如何用FFPE組織樣品進(jìn)行高通量檢測？

瀏覽次數(shù)：1855　發(fā)布日期：2013-8-30　來源：上海伯豪生物技術(shù)有限公司

福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，F(xiàn)FPE）的樣品代表了珍貴且來源廣泛的生物醫(yī)學(xué)研究材料，如何從這些樣品中挖掘出有效的信息呢？上海伯豪生物技術(shù)有限公司針對FFPE樣品的高通量分析，建立了整套的SOP 標(biāo)準(zhǔn)解決方案，幫助廣大科研工作者更好的利用FFPE 樣本資源，進(jìn)行各類高通量組學(xué)分析。以下為公司利用微陣列芯片研究FFPE樣品的部分實(shí)驗(yàn)案例和解決。

使用芯片技術(shù)研究通常需要使用新鮮的樣本或快速冷凍的樣本，但是世界上大約有數(shù)十億份組織樣品保存在醫(yī)院或者組織樣品庫中，其中絕大多數(shù)是FFPE樣品。如何獲得FFPE 樣本所蘊(yùn)藏的生物信息，如何利用分子生物學(xué)方法對FFPE 樣本進(jìn)行檢測，進(jìn)而針對FFPE 樣本進(jìn)行高通量組學(xué)分析就變得越來越重要。

一． FFPE樣本準(zhǔn)備、儲存及運(yùn)輸

樣本質(zhì)量是確保下游研究應(yīng)用(微陣列芯片、新一代測序，Real-Time PCR等)中獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)的關(guān)鍵。 FFPE 樣本質(zhì)量與樣本固定時(shí)間，儲存條件與儲存年限等密切相關(guān)。

注意事項(xiàng)
樣本固定	手術(shù)后，組織樣本切成小塊后，一個(gè)小時(shí)內(nèi)固定固定時(shí)間~24小時(shí)，不宜過長。
樣本儲存	無切面存儲，避免氧氣、水及其他環(huán)境因素如光侵?jǐn)_（真菌、昆蟲等）的影響， 4℃保存。
樣本實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備	20 µm 4-5片，放入1.5mL離心管中，4°C保存，冷凍運(yùn)輸。

二． FFPE樣本的質(zhì)量控制

采用NanoDrop、Qubit® 2.0和Agilent 2100生物分析儀進(jìn)行樣品質(zhì)檢工作。

NanoDropQubit® 2.0 Agilent 2100 生物分析儀

石蠟樣本中提取的mRNA/DNA均為降解，除特殊要求外，只根據(jù)mRNA/DNA總量來判斷是否可以進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。

下表就針對幾種常見的微陣列芯片類型，推薦了相應(yīng)的起始材料及最低需求量。

芯片類型	推薦芯片	樣品類型	最低需求量（µg）
表達(dá)譜芯片	Affymetrix	Total RNA	1
miRNA 芯片	Agilent	Total RNA including miRNA	0.5
aCGH芯片	Agilent	gDNA	5