LCM空間實驗流程詳解及送樣建議總結(jié)

>> 深度空間蛋白質(zhì)組服務流程

01 簽單前溝通

02 LCM樣品類型確認

03 形態(tài)學質(zhì)檢HE

04 正式實驗
 

一、簽單前溝通

01 樣本類型

FFPE石蠟塊（建議1年內(nèi)，3年也有成功經(jīng)驗）、OCT包埋塊、FFPE膜切片、OCT膜切片（切片前溝通，需要特殊膜貼片）、客戶自行通過LCM技術(shù)獲得的切割組織（提供載體信息），在FFPE和OCT之間更推薦FFPE。

注意：

⏩ 由于LCM操作時所用切片需要提前黏附在特殊的膜上，所以不接受普通載玻片上的OCT/FFPE切片，如果客戶自行制備膜切片，公司可以提供這種膜以及操作protocol。

⏩ 如果客戶自行通過LCM技術(shù)獲得的切割組織，請?zhí)崆皽贤ù_認有關儀器、系統(tǒng)、膜材料等信息。這種組織會直接進行蛋白質(zhì)提取、酶解、肽段質(zhì)檢檢測和分析。

⏩ 膜切片和包埋塊目標截面的大小不得超過14 mm*45 mm。如下圖所示：

02 樣本背景信息

物種、器官、疾病、組織保存年限等。

03 預計LCM面積

根據(jù)LCM面積大小，建議3-5張連續(xù)切片，相同LCM區(qū)域合并。

04 樣品數(shù)量

樣品數(shù)、正式切片數(shù)。

05 ROl數(shù)量

客戶可根據(jù)形態(tài)學質(zhì)檢HE染色圖進行第一次ROI圈選，確定反饋總ROI數(shù)量及每張切片的ROI數(shù)量。
 

二、形態(tài)學質(zhì)檢

分以下兩種情況：

1、FFPE石蠟塊和OCT包埋塊，實驗室進行切片、HE染色并給出質(zhì)檢報告，客戶可通過HE看圖軟件確認該切片是否有ROI所在區(qū)域，并進行區(qū)域預圈選。客戶同意并且實驗室評估客戶圈選區(qū)域具有技術(shù)可行性后方可進行正式實驗；

2、FFPE/OCT膜切片，實驗室選擇一張客戶送來的組織切片（玻片即可）進行HE染色并給出質(zhì)檢報告，隨后與上述步驟相同。

注意：

⏩ 客戶的預圈選非常關鍵，實驗室會根據(jù)預圈選結(jié)果判斷正式實驗連續(xù)切片的數(shù)量（ROI內(nèi)細胞過少時會將連續(xù)切片上相同的ROI合并為一個ROI）。

⏩ 由于顯微切割有較低的失敗率，所以建議客戶在預圈選時多圈選幾個ROI以作備用。
 

圖片解釋：

No1：正式實驗時，單張切片的1號圈選區(qū)域取樣進行蛋白檢測；

No2：正式實驗中，若1號圈選區(qū)域無法進行下游實驗，則取2號圈選區(qū)域（備份樣本）進行正式實驗；

No3+No4：正式實驗中，3號和4號圈選區(qū)域共同取樣合并后進行蛋白檢測；

No5：正式實驗過程中，取三張連續(xù)膜片的5號圈選區(qū)域的組織合并后進行蛋白檢測。
 

三、正式實驗

01 實驗室進行連續(xù)切片，其中一片進行HE染色，剩余切片制成膜切片

02 染色結(jié)果發(fā)送客戶

03 實驗室在正式膜切片上根據(jù)客戶要求圈出ROI，并進行LCM切割捕獲

04 收集到的切割組織進行蛋白質(zhì)提取、酶解、質(zhì)譜檢測和分析