鏈連接期間引入特異性分子標(biāo)簽 (UMI) 序列，便于采用多種去重和糾錯(cuò)法。

2. 原Swift Accel-NGS 2S Hyb DNA 建庫試劑盒（現(xiàn)IDT 2S Hyb DNA 建庫試劑盒）

利用獨(dú)特的專利技術(shù)，保證樣品高效的文庫轉(zhuǎn)化率，使得降解樣品和低起始量等困難樣品（例如FFPE、cfDNA等樣品）產(chǎn)出高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)。只需≥10 ng cfDNA 或≥ 100 ng gDNA即可進(jìn)行PCR-free建庫流程。獨(dú)特的5’ 和3’ 修復(fù)步驟，針對損傷樣品（如物理打斷后產(chǎn)生損失）進(jìn)行修復(fù)；對于富含AT/GC的基因組區(qū)域覆蓋度均一，適用于多種樣品類型；優(yōu)異、高效的文庫轉(zhuǎn)化效率使得更多分子進(jìn)行轉(zhuǎn)化，保持更高的文庫復(fù)雜度；無需接頭稀釋，不同起始量也可保持穩(wěn)定的文庫轉(zhuǎn)化效率。
 

IDT全外顯子捕獲試劑盒（xGen Exome Research Panel）v2由 415,115 條單獨(dú)合成且經(jīng)過質(zhì)控檢驗(yàn)的 xGen Lockdown 探針組成。探針組跨越人基因組的 34 Mb 目標(biāo)區(qū)域（19,433 個(gè)基因），并且覆蓋 39 Mb 的探針空間（即由探針覆蓋的基因組區(qū)域）。探針組中的所有探針均嚴(yán)格按照 ISO 13485 標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行生產(chǎn)。探針使用全新的“捕獲感知”(capture-aware) 算法進(jìn)行設(shè)計(jì)，并進(jìn)行了專有的脫靶分析，確保實(shí)現(xiàn)最完整的設(shè)計(jì)覆蓋度。每條探針均經(jīng)過質(zhì)譜法和雙定量測量檢驗(yàn)，確保探針的質(zhì)量及在探針庫中具有適當(dāng)?shù)拇�表性。通過始終如一的深度覆蓋，致力于推動臨床科學(xué)研究。

 

SPRI純化技術(shù)采用順磁性磁珠、選擇性的結(jié)合特定大小的核酸，已廣泛應(yīng)用于NGS的純化及片段篩選等領(lǐng)域，被超200多主流NGS試劑盒推薦，超15,000篇論文引用。相比于傳統(tǒng)純化磁珠，

SPRIselect更具備如下優(yōu)勢：
 

即拿即用、省錢省時(shí)：節(jié)省昂貴的冰箱空間，更省去大量溫度平衡的時(shí)間；
 

不論今年或明年，可靠的SPRIselect將始終如一的產(chǎn)出可重復(fù)的片篩結(jié)果，無需重復(fù)測試磁珠比例。如下圖所示，不同批次間片篩均值差異不超過2 bp。官方提供片段篩選濃度指引.

已有超40個(gè)知名建庫試劑盒推薦SPRIselect；超1,000篇論文選用SPRIselect。

 

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參考文獻(xiàn)：

1，Qu, Y., Feng, J., Wu, X, et. al. A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinoma in a Chinese population. Nature Communications. (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-29577-x