聯(lián)合分析質(zhì)譜和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組揭示膠原蛋白XII是腫瘤轉(zhuǎn)移的驅(qū)動(dòng)因素

腫瘤基質(zhì)，特別是細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)，是實(shí)體腫瘤的一個(gè)顯著特征，在腫瘤發(fā)展中起著至關(guān)重要的作用。許多促結(jié)締組織增生性腫瘤，包括乳腺癌，都涉及I型膠原的顯著積聚，并且I型膠原分子的分布和結(jié)構(gòu)與其豐度在腫瘤中同等重要。此外，癌相關(guān)成纖維細(xì)胞（CAF）存在于乳腺癌組織中，通過(guò)重塑ECM發(fā)揮促腫瘤和抗腫瘤作用。本文中，為了研究上述三者與乳腺癌發(fā)展的關(guān)系，研究者利用質(zhì)譜技術(shù)檢測(cè)ECM中的蛋白質(zhì)組，發(fā)現(xiàn)了在腫瘤中顯著上調(diào)的膠原蛋白XII，可調(diào)節(jié)I型膠原纖維，促進(jìn)癌細(xì)胞侵襲和轉(zhuǎn)移，并結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序確認(rèn)CAF是膠原蛋白XII的主要來(lái)源。

 

文章詳情

文章題目：Temporal profiling of the breast tumour microenvironment reveals collagen XII as a driver of metastasis

中文題目：乳腺癌微環(huán)境的時(shí)間分析揭示膠原蛋白XII是腫瘤轉(zhuǎn)移的驅(qū)動(dòng)因素

發(fā)表時(shí)間：2022.08

期刊名稱(chēng)：Nature Communications

影響因子：17.694

實(shí)驗(yàn)方法：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序+質(zhì)譜DIA蛋白檢測(cè)

DOI：10.1038/s41467-022-32255-7

 

研究路線(xiàn)

 

研究?jī)?nèi)容

• 腫瘤基質(zhì)蛋白質(zhì)組的動(dòng)態(tài)變化

隨著實(shí)體腫瘤生長(zhǎng)，ECM的持續(xù)重塑導(dǎo)致正常組織基質(zhì)被腫瘤基質(zhì)取代，這種重塑在腫瘤進(jìn)展中起著重要作用。研究者使用自發(fā)且多發(fā)性腫瘤中期（PyMT）基因工程小鼠模型（GEMM），收集早期（增生期）、中期（腺瘤）和晚期（轉(zhuǎn)移性腺癌）的乳腺癌組織和相同年齡健康小鼠的乳腺脂肪墊組織，來(lái)研究乳腺癌發(fā)生過(guò)程中ECM隨時(shí)間的變化。對(duì)組織進(jìn)行脫細(xì)胞操作以富集ECM蛋白質(zhì)，然后進(jìn)行DIA質(zhì)譜檢測(cè)蛋白質(zhì)組，在脂肪墊和腫瘤中定量到150種基質(zhì)蛋白，其中113種在腫瘤和健康脂肪墊中差異表達(dá)。這里面有71種屬于核心基質(zhì)蛋白，42種與基質(zhì)相關(guān)，包括分泌因子、ECM相關(guān)蛋白和ECM調(diào)節(jié)劑。通過(guò)聚類(lèi)分析發(fā)現(xiàn)了四個(gè)具有不同時(shí)間表達(dá)特征的離散clusters。C1中的蛋白質(zhì)在健康組織中隨時(shí)間逐漸上調(diào)，但在腫瘤中表達(dá)更高，并隨腫瘤發(fā)展進(jìn)一步增加。C2中的蛋白質(zhì)在腫瘤三個(gè)階段與健康脂肪墊相比均上調(diào)，C3中蛋白質(zhì)則隨著疾病發(fā)展逐漸下調(diào)，C4則在早期中期下調(diào)而晚期上調(diào)。C2中的SPP1可將乳腺成纖維細(xì)胞激活成促腫瘤的癌相關(guān)成纖維細(xì)胞（CAF），C3中的DCN在晚期腫瘤中下調(diào)且具有抗增殖和抗轉(zhuǎn)移的特性，TNXB在三個(gè)階段均下調(diào)且有報(bào)道稱(chēng)該蛋白在多種實(shí)體瘤中下調(diào)且與較差的生存率相關(guān)。C4中具有腫瘤抑制作用的TINAGL1下調(diào)。這些結(jié)果強(qiáng)調(diào)了關(guān)鍵的ECM分子是如何在原發(fā)性乳腺癌進(jìn)展中發(fā)揮重要作用，從促進(jìn)腫瘤細(xì)胞增殖和侵入基質(zhì)、向脈管系統(tǒng)遷移、血管內(nèi)和血管中的傳播并導(dǎo)致轉(zhuǎn)移性疾病。

 

• 膠原蛋白XII在乳腺癌發(fā)展過(guò)程中隨時(shí)間上調(diào)

比較健康脂肪墊和腫瘤的基質(zhì)蛋白質(zhì)組結(jié)果后發(fā)現(xiàn)了很多差異表達(dá)的ECM蛋白。其中，膠原蛋白XII（COL12A1）在所有時(shí)期的腫瘤基質(zhì)中，與健康脂肪墊相比，均顯著上調(diào)表達(dá)，且隨著腫瘤發(fā)展，其表達(dá)逐漸上調(diào)。免疫組化（IHC）驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)膠原蛋白XII主要定位于基質(zhì)區(qū)，表達(dá)變化趨勢(shì)與蛋白質(zhì)組結(jié)果一致，證實(shí)了該蛋白作為關(guān)鍵基質(zhì)支架蛋白的作用。已有報(bào)道表明膠原蛋白XII是正常組織中纖維狀膠原結(jié)構(gòu)的調(diào)節(jié)劑，并且與腫瘤侵襲性相關(guān)。

 

• 膠原蛋白XII表達(dá)與腫瘤生物力學(xué)特性改變有關(guān)

為了評(píng)估膠原蛋白XII在原發(fā)性腫瘤進(jìn)展中的潛在作用，研究者對(duì)膠原蛋白I/XII的空間組織和腫瘤生物力學(xué)進(jìn)行了研究（膠原蛋白XII可與I結(jié)合發(fā)揮調(diào)節(jié)功能）。利用天狼星紅對(duì)組織中的纖維狀膠原蛋白染色和IHC切片分析發(fā)現(xiàn)在腫瘤進(jìn)展過(guò)程中，總膠原蛋白與 XII 膠原蛋白一起增加。無(wú)測(cè)限壓力測(cè)試分析測(cè)量腫瘤的生物力學(xué)特性發(fā)現(xiàn)腫瘤硬度（體積彈性模量）在疾病的晚期顯著增加，與質(zhì)譜測(cè)得的XII膠原蛋白豐度增加相關(guān)�；�于I型膠原纖維的非中心對(duì)稱(chēng)性質(zhì)，使用二次諧波發(fā)生（SHG）多光子成像技術(shù)對(duì)I型膠原進(jìn)行無(wú)標(biāo)記成像和量化。結(jié)果表明，I型膠原纖維密度在腫瘤發(fā)展的晚期上調(diào)，I型膠原纖維束尺寸的量化顯示，隨著腫瘤的進(jìn)展，I型膠原束寬度增加。隨著腫瘤從早期進(jìn)展到中期和晚期，I型膠原纖維的線(xiàn)性度增加。這些數(shù)據(jù)證實(shí)了原發(fā)腫瘤進(jìn)展過(guò)程中I型膠原纖維組織的廣泛重構(gòu)。

 

• XII膠原蛋白在乳腺癌中表達(dá)上調(diào)，與不良預(yù)后有關(guān)

研究者使用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)乳腺癌隊(duì)列（BRCA）的RNA測(cè)序結(jié)果中XII膠原蛋白基因（COL12A1）表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)后研究，發(fā)現(xiàn)與非腫瘤組織相比，該基因在包括TNBC在內(nèi)的所有原發(fā)乳腺癌組織中顯著上調(diào)。XII型膠原的高表達(dá)與總體存活率低(OS)和不良的無(wú)進(jìn)展生存期（PFS）顯著相關(guān)。多變量分析表明膠原蛋白XII的表達(dá)與腫瘤早期的進(jìn)展更密切相關(guān)。為了證實(shí)上述發(fā)現(xiàn)，研究者對(duì)150名患者組織的膠原蛋白XII進(jìn)行IHC分析，證實(shí)該蛋白高水平與疾病特異的存活率差顯著相關(guān)，并且患者的遠(yuǎn)端復(fù)發(fā)率也更高。上述結(jié)果表明，XII膠原蛋白的表達(dá)與早期患者預(yù)后和復(fù)發(fā)密切相關(guān)，值得進(jìn)一步研究以確定其作為侵襲性轉(zhuǎn)移疾病生物標(biāo)志物的潛力。

 

• 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組揭示CAF提供了腫瘤微環(huán)境中的膠原蛋白XII

為了確認(rèn)原發(fā)腫瘤微環(huán)境（TME）中膠原蛋白XII的來(lái)源，研究者從體內(nèi)模型中收集5個(gè)原發(fā)晚期腫瘤組織進(jìn)行單細(xì)胞RNA測(cè)序，證實(shí)了XII膠原蛋白編碼基因Col12a1在CAF的分泌基質(zhì)亞型高表達(dá)，在另一個(gè)26名乳腺癌患者隊(duì)列的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組結(jié)果中也發(fā)現(xiàn)XII膠原蛋白的主要來(lái)源是CAF。接下來(lái)，研究者利用該患者隊(duì)列單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果中CAF marker基因，對(duì)TCGA隊(duì)列每個(gè)乳腺癌數(shù)據(jù)集計(jì)算了CAF分?jǐn)?shù)，發(fā)現(xiàn)COL12A1的表達(dá)與CAF分?jǐn)?shù)呈顯著正相關(guān)，進(jìn)一步證實(shí)了CAF是乳腺腫瘤中COL12A1的主要來(lái)源。但是分析還發(fā)現(xiàn)，膠原蛋白XII表達(dá)但沒(méi)有CAF分?jǐn)?shù)也與總體和無(wú)進(jìn)展的存活率顯著相關(guān)，將CAF分?jǐn)?shù)添加到XII膠原蛋白生存模型中并不能顯著改善該模型，說(shuō)明XII膠原蛋白的表達(dá)是這些患者預(yù)后的預(yù)測(cè)指標(biāo)，與CAF分?jǐn)?shù)無(wú)關(guān)。

 

• CAF分泌的XII膠原蛋白調(diào)節(jié)I型膠原結(jié)構(gòu)、組織生物力學(xué)和癌細(xì)胞侵襲

研究者分析了從原發(fā)PyMT腫瘤中分離出的CAF和腫瘤細(xì)胞后發(fā)現(xiàn)，與正常小鼠乳腺成纖維細(xì)胞相比，這些CAF中的XII膠原蛋白表達(dá)上調(diào)，與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組結(jié)果一致。從CAF細(xì)胞中敲除COL12A1并做了大量實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，下調(diào)XII膠原蛋白的表達(dá)不會(huì)改變纖維膠原的總豐度，但會(huì)改變纖維膠原的超微結(jié)構(gòu)，XII膠原蛋白在決定I型膠原纖維的空間組織結(jié)構(gòu)中發(fā)揮了作用，并且CAF中XII膠原蛋白的枯竭可能起到了使基質(zhì)正�；�的作用。此外，XII膠原蛋白敲除沒(méi)有改變CAF收縮I型膠原器官型基質(zhì)的能力，而無(wú)限制壓力分析器官型基質(zhì)的生物力學(xué)特征，揭示CAF中XII膠原蛋白的耗竭導(dǎo)致整體基質(zhì)的硬度下降。XII膠原蛋白的敲除導(dǎo)致較薄的膠原束豐富程度較高，由于XII型膠原支架支撐著I型膠原的結(jié)合，這與XII型膠原已知的功能（即調(diào)節(jié)健康組織中I型膠原構(gòu)型）是一致的。最后，在CAF重塑的器官型基質(zhì)里，先去除CAF后將PyMT癌細(xì)胞接種進(jìn)去。結(jié)果表明癌細(xì)胞很容易侵襲到shScr-CAF（敲除模型的對(duì)照）重塑的基質(zhì)中，但這種能力在敲除的CAF重塑基質(zhì)中顯著降低，證實(shí)膠原蛋白 XII 對(duì)膠原蛋白 I 的調(diào)節(jié)，在原發(fā)性乳腺癌中產(chǎn)生促侵襲性微環(huán)境的重要作用。

利用Crisper激活構(gòu)建膠原蛋白XII過(guò)表達(dá)的CAF細(xì)胞系，研究者發(fā)現(xiàn)CAF過(guò)表達(dá)XII膠原蛋白并不影響膠原重塑的速度，但確實(shí)顯著增加了CAF重塑的器官型基質(zhì)的硬度和成熟的束狀膠原纖維的比例，并且顯著增加了PyMT癌細(xì)胞的侵襲性。這些結(jié)果表明，在CAF中增加X(jué)II膠原蛋白的表達(dá)與XII膠原蛋白的敲除具有相反的作用，并證實(shí)了XII膠原蛋白在調(diào)節(jié)腫瘤微環(huán)境中的纖維膠原結(jié)構(gòu)和基質(zhì)生物力學(xué)以及隨后的乳腺癌細(xì)胞侵襲中具有重要的作用。

 

 

• CAF分泌的XII膠原蛋白創(chuàng)造了一個(gè)促進(jìn)癌轉(zhuǎn)移的微環(huán)境

為了研究CAF分泌的XII膠原蛋白的作用，研究者將癌細(xì)胞與shScr、敲除后的CAF(癌細(xì)胞與CAF的比例為1：3)原位共植入第四乳房脂肪墊，并讓腫瘤最大成長(zhǎng)到520mm3。研究發(fā)現(xiàn)對(duì)照和敲除組的腫瘤到達(dá)最大體積的時(shí)間和腫瘤重量沒(méi)有顯著差異，但腫瘤硬度在敲除組里顯著下降。肺組織切片觀察癌轉(zhuǎn)移發(fā)現(xiàn)對(duì)照組100%轉(zhuǎn)移，而敲除組約50%左右轉(zhuǎn)移，說(shuō)明XII膠原蛋白在調(diào)節(jié)基質(zhì)組織（可促進(jìn)腫瘤細(xì)胞轉(zhuǎn)移擴(kuò)散）中起著關(guān)鍵作用。研究者還證實(shí)在敲除組腫瘤中較低的XII膠原蛋白水平降低，但兩組的CAF細(xì)胞量沒(méi)有差異。此外，I型膠原束厚度顯著減少，這與觀察到的腫瘤硬度降低相關(guān)。敲除組腫瘤中pMLC2（有研究指出pMLC2可激活腫瘤成纖維細(xì)胞并放大基質(zhì)重塑，導(dǎo)致腫瘤硬度增加和促進(jìn)腫瘤細(xì)胞侵襲的微環(huán)境產(chǎn)生）水平顯著低于對(duì)照組，癌細(xì)胞的轉(zhuǎn)移潛力也降低。這些結(jié)果表明，CAF中的XII膠原蛋白缺失會(huì)導(dǎo)致正在發(fā)展的腫瘤內(nèi)I型膠原束和腫瘤硬度改變，這可能導(dǎo)致基質(zhì)總體激活水平較低，并破壞允許癌細(xì)胞侵襲的微環(huán)境。利用XII膠原蛋白過(guò)表達(dá)CAF進(jìn)行與上述敲除組類(lèi)似的實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步證實(shí)XII膠原蛋白表達(dá)在轉(zhuǎn)移擴(kuò)散中的重要作用�？傊�，在體外和體內(nèi)，這些互補(bǔ)的敲除和過(guò)表達(dá)模型實(shí)驗(yàn)結(jié)果支持這樣的假設(shè)，即CAF在原發(fā)部位分泌的膠原蛋白XII調(diào)節(jié)I型膠原的結(jié)構(gòu)和腫瘤的生物力學(xué)特性，從而創(chuàng)造了允許癌轉(zhuǎn)移的腫瘤微環(huán)境。

 

結(jié)果總結(jié)

本研究利用質(zhì)譜技術(shù)描繪了脫細(xì)胞腫瘤隨時(shí)間變化的蛋白質(zhì)組圖譜，揭示了乳腺癌發(fā)展過(guò)程中基質(zhì)體的演變情況。研究者確定了四個(gè)關(guān)鍵的基質(zhì)蛋白clusters，并明確指出XII膠原蛋白是調(diào)節(jié)I形膠原組織的關(guān)鍵成分。通過(guò)將蛋白質(zhì)組學(xué)和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，并使用遺傳操作模型，研究者展示了由CAF分泌的XII膠原蛋白是如何改變I型膠原組織，以創(chuàng)造支持轉(zhuǎn)移擴(kuò)散的促侵襲微環(huán)境。此外，在TCGA的患者隊(duì)列中，研究者發(fā)現(xiàn)XII膠原蛋白可能代表了乳腺癌患者轉(zhuǎn)移復(fù)發(fā)的高風(fēng)險(xiǎn)指標(biāo)。

 

參考文獻(xiàn)

Papanicolaou, Michael et al. “Temporal profiling of the breast tumour microenvironment reveals collagen XII as a driver of metastasis.” Nature communications vol. 13,1 4587. 6 Aug. 2022