Cell子刊文獻解讀：空間蛋白組學(xué)揭示子宮內(nèi)膜癌及前哨淋巴結(jié)分子特征

文章結(jié)果
01 SLN 的蛋白質(zhì)組學(xué)特征
在24個前哨節(jié)點樣本中（正常和I-III級），鑒定到1291種蛋白質(zhì)的表達水平存在顯著差異，其中包含62種特異性表達蛋白質(zhì)：正常組3種，I級21種，II級5種，III級33種。研究進一步通過多樣本比較分析，發(fā)現(xiàn)共有336種蛋白質(zhì)在四組樣本中表達存在顯著差異，并通過基因集富集分析（GSEA）四個聚類類別的蛋白細(xì)胞生物學(xué)功能。
 

02 EC的蛋白組學(xué)特征
研究在12個內(nèi)膜樣本中（正常和 I-III 級），共鑒定到1280種蛋白質(zhì)在表達水平上顯示顯著差異。其中11種蛋白質(zhì)在健康內(nèi)膜組織中具有特異性，I 級中有24種，II級中有14種，III 級中有19種。主成分分析（PCAs）和熱圖聚類分析揭示了健康內(nèi)膜和 EC 之間的差異性。GSEA 分析發(fā)現(xiàn)，EC 中上調(diào)的蛋白質(zhì)參與翻譯、轉(zhuǎn)錄和核苷酸代謝。

分層聚類和熱圖表示在三個 EC 等級之間建立了良好的區(qū)分。I 級腫瘤中過表達的蛋白質(zhì)，有30種參與免疫應(yīng)答，例如γ干擾素誘導(dǎo)蛋白16（IFI16），溶菌酶C，髓過氧化物酶和乳轉(zhuǎn)移鐵蛋白。對于 II 級，有42個與細(xì)胞骨架蛋白結(jié)合，核糖體和肌動蛋白結(jié)合有關(guān)的蛋白質(zhì)。鑒定出一個涉及 TPM4、TPM2、TPM1、MYH10 和 MYH11 的網(wǎng)絡(luò)，類似于最近在膠質(zhì)瘤中發(fā)現(xiàn)的網(wǎng)絡(luò)。對于 III 級，一些蛋白質(zhì)參與細(xì)胞粘附和細(xì)胞外基質(zhì)，包括 ApoE 和 HSPG2。同時，分別在 I 級和 II 級腫瘤中鑒定出 PTX3 和 ASS1 過表達。根據(jù) TCGA 數(shù)據(jù)和基于抗體的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)，這兩種蛋白質(zhì)被認(rèn)為是前20大最不利的預(yù)后因素之一。
 

03 SLN 和 EC 之間的蛋白組學(xué)比較
為進行 SLN 和 EC 之間的比較，將兩種樣本類型的蛋白組數(shù)據(jù)放在一起進行了分層聚類和熱圖展示，結(jié)果顯示 SLN-I 和 EC-I 樣本進行了組合，EC-II 和EC-III 也與 SLN-II 和 SLN-III 重組和分離。Cluster 1 對應(yīng) SLN-I 和 EC-I 中過表達的蛋白質(zhì)，Cluster 2 代表 SLN-III 和 EC-III 過表達的蛋白質(zhì)。Cluster 1 中包含22中蛋白參與免疫應(yīng)答，其中包含10種抗菌肽、MNDA、SerpinB1、ITGB2、ITGA6 和 ANXA1 等都是對預(yù)后有利的蛋白。Cluster 2 中多包含不利于預(yù)后的標(biāo)志物，如 ALDH2、PRSS3、YBX1、SLC1A5、ALDOA、ATP1A1 和 UBA2 等。
 

進一步，使用相關(guān)矩陣展現(xiàn)了在 SLN 和 EC 不同等級中特定表達的蛋白質(zhì)。并且與 TCGA 中發(fā)現(xiàn)的選定標(biāo)志物進行了對比分析。
 

04 SLN 和 EC 中標(biāo)志物蛋白的靶向驗證
該研究通過蛋白組學(xué)分析建立了 SLN 和 EC 組織之間常見的分級依賴性標(biāo)志物（RSS3、PTX3 、ASS1、ALDH2 和 ANXA1）。為確認(rèn)蛋白組學(xué)結(jié)果研究團隊進一步進行了免疫熒光進行檢測驗證。結(jié)果顯示，在 EC 樣本中，PRSS 更多的表達在 III 級，ASS1 在 II 級，PTX3 和 ANXA1 在 I 級，ALDH2 則在 II 級和 III 級中均有表達；在 SLN 樣本中，ASS1、PTX3 和 PRSS3 在 I 級中具有高度表達，而在 II 級和 III 級中表達量較低。PRSS3 在 II 級中可檢出性較低，而在 III 級中檢出率較高。對于 PTX3，在 II 級和 III 級中的檢測水平低于 I 級和健康對照樣本。同時，還檢測了一些 TCGA 中分析出的蛋白標(biāo)志物 CD74、GOLM1、SLC9A3R2 和 SP100。

另外，該研究利用人類數(shù)據(jù)庫與 XMan v.2 數(shù)據(jù)庫結(jié)合使用鑒定出66種腫瘤突變肽。同時鑒定出36種可能來自非編碼 RNA（ncRNA）翻譯的蛋白質(zhì)。