人機(jī)大戰(zhàn)(下)：NGS序列捕獲大比拼

空白在二代測(cè)序(NGS)過(guò)程中，構(gòu)建基因文庫(kù)和目的序列捕獲富集是制約測(cè)序進(jìn)程的瓶頸。上期我們介紹了針對(duì)于建庫(kù)工作的自動(dòng)化解決方案，這里我們針對(duì)靶序列捕獲富集，提供自動(dòng)化解決方案。

空白近幾年來(lái)，第二代測(cè)序逐漸向提高通量和降低費(fèi)用的方向發(fā)展。為了節(jié)省分析時(shí)間，找到經(jīng)濟(jì)合算的方法，羅氏診斷開(kāi)發(fā)了SeqCapEZ捕獲試劑盒，允許用戶(hù)富集所感興趣的區(qū)域或者全外顯子組。但是二代測(cè)序是一項(xiàng)非常耗時(shí)耗力的工作，常常要耗費(fèi)專(zhuān)業(yè)的技術(shù)人員4天的工作時(shí)間來(lái)完成。而且測(cè)序過(guò)程中的一些重要的注意事項(xiàng)也要求技術(shù)人員在整個(gè)操作過(guò)程中要保持高度集中精力，比如捕獲目標(biāo)序列，加熱試劑盒樣品，孵育時(shí)間的控制等。

空白受到這些限制，將序列捕獲自動(dòng)化就成為大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室的需求。法國(guó)羅氏診斷公司與專(zhuān)業(yè)的自動(dòng)化平臺(tái)生產(chǎn)商派瑪·迪格（PrimaDiag）公司合作，為羅氏NimbleGen外顯子捕獲測(cè)序產(chǎn)品提供自動(dòng)化解決方案 — ACSIA NGS^capture自動(dòng)化捕獲系統(tǒng)。ACSIA NGS^capture系統(tǒng)適用于羅氏NimbleGen SeqCap Enrichment System的所有測(cè)序產(chǎn)品。

空白ACSIA NGS^capture自動(dòng)化捕獲系統(tǒng)使用PrimaDiag公司的創(chuàng)新專(zhuān)利技術(shù)APIM自動(dòng)處理磁珠，控制溫度精準(zhǔn)到0.1℃，震蕩速度從200到3000rpm可調(diào)，在磁珠捕獲和洗滌階段，自動(dòng)完成加熱洗液、洗滌磁珠，孵育和震蕩的操作。

空白ACSIA NGS^capture系統(tǒng)使用靈活，易于操作，用戶(hù)可以根據(jù)需要定義樣本數(shù)。所有的液體參數(shù)都經(jīng)過(guò)精心優(yōu)化，使得建庫(kù)所使用的實(shí)際試劑消耗達(dá)到最小，而優(yōu)化的操作步驟也允許使用最少的槍頭數(shù)來(lái)完成整個(gè)建庫(kù)工作，大大節(jié)約試劑和耗材成本。例如使用羅氏的SeqCap EZ kit，做48個(gè)反應(yīng)，ACSIA NGS^capture系統(tǒng)只需要3盒槍頭，而人工完成則需要9盒槍頭之多，是自動(dòng)化操作使用數(shù)量的3倍。

空白羅氏NimbleGen的序列捕獲試劑盒已經(jīng)在ACSIA NGS^capture系統(tǒng)上進(jìn)行了驗(yàn)證，做了步驟優(yōu)化，預(yù)設(shè)了運(yùn)行程序，因此，使用ACSIA NG^Scapture自動(dòng)化平臺(tái)捕獲目的序列，只需要打開(kāi)預(yù)設(shè)的方法，輸入樣本數(shù)，點(diǎn)擊OK就可以了。

空白比較ACSIA和人工捕獲效果，測(cè)序結(jié)果顯示通過(guò)兩種操作方式捕獲的18個(gè)基因覆蓋深度是相似的，ACSIA自動(dòng)操作（藍(lán)色）捕獲的基因測(cè)序覆蓋深度甚至略好與人工操作（紅色）。見(jiàn)圖一。

空白ACSIA NGS^capture自動(dòng)化捕獲系統(tǒng)，靈活簡(jiǎn)單的操作，高質(zhì)量的捕獲效果，真正實(shí)現(xiàn)輕松完成NGS實(shí)驗(yàn)。