短串聯(lián)重復(fù)序列STR（Short Tandem Repeat）鑒定科普

1，STR簡介：
STR（Short Tandem Repeat，短串聯(lián)重復(fù)序列）基因位點(diǎn)由長度為3～7個(gè)堿基對(duì)的短串連重復(fù)序列組成 ，這些重復(fù)序列廣泛存在于人類基因組中，可作為高度多態(tài)性標(biāo)記，被稱為細(xì)胞的DNA指紋。
2，生產(chǎn)流程：
STR的生產(chǎn)流程主要包括，樣本收集，DNA抽提，毛細(xì)管凝膠電泳，數(shù)據(jù)導(dǎo)出和報(bào)告分析，其中比較重要的在于實(shí)驗(yàn)操作過程中的污染質(zhì)控，以及后續(xù)的報(bào)告解讀部分。對(duì)于需要做申報(bào)的公司，運(yùn)行數(shù)據(jù)的保存也是相當(dāng)重要的。
  3，鑒定標(biāo)準(zhǔn)和位點(diǎn)：
參考美國國家標(biāo)準(zhǔn)學(xué)會(huì)(American National Standard Institute,ANSI) 標(biāo)準(zhǔn)：STR Loci (minimum set)TH01, TPOX, vWA, CSF1PO, D16S539, D7S820, D13S317, and D5S818 Gender marker Amelogenin，采用ATCC公布細(xì)胞鑒定金標(biāo)準(zhǔn)8位點(diǎn)+1個(gè)性別位點(diǎn)，后續(xù)11個(gè)高度多態(tài)性位點(diǎn)輔佐判斷。
  4，完整的報(bào)告結(jié)果：
涵蓋一個(gè)陽性樣本質(zhì)控峰圖結(jié)果，數(shù)據(jù)庫比對(duì)表，標(biāo)準(zhǔn)的STR鑒定報(bào)告，毛細(xì)管凝膠電泳測(cè)序峰圖。其中，陽性質(zhì)控是比較重要的，能確保實(shí)驗(yàn)操作過程中的污染判別，排查實(shí)驗(yàn)操作人員或者環(huán)境中的污染結(jié)果。
5，質(zhì)量管理體系：
上海翼和STR嚴(yán)格依據(jù)實(shí)驗(yàn)室質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)：ISO9001質(zhì)量管理體系，CMA司法鑒定標(biāo)準(zhǔn)，建立了完整的質(zhì)量管理體系，從試劑耗材，到實(shí)驗(yàn)操作，數(shù)據(jù)監(jiān)控等方面監(jiān)控實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)產(chǎn)出，確保數(shù)據(jù)的真實(shí)性及可靠性。
   
6，數(shù)據(jù)庫比對(duì)：
目前比較常用的數(shù)據(jù)庫包括，美國ATCC細(xì)胞庫，德國DSMZ細(xì)胞庫，日本JCRB細(xì)胞庫，日本Riken細(xì)胞庫，國家實(shí)驗(yàn)細(xì)胞資源共享平臺(tái)，EXPASY數(shù)據(jù)庫結(jié)果。翼和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，通過自動(dòng)檢索軟件，對(duì)比德國DSMZ細(xì)胞數(shù)據(jù)庫結(jié)果，后續(xù)人員復(fù)核依照21位點(diǎn)結(jié)果，比對(duì)EXPASY數(shù)據(jù)庫，國家實(shí)驗(yàn)細(xì)胞資源共享平臺(tái)數(shù)據(jù)作為補(bǔ)充，復(fù)查數(shù)據(jù)結(jié)果。
  7，判讀標(biāo)準(zhǔn):
匹配度(EV值)計(jì)算公式：=匹配度（%）
EV值≥1.0，細(xì)胞完全匹配參考細(xì)胞結(jié)果。
0.8≤EV值＜1.0，細(xì)胞基本匹配參考細(xì)胞結(jié)果，基本匹配往往伴隨多等位的結(jié)果，需要參考21位點(diǎn)的結(jié)果來判讀是否是交叉污染，還是細(xì)胞微衛(wèi)星不穩(wěn)定導(dǎo)致的。
EV值＜0.8，細(xì)胞不匹配。
8，增值服務(wù)：

• 基于QPCR方法的4種屬鑒定結(jié)果，往往是人和小鼠STR鑒定體系檢測(cè)不到信號(hào)值的情況下，免費(fèi)幫客戶補(bǔ)測(cè)種屬。確保種屬來源正確，或者排查其他種屬源細(xì)胞污染的情況。4種屬涵蓋：人，小鼠，大鼠，倉鼠，4個(gè)物種。
• 10種屬鑒定結(jié)果:QPCR原理的種屬檢測(cè)服務(wù)，后續(xù)根據(jù)客戶意愿決定是否需要排查4種屬外的其他物種結(jié)果。
• 英文報(bào)告：部分公司或者科研單位，尤其發(fā)表論文的老師，需要提供報(bào)告的英文報(bào)告用于發(fā)表論文。可以聯(lián)系對(duì)應(yīng)銷售人員安排免費(fèi)出具英文報(bào)告結(jié)果。
• 為期至少一年的數(shù)據(jù)保留，和半年的客戶樣本保留。

9，STR應(yīng)用場景：

1. 常見永生化細(xì)胞的鑒定，論文發(fā)表和公司細(xì)胞庫建庫。
2. 細(xì)胞培養(yǎng)過程中的交叉污染情況排查。
3. 干細(xì)胞來源一致性比對(duì)。
4. 自主的原代細(xì)胞建立，排查污染和原始數(shù)據(jù)保留。

10，參考文獻(xiàn)：
1，A resource for cell line authentication, annotation and quality control Nature 520,307–311(16 April 2015)
2，Cell line misidentification：the beginning of the end Nature Reviews Cancer 10, (June 2010)
3，American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8.
4，Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1.