10X Genomics V1與V2版本的差異及如何選擇

10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)陪伴我們3年多的時(shí)間了。很多讀者也都在關(guān)注著技術(shù)的更新。22年末，10X發(fā)布了新鮮樣本空間轉(zhuǎn)錄組解決方案的V2版本，但新鮮樣本的V2版本是V1版本的升級(jí)嗎？二者有什么異同點(diǎn)？?jī)蓚�(gè)版本間該如何選擇？在本文中都會(huì)找到答案。

01 技術(shù)原理是否相同？
不，并不同。我們都知道10X Genomics 在19年推出第一版空間轉(zhuǎn)錄組解決方案時(shí)，應(yīng)用的技術(shù)是利用芯片上帶有Spatial barcode的探針去捕獲樣本中釋放的mRNA，構(gòu)建文庫后再通過測(cè)序，能夠獲得基因表達(dá)信息的同時(shí)，也能獲得基因表達(dá)的位置信息。

但新鮮樣本V2版本與V1版本的基本原理完全不同，V2版本設(shè)計(jì)了RNA模板連接 (RTL) 探針集，具有高敏感性和特異性，且探針集覆蓋了人和小鼠超過18000個(gè)基因，且90%以上基因設(shè)計(jì)了3個(gè)探針對(duì)，實(shí)驗(yàn)利用探針雜交方式，獲取組織中基因信息。將組織中mRNA酶解后進(jìn)行組織透化從而釋放DNA探針與基因表達(dá)芯片上的探針雜交，構(gòu)建文庫后再通過測(cè)序，獲得基因表達(dá)信息。
 

圖 10X Genomics Visium探針雜交工作原理

02 V1與V2版本有何異同點(diǎn)？
V2版本與V1版本相比，其質(zhì)檢標(biāo)準(zhǔn)降低了較多，且無需前期透化實(shí)驗(yàn)。
 

圖 10X Genomics Visium探針雜交工作原理

03 V1與V2版本可上機(jī)的樣本類型有哪些？

圖 10X Genomics Visium新鮮樣本可上機(jī)的樣本類型

04 V1與V2版本如何選擇？
▪ 人或小鼠樣本，可選擇V1或V2，但其他樣本類型只能選擇V1版本。
▪ 因V2版本為固定基因探針，所以，如果想檢測(cè)更多基因信息，那么需要選擇V1版本。

05 10X Genomics Visium項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)

圖 FF空間轉(zhuǎn)錄組已完成實(shí)驗(yàn)的樣本類型