樣本抽提中RNA降解的解決方法

從臨床樣本出發(fā)進行芯片、測序等高通量生物學(xué)研究是最常用的思路，但樣本采集過程受制于病理特征、病例數(shù)量等因素，耗時費力。無數(shù)期盼等來了期待中的臨床樣本，做個RNA抽提還常�！�…

降解樣本的RNA完整度低，長鏈RNA變成了短鏈，在常規(guī)的擴增過程中會發(fā)生探針檢測的目的片段的丟失，導(dǎo)致芯片結(jié)果的不準確。

遇到RNA降解了怎么辦？

有條件的話，重新收樣一定是更佳選擇。樣本取材時注意操作迅速穩(wěn)定，盡快液氮速凍。也可以選用RNAlater等RNA保存試劑，但也需要嚴格按照此類試劑的操作規(guī)范進行，否則也達不到對RNA的保護效果。比如浸泡RNAlater前，組織樣本盡量切割成任一方向小于0.5cm的小塊，以保證浸泡盡可能充分。

但是珍貴樣本怎么可能輕易重新取到呢？降解的珍貴樣本真的只能扔了么？No！

針對降解樣本Affymetrix官方推出了一款表現(xiàn)優(yōu)秀的降解RNA擴增標記試劑盒：SensationPlus™ FFPE Amplification and 3’ IVT Labeling Kit。該試劑盒使用隨機引物和OligodT引物混合使用的策略，可以有效擴增20-200ng的降解樣本RNA，甚至FFPE樣本的RNA，讓這些低量降解的樣本活過來，為研究者節(jié)約了大量樣本收集端的時間付出。

測試一下這個試劑盒。針對同一細胞進行不同基因操作處理，進行3vs3的芯片表達譜檢測。收樣后因某種處理，抽提產(chǎn)物2100質(zhì)檢RIN值在2左右。經(jīng)過SensationPlus試劑盒擴增標記后雜交芯片，得到的結(jié)果非常漂亮。

數(shù)據(jù)質(zhì)量優(yōu)秀，差異基因（2倍以上差異）上調(diào)的有600多，下調(diào)的500多。后續(xù)GO/Pathway富集分析結(jié)果也很贊。

附分析流程：

保存良好的FFPE樣本抽提產(chǎn)物RIN值通常在1.8-2.8，所以FFPE樣本用這個試劑盒也能滿血復(fù)活。不過FFPE樣本會受保存條件和時間的影響，造成一定的數(shù)據(jù)不穩(wěn)定，因此推薦上芯片要對FFPE樣本做有針對性的篩選，優(yōu)先選擇時間更近的樣本。當然最好是整理出批量樣本后試抽提幾個，看看RNA的降解情況。

還等什么，樣本庫里睡著的石蠟塊，來讓它們發(fā)揮更大的作用吧~~~